+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r57 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of wheat 40S ribosomal subunit, head domain | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | RIBOSOME / small ribosomal subunit / wheat / eukaryotes / 40S | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plastid / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / protein kinase C binding / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly ...plastid / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / protein kinase C binding / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Triticum aestivum (コムギ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Kravchenko, O.V. / Baymukhametov, T.N. / Afonina, Z.A. / Vasilenko, K.S. | ||||||
資金援助 | ロシア, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023 タイトル: High-Resolution Structure and Internal Mobility of a Plant 40S Ribosomal Subunit. 著者: Olesya V Kravchenko / Timur N Baymukhametov / Zhanna A Afonina / Konstantin S Vassilenko / 要旨: Ribosome is a major part of the protein synthesis machinery, and analysis of its structure is of paramount importance. However, the structure of ribosomes from only a limited number of organisms has ...Ribosome is a major part of the protein synthesis machinery, and analysis of its structure is of paramount importance. However, the structure of ribosomes from only a limited number of organisms has been resolved to date; it especially concerns plant ribosomes and ribosomal subunits. Here, we report a high-resolution cryo-electron microscopy reconstruction of the small subunit of the (common wheat) cytoplasmic ribosome. A detailed atomic model was built that includes the majority of the rRNA and some of the protein modifications. The analysis of the obtained data revealed structural peculiarities of the 40S subunit in the monocot plant ribosome. We applied the 3D Flexible Refinement approach to analyze the internal mobility of the 40S subunit and succeeded in decomposing it into four major motions, describing rotations of the head domain and a shift in the massive rRNA expansion segment. It was shown that these motions are almost uncorrelated and that the 40S subunit is flexible enough to spontaneously adopt any conformation it takes as a part of a translating ribosome or ribosomal complex. Here, we introduce the first high-resolution structure of an isolated plant 40S subunit and the first quantitative analysis of the flexibility of small ribosomal subunits, hoping that it will help in studying various aspects of ribosome functioning. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8r57.cif.gz | 616.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8r57.ent.gz | 461.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8r57.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8r57_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8r57_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8r57_validation.xml.gz | 83.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8r57_validation.cif.gz | 131.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/8r57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/8r57 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 KSf
#1: タンパク質 | 分子量: 20463.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5AUH7 |
---|---|
#12: タンパク質 | 分子量: 17702.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q8L806 |
#16: タンパク質 | 分子量: 17692.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5A9E1 |
-40S ribosomal protein ... , 8種, 8分子 MFQTZcRh
#2: タンパク質 | 分子量: 15364.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5FEZ3 |
---|---|
#3: タンパク質 | 分子量: 25398.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5I1R7 |
#5: タンパク質 | 分子量: 16856.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5DS33 |
#7: タンパク質 | 分子量: 17097.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5FWF5 |
#8: タンパク質 | 分子量: 12094.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5EP45 |
#9: タンパク質 | 分子量: 7477.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5E8X2 |
#13: タンパク質 | 分子量: 17295.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6LV48 |
#14: タンパク質 | 分子量: 16479.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B5XY60 |
-Small ribosomal subunit protein ... , 2種, 2分子 Pd
#4: タンパク質 | 分子量: 22350.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5D067 |
---|---|
#10: タンパク質 | 分子量: 6392.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K3 |
-Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 Ug
#6: タンパク質 | 分子量: 14128.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: U5HTD8 |
---|---|
#11: タンパク質 | 分子量: 36200.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5D4F5 |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 A
#15: RNA鎖 | 分子量: 584382.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) |
---|
-非ポリマー , 4種, 385分子
#17: 化合物 | ChemComp-MG / #18: 化合物 | #19: 化合物 | ChemComp-K / #20: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat) タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#16 / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Triticