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- EMDB-18951: CryoEM structure of wheat 40S ribosomal subunit, body domain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18951
タイトルCryoEM structure of wheat 40S ribosomal subunit, body domain
マップデータ
試料
  • 複合体: small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)
    • タンパク質・ペプチド: x 20種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 4種
キーワードsmall ribosomal subunit / wheat / eukaryotes / 40S / ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome ...maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal ...: / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S2 signature 2. / : / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S26 / S5 DRBM domain-containing protein / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S30 / 30S ribosomal protein S11, chloroplastic ...40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S26 / S5 DRBM domain-containing protein / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S30 / 30S ribosomal protein S11, chloroplastic / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS8c / Small ribosomal subunit protein eS32 eS32z/eS32y/eS32x/eS32w/eS32v / 40S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein / 40S ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 30S ribosomal protein S4, chloroplastic / 40S ribosomal protein S23 / Small ribosomal subunit protein uS15 N-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Kravchenko OV / Baymukhametov TN / Afonina ZA / Vasilenko KS
資金援助 ロシア, 1件
OrganizationGrant number国
Russian Science Foundation19-74-20186 ロシア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: High-Resolution Structure and Internal Mobility of a Plant 40S Ribosomal Subunit.
著者: Olesya V Kravchenko / Timur N Baymukhametov / Zhanna A Afonina / Konstantin S Vassilenko /
要旨: Ribosome is a major part of the protein synthesis machinery, and analysis of its structure is of paramount importance. However, the structure of ribosomes from only a limited number of organisms has ...Ribosome is a major part of the protein synthesis machinery, and analysis of its structure is of paramount importance. However, the structure of ribosomes from only a limited number of organisms has been resolved to date; it especially concerns plant ribosomes and ribosomal subunits. Here, we report a high-resolution cryo-electron microscopy reconstruction of the small subunit of the (common wheat) cytoplasmic ribosome. A detailed atomic model was built that includes the majority of the rRNA and some of the protein modifications. The analysis of the obtained data revealed structural peculiarities of the 40S subunit in the monocot plant ribosome. We applied the 3D Flexible Refinement approach to analyze the internal mobility of the 40S subunit and succeeded in decomposing it into four major motions, describing rotations of the head domain and a shift in the massive rRNA expansion segment. It was shown that these motions are almost uncorrelated and that the 40S subunit is flexible enough to spontaneously adopt any conformation it takes as a part of a translating ribosome or ribosomal complex. Here, we introduce the first high-resolution structure of an isolated plant 40S subunit and the first quantitative analysis of the flexibility of small ribosomal subunits, hoping that it will help in studying various aspects of ribosome functioning.
履歴
登録2023年11月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_18951.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18951.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 480 pix.
= 412.8 Å		0.86 Å/pix.
x 480 pix.
= 412.8 Å		0.86 Å/pix.
x 480 pix.
= 412.8 Å

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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-6.5206194 - 9.899759
平均 (標準偏差)0.006769936 (±0.13441591)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 412.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: sharp

ファイルemd_18951_additional_1.map
注釈sharp
投影像・断面図
軸ZYX

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ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18951_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18951_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)

全体名称: small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)
要素
  • 複合体: small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S24
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S23
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS8c
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S30
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS2
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS1
    • タンパク質・ペプチド: Genome assembly, chromosome: II
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S26
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: S5 DRBM domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS15 N-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL41z/eL41y/eL41x/eL41w/eL41v
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8
    • RNA: RNA (1177-MER)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)

超分子名称: small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#21
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)

+
分子 #1: 40S ribosomal protein S24

分子名称: 40S ribosomal protein S24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 15.76971 KDa
配列文字列:
MADAKTTTAV TLRTRKFMTN RLLARKQFVL EVIHPGRANV SKAELKERLA KVYEVKDPNC IFVFKFRTHF GGGKSSGFGL IYDNLESAK KFEPKYRLIR NGLATKVEKS RKQIKERKNR TKKIRGVKKT KAGDAKKK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S24

