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万見
- PDB-8r6f: CryoEM structure of wheat 40S ribosomal subunit, body domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r6f
タイトルCryoEM structure of wheat 40S ribosomal subunit, body domain
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 2
  • (40S ribosomal protein ...) x 10
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 5
  • Genome assembly, chromosome: II
  • Large ribosomal subunit protein eL41z/eL41y/eL41x/eL41w/eL41v
  • RNA (1177-MER)
  • S5 DRBM domain-containing protein
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / small ribosomal subunit / wheat (コムギ) / eukaryotes (真核生物) / 40S
機能・相同性
機能・相同性情報


色素体 / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...色素体 / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / 核小体 / RNA binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / : / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e ...Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / : / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / RS4NT (NUC023) domain / : / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / : / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein eS1 ...: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S26 / S5 DRBM domain-containing protein / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S30 / 30S ribosomal protein S11, chloroplastic / Genome assembly, chromosome: II / Small ribosomal subunit protein uS8c / Large ribosomal subunit protein eL41z/eL41y/eL41x/eL41w/eL41v / 40S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein / 40S ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 30S ribosomal protein S4, chloroplastic / 40S ribosomal protein S23 / Small ribosomal subunit protein uS15 N-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Kravchenko, O.V. / Baymukhametov, T.N. / Afonina, Z.A. / Vasilenko, K.S.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation19-74-20186 ロシア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: High-Resolution Structure and Internal Mobility of a Plant 40S Ribosomal Subunit.
著者: Olesya V Kravchenko / Timur N Baymukhametov / Zhanna A Afonina / Konstantin S Vassilenko /
要旨: Ribosome is a major part of the protein synthesis machinery, and analysis of its structure is of paramount importance. However, the structure of ribosomes from only a limited number of organisms has ...Ribosome is a major part of the protein synthesis machinery, and analysis of its structure is of paramount importance. However, the structure of ribosomes from only a limited number of organisms has been resolved to date; it especially concerns plant ribosomes and ribosomal subunits. Here, we report a high-resolution cryo-electron microscopy reconstruction of the small subunit of the (common wheat) cytoplasmic ribosome. A detailed atomic model was built that includes the majority of the rRNA and some of the protein modifications. The analysis of the obtained data revealed structural peculiarities of the 40S subunit in the monocot plant ribosome. We applied the 3D Flexible Refinement approach to analyze the internal mobility of the 40S subunit and succeeded in decomposing it into four major motions, describing rotations of the head domain and a shift in the massive rRNA expansion segment. It was shown that these motions are almost uncorrelated and that the 40S subunit is flexible enough to spontaneously adopt any conformation it takes as a part of a translating ribosome or ribosomal complex. Here, we introduce the first high-resolution structure of an isolated plant 40S subunit and the first quantitative analysis of the flexibility of small ribosomal subunits, hoping that it will help in studying various aspects of ribosome functioning.
履歴
登録2023年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Y: 40S ribosomal protein S24
X: 40S ribosomal protein S23
E: 40S ribosomal protein S4
O: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic
W: Small ribosomal subunit protein uS8c
b: 40S ribosomal protein S27
e: 40S ribosomal protein S30
k: Small ribosomal subunit protein uS2
B: Small ribosomal subunit protein eS1
V: Genome assembly, chromosome: II
a: 40S ribosomal protein S26
J: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic
C: S5 DRBM domain-containing protein
G: 40S ribosomal protein S6
H: 40S ribosomal protein S7
h: 40S ribosomal protein S17
L: Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein
N: Small ribosomal subunit protein uS15 N-terminal domain-containing protein
n: Large ribosomal subunit protein eL41z/eL41y/eL41x/eL41w/eL41v
I: 40S ribosomal protein S8
A: RNA (1177-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)966,15468
ポリマ－964,76321
非ポリマー1,39147
水19,2221067
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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40S ribosomal protein ... , 10種, 10分子 YXEbeaGHhI

#1: タンパク質 40S ribosomal protein S24 /


分子量: 15769.710 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6RHV8
#2: タンパク質 40S ribosomal protein S23 /


分子量: 15696.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5FV77
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S4 /


分子量: 30008.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A1D5SLI4
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S27 /


分子量: 9583.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A341UET3
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S30 /


分子量: 6934.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6S9M7
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S26 /


分子量: 15319.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6KQB8
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S6 /


分子量: 28522.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5C8N6
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S7 /


分子量: 22297.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K2
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S17 /


分子量: 16479.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B5XY60
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S8 /


分子量: 25183.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A1D5UKZ4

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30S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 OJ

#4: タンパク質 30S ribosomal protein S11, chloroplastic / リボソーム


分子量: 16398.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: IAS - BETA-L-ASPARTIC ACID post-translational modification in the protein
由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6SS17
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S4, chloroplastic / リボソーム


分子量: 22534.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5FPA7

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Small ribosomal subunit protein ... , 5種, 5分子 WkBLN

#5: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8c


分子量: 14815.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: E2F3W4
#8: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 33300.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5E2W7
#9: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS1


分子量: 30043.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6IU74
#17: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein


分子量: 17841.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5BFB7
#18: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 N-terminal domain-containing protein


分子量: 17132.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5I035

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タンパク質 , 2種, 2分子 VC

#10: タンパク質 Genome assembly, chromosome: II


分子量: 8993.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: AME -N-ACETYLMETHIONINE post translational modification
由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A7H4LCS1
#13: タンパク質 S5 DRBM domain-containing protein


分子量: 30081.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6KRQ3

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タンパク質・ペプチド / RNA鎖 , 2種, 2分子 nA

#19: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein eL41z/eL41y/eL41x/eL41w/eL41v


分子量: 3445.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: P62120
#21: RNA鎖 RNA (1177-MER)


分子量: 584382.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)

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非ポリマー , 4種, 1114分子

#22: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#23: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#24: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#25: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1067 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#21 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 0.1 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.6 sec. / 電子線照射量: 84 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6201
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 0-32

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
9cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.2.1最終オイラー角割当
13PHENIX1.21モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 982063
3次元再構成解像度: 2.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 256000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 7qix

7qix


Accession code: 7qix / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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