+
分子 #2: 40S ribosomal protein S23

分子名称: 40S ribosomal protein S23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 15.696476 KDa
配列文字列:
MGKTRGMGAG RKLKTHRRNQ RWADKAYKKS HLGNEWKKPF AGSSHAKGIV LEKIGIEAKQ PNSAIRKCAR VQLVKNGKKI AAFVPNDGC LNFIEENDEV LIAGFGRKGH AVGDIPGVRF KVVKVSGVSL LALFKEKKEK PRS

UniProtKB: 40S ribosomal protein S23

+
分子 #3: 40S ribosomal protein S4

分子名称: 40S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 30.008111 KDa
配列文字列: MARGLKKHLK RLNAPSHWML DKLGGAFAPK PSSGPHKARE CLPLILILRN RLKYALTYRE VQSILMQRHI MVDGKVRTDK TYPAGFMDI ISIPKTGENY RLLYDTKGRF RLHSVRDEDA KFKLCKVRSV QFGQKGIPYL NTYDGRTIRY PDPLIKANDT I KLDLETNK ...文字列:
MARGLKKHLK RLNAPSHWML DKLGGAFAPK PSSGPHKARE CLPLILILRN RLKYALTYRE VQSILMQRHI MVDGKVRTDK TYPAGFMDI ISIPKTGENY RLLYDTKGRF RLHSVRDEDA KFKLCKVRSV QFGQKGIPYL NTYDGRTIRY PDPLIKANDT I KLDLETNK IVDFIKFDVG NVVMVTGGRN TGRVGVIKNR EKHKGTFETI HVEDAQGHQF ATRLGNVFTI GKGTKPWVSL PK GKGIKLT IIEEQRKRDA AAQAAAKA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S4

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: IAS - BETA-L-ASPARTIC ACID post-translational modification in the protein
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 16.398818 KDa
配列文字列:
MSSKRKTREP KEENVTLGPA VREGEHVFGV AHIFASFNDT FIHVTDLSGR ETLVRITGGM KVKADRDESS PYAAMLASQD VATRCKELG ITALHIKLRA TGGNKTKTPG PGAQSALRAL ARSGMKIGRI EDVTPVPT(IAS)S TRRKGGRRGR RL

UniProtKB: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic

+
分子 #5: Small ribosomal subunit protein uS8c

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS8c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 14.815363 KDa
配列文字列:
MVRVSVLNDA LKSMYNAEKR GKRQVMIRPS SKVIIKFLIV MQKHGYIGEF EYVDDHRSGK IVVELNGRLN KCGVISPRFD VGVKEIEGW TARLLPSRQF GYIVLTTSAG IMDHEEARRK NVGGKVLGFF Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8c

+
分子 #6: 40S ribosomal protein S27

分子名称: 40S ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 9.583195 KDa
配列文字列:
MVLQNDIDLL NPPAELEKLK HKKKRLVQSP NSFFMDVKCQ GCFNITTVFS HSQTVVVCPG CQTVLCQPTG GKARLTEGCS FRRKGD

UniProtKB: 40S ribosomal protein S27

+
分子 #7: 40S ribosomal protein S30

分子名称: 40S ribosomal protein S30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 6.934164 KDa
配列文字列:
MGKVHGSLAR AGKVRGQTPK VAKQDKKKQP RGRAHKRIQY NRRFVTAVVG FGKKRGPNSS EK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S30

+
分子 #8: Small ribosomal subunit protein uS2

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 33.300438 KDa
配列文字列: MAAAAGEAPR ALSQKEQDIQ MMLAADVHLG TKNCDFQMER YAYKRRSDGI YIINLGKTWE KLQLAARVIV AIENPQDIIV QSARPYGQR AVLKFAQHTG ANAIAGRHTP GTFTNQMQTS FSEPRLLILT DPRTDHQPIK ESALGNIPTI AFCDTDSPMR Y VDIGIPAN ...文字列:
MAAAAGEAPR ALSQKEQDIQ MMLAADVHLG TKNCDFQMER YAYKRRSDGI YIINLGKTWE KLQLAARVIV AIENPQDIIV QSARPYGQR AVLKFAQHTG ANAIAGRHTP GTFTNQMQTS FSEPRLLILT DPRTDHQPIK ESALGNIPTI AFCDTDSPMR Y VDIGIPAN NKGRNSIGCL YWLLARMVLQ MRGTILPGHK WDVMVDLFFY RDPEEAKEQE DEAAGAPEYA AITDYGAAAG QW GGDQWTS DAPAPPPVTG GEWPMAEAPV AGGDGWDAAG APVAVEGAVP APVVAATGWD AAVQPPAQGW E

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #9: Small ribosomal subunit protein eS1

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 30.043955 KDa
配列文字列: MAVGKNKRIS KGRKGSKKKA VDPFTKKQWY DIKAPLLFTS RNVGKTLVSR TQGTKIASEG LKHRVFEVSL ADLQNDEDQA YRKIRLRAE DVQGMNVLTN FWGMDFTTDK LRSLVRKWQT LIEAHVDVKT TDNYMLRMFA IGFTKRRPNQ VKRTCYAQAS Q IRQIRRKM ...文字列:
MAVGKNKRIS KGRKGSKKKA VDPFTKKQWY DIKAPLLFTS RNVGKTLVSR TQGTKIASEG LKHRVFEVSL ADLQNDEDQA YRKIRLRAE DVQGMNVLTN FWGMDFTTDK LRSLVRKWQT LIEAHVDVKT TDNYMLRMFA IGFTKRRPNQ VKRTCYAQAS Q IRQIRRKM VEIMVNQAAS CDLKELVNKF IPEVIGKEIE KATSSIFPLQ NVYVRKVKIL KAPKFDLGKL MEVHGDYKED VG VKLDRPA DGDEVIPGAE EVAAAE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #10: Genome assembly, chromosome: II

分子名称: Genome assembly, chromosome: II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10
詳細: AME -N-ACETYLMETHIONINE post translational modification
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 8.99304 KDa
配列文字列:
(AME)QNEVGDMVD LYVPRKCSAT NRIITAKDHA SVQINIGHVD ANGLYNGSFT TFALSGFVRA QGDADGSLDR LWQQKR AEI KQ

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #11: 40S ribosomal protein S26

分子名称: 40S ribosomal protein S26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 15.319789 KDa
配列文字列:
MTFKRRNGGR NKHGRGHVKY IRCSNCAKCC PKDKAIKRFL VRNIVEQAAV RDVQEACVHD GYVLPKLYAK VHHCVSCAIH AHIVRVRSR ENRRNREPPQ RFRRRDDGPR PGQGGPPRAG GPGGAPAGAG AVPGAPAPRV

UniProtKB: 40S ribosomal protein S26

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 22.534111 KDa
配列文字列: MVHVNFYRNY GKTFKKPRRP YEKERLDAEL KLVGEYGLRC KRELWRVQYA LSRIRNAARH LLTLDEKNPR RIFEGAALLR RMNRYGLLA EGQDKLDYVL ALTAENFLAR RLQTLVFKAG MAKSIHHARV LIRQRHIRVG RQIVNVPSFM VRVESEKHID F SLTSPFGG ...文字列:
MVHVNFYRNY GKTFKKPRRP YEKERLDAEL KLVGEYGLRC KRELWRVQYA LSRIRNAARH LLTLDEKNPR RIFEGAALLR RMNRYGLLA EGQDKLDYVL ALTAENFLAR RLQTLVFKAG MAKSIHHARV LIRQRHIRVG RQIVNVPSFM VRVESEKHID F SLTSPFGG GPAGRVKRKN QKKASGGGDA GGDEEEE

UniProtKB: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic

+
分子 #13: S5 DRBM domain-containing protein

分子名称: S5 DRBM domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 30.081082 KDa
配列文字列: MADRGGERGV GERGGFGRGF GRGGRGDRGG RRGGRRGPRQ EEEKWVPVTK LGRLVKEGRF TKMEEIYLHS LPVKEHQIVE TLCPGLKDE VMKITPVQKQ TRAGQRTRFK AFVVVGDSNG HVGLGVKCAK EVATAIRGAI ILAKLSIVPV RRGYWGNKIG L PHTVPCKV ...文字列:
MADRGGERGV GERGGFGRGF GRGGRGDRGG RRGGRRGPRQ EEEKWVPVTK LGRLVKEGRF TKMEEIYLHS LPVKEHQIVE TLCPGLKDE VMKITPVQKQ TRAGQRTRFK AFVVVGDSNG HVGLGVKCAK EVATAIRGAI ILAKLSIVPV RRGYWGNKIG L PHTVPCKV TGKCGSVTVR MVPAPRGSGI VAARVPKKVL QFAGIDDVFT SSRGSTKTLG NFVKATFDCL MKTYGFLTPD FW RETTFTK APYQEFTDIL AKPTKALMLD APAEKIEA

UniProtKB: S5 DRBM domain-containing protein

+
分子 #14: 40S ribosomal protein S6

分子名称: 40S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 28.522609 KDa
配列文字列: MKLNIANPTT GCQKKVEIDD DQKLRNLYDK RISQEVVGDL LGEEFKGYIF KIMGGCDKQG FPMKQGVLTS GRVRLLLHRG TPCFRGFGR RNGERRRKSV RGCIVSQDLS VINLVIVKKG ENDLPGLTDT EKPRMRGPKR ASKIKKLFNL GKDDDVRSYV N TYRRTFLN ...文字列:
MKLNIANPTT GCQKKVEIDD DQKLRNLYDK RISQEVVGDL LGEEFKGYIF KIMGGCDKQG FPMKQGVLTS GRVRLLLHRG TPCFRGFGR RNGERRRKSV RGCIVSQDLS VINLVIVKKG ENDLPGLTDT EKPRMRGPKR ASKIKKLFNL GKDDDVRSYV N TYRRTFLN KKGKKVSKAP KIQRLVTPLT LQRKRARIAD KKKRIAKKKS EAAEYQKLLA QRLKEQRDRR SESMAKRRSK LS AATKAPA ASA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S6

+
分子 #15: 40S ribosomal protein S7

分子名称: 40S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 22.297891 KDa
配列文字列: MYTARKKIQK DKGVEPSEFE DTVAQAFFDL ENGNQELKSD LKDLYINTAI QMDVVGNRKA VVIHVPYRLR KPFRKIHVRL VRELEKKFS GKDVVFVATR RIVRPPKKGS AVQRPRTRTL TAVHDGILED VVYPAEIVGK RVRYRLDGAK VIKIYLDPKE R NNTEYKLE ...文字列:
MYTARKKIQK DKGVEPSEFE DTVAQAFFDL ENGNQELKSD LKDLYINTAI QMDVVGNRKA VVIHVPYRLR KPFRKIHVRL VRELEKKFS GKDVVFVATR RIVRPPKKGS AVQRPRTRTL TAVHDGILED VVYPAEIVGK RVRYRLDGAK VIKIYLDPKE R NNTEYKLE TFSAVYRRLC GKDVVFEYPV TETA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S7

+
分子 #16: 40S ribosomal protein S17

分子名称: 40S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 16.47909 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK KTSRQVIEKY YSRMTLDFHT NKKVLEEVSI LQSKRLRNKV AGFTTHLMRR IQRGPVRGIS LKLQEEERER RMDFVPEKS ALEVDEIRVD KETMDMLAFL GMADLPGVER APEATSAAAP YRQPFNGPRG GNRA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S17

+
分子 #17: Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing...

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 17.841061 KDa
配列文字列:
MAEQTEKSFL KQPKVFLSTK KADKAKRPGK AGNRFWKSVG LGFKTPREAI DGTYIDKKCP FTGTVAIRGR IIAGTCHSAK MNRTIIVRR NYLHFVKKYQ RYEKRHSNIP AHISPCFRVK EGDHVIIGQC RPLSKTVRFN VLKVVPAGTT GGGKKAFIAA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein

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分子 #18: Small ribosomal subunit protein uS15 N-terminal domain-containing...

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS15 N-terminal domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 17.132303 KDa
配列文字列:
MGRMHSRGKG ISSSALPYKR TPPSWVKTAV ADVDELITKA AKKGQMPSQI GVLLRDQHGI PLVKSVTGSK ILRILKAHGL APEIPEDLY FLIKKAVAIR KHLERNRKDK DSKFRLILVE SRIHRLARYY KRTKKLPPTW KYESTTASTL VA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15 N-terminal domain-containing protein

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分子 #19: Large ribosomal subunit protein eL41z/eL41y/eL41x/eL41w/eL41v

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL41z/eL41y/eL41x/eL41w/eL41v
タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 3.445437 KDa
配列文字列:
MRAKWKKKRM RRLKRKRRKM RQRSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS32 eS32z/eS32y/eS32x/eS32w/eS32v

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分子 #20: 40S ribosomal protein S8

分子名称: 40S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 25.183863 KDa
配列文字列: GISRDSMHKR RATGGKQKAW RKKRKYELGR QPANTKLSSN KTVRRVRVRG GNVKWRALRL DTGNFSWGSE AVTRKTRLLD VVYNSSNNE LVRTQTLVKN AIVQVDAAPF KQWYLTHYGV EIGRKKKAAA AAKKEAAEGQ EAEVAAAATE EAKKSNNVQR K LEKRQQGR ...文字列:
GISRDSMHKR RATGGKQKAW RKKRKYELGR QPANTKLSSN KTVRRVRVRG GNVKWRALRL DTGNFSWGSE AVTRKTRLLD VVYNSSNNE LVRTQTLVKN AIVQVDAAPF KQWYLTHYGV EIGRKKKAAA AAKKEAAEGQ EAEVAAAATE EAKKSNNVQR K LEKRQQGR TLDSHIEEQF SGGRLLACIS SRPGQCGRAD GYILEGKELE FYMRKLQKKK GKGATA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S8

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分子 #21: RNA (1177-MER)

分子名称: RNA (1177-MER) / タイプ: rna / ID: 21 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 584.382812 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAU(A2M)UG CUUG(PSU)CU(OMC)AA AGAUUAAGCC AUGCAUGUGC AAGUAUGA A CCAAUUUGAA CUGUGAAACU GCGAAUGGCU CAU(PSU)AAAUCA G(PSU)UAUAGUUU G(PSU)U(OMU)GAUGGU ACG UGCUAC ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAU(A2M)UG CUUG(PSU)CU(OMC)AA AGAUUAAGCC AUGCAUGUGC AAGUAUGA A CCAAUUUGAA CUGUGAAACU GCGAAUGGCU CAU(PSU)AAAUCA G(PSU)UAUAGUUU G(PSU)U(OMU)GAUGGU ACG UGCUAC UCGGAUAACC GUAGUAAUUC UAG(A2M)GCUAA(OMU) ACGUGCAACA AACCCCGACU UCUGGGAGGG GCGCAU UUA (PSU)UAGAUAAAA GGCUGACGCG GGCUCUGCUC GCUGAUCC(OMG)A UGAUUCA(PSU)GA (PSU)AACUCGACG G AUCGCACG GCCUUCGUGC CGGCGACGCA UCA(PSU)UCAAA(PSU) U(PSU)CUGCCCUA UCAACUUUCG AUGGUAGGAU AGGGGCCUA CCAUGGUGGU GACGGG(PSU)GAC GGAGAAUUAG GGUUCGAUUC CGGAGA(OMG)GGA GCCUGAGAAA CGG CUACCA CAU(OMC)CAAGG(A2M) AGGCAGCAG(OMG) CGCGC(A2M)AAUU ACCCAAUCCU GACACGGGGA GGU(A2M) GUGAC AAUAAAUAAC AAUACCGGGC GCAUUAGUGU CUGGUAAUUG GAAUGAGUAC AAUCUAAAUC CCUUAACGAG G (A2M)UCCAUUG GAGGGCAAGU CUGGUGCCAG CAGCCGCGGU AAUUCCAGCU CCAAUA(OMG)CGU A(UY1)A(PSU) (PSU)UAAG UUG(OMU)UGCAGU U(A2M)AAAAGCUC GUAG(PSU)UGGAC CUUGGGCCGG GUCGGCCGGU CCGCCUCAC GGCGAGCACC GACCUACUCG ACCCUUCGGC CGGCAUCGCG CUCCUAGCCU UAAUUGGCCG GGUCGUGUUU CCGGCAUCGU UACUUUGAA GAAA(PSU)(PSU)AGAG UGCUCAAAGC AAGCCAUCGC UCUGGAUACA UU(A2M)GCA(PSU)GGG A (PSU)AACAUCA UAGGAUUCCG GUCCUAUUGU GUUGGCCUUC GGGAUCGGAG UAAUGAUUAA UAGGGACAGU CGGGGGCA U UCGUAUUUCA UAGUCAGAGG UGAAAUUCUU GGAUUUAUGA AAGACGAACA ACUGCGAAAG CAUUUGCCAA GGAUGUUUU CAUUAAUCAA GA(A2M)CGAAAGU UGGGGGCUCG AAGACGA(PSU)CA GAUACCG(OMU)CC UAGUCUCAAC CAUAAACG A UGCCGACCAG GGAUCGGCGG AUGUUGCUUA UAGGACUCCG CCGGCACC(PSU)U AUGAGAAAUC AAAG(PSU)CUUUG G G(PSU)UCCGGG GGGAGUA(PSU)GG UCGCAA(OMG)GCU GAAACUUAAA GGAAUUGACG GAAGGCACCA CCAGGCGUGG AGCC(PSU)GCGG CUUAAUU(PSU)GA CUCAACACGG GGAAACUUAC CAGG(PSU)(OMC)CAGA CAUAGCAAGG A (OMU)UGACAGA CUGAGAGCUC UUUCUUGAUU C(OMU)A(OMU)GGGUGG (OMU)G(OMG)UGCAUGG C(4AC)GUUCUU A GU(PSU)GGUG(OMG)AG CGA(PSU)UUG(PSU)CU GG(PSU)UAAUUCC GUUAACGA(A2M)C GAGA(OMC)CUCAG C CUGCUAAC UAGCUAUGCG GAGCCAUCC(OMC) (PSU)CCGCAGCUA GCU(OMU)CUUAGA GGGACUAUCG CCGUU(PSU) AGG CGACGGAAGU UUGAGGCAAU AACA(OMG)GUCUG (PSU)GAUGCCC(OMU)U AGAUGUUCUG GGCCGCACGC GCGCU ACAC (PSU)GAUGUAUUC AACGAGUAUA UAGCCUUGGC CGACAGGCCC GGGUAAUCUU GGGAAA(PSU)U(PSU)C AUCG UGAUG GGGAUAGAUC AUUGCAAUUG U(PSU)GGUCUUCA ACG(A2M)G(7MG)AAUG CCUAGUAAGC GCGAGUCA(PSU) CAGC(PSU)CGCGU (PSU)GACUACGUC CCUGCCCUU(PSU) GUACACACCG (OMC)CCGUCGCUC CUACCGAUUG AAUG GUCCG GUGAAGUGUU CGGAUCGCGG CGACGGGGGC GGUUCGCCGC CCCCGACGUC GCGAGAAGUC CAUUGAACCU UAUCA UUUA GAGGA(A2M)GGAG AAGUCGUA(6MZ)C AAGGUUUC(4AC)G UAGGUG(MA6)(MA6)CC UGCGGAAGGA UCAUUG

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分子 #22: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #23: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 32 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #24: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 14 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #25: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 1067 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 0-32 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6201 / 平均露光時間: 1.6 sec. / 平均電子線量: 84.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 982063
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 256000
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7qix


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8r6f:
CryoEM structure of wheat 40S ribosomal subunit, body domain

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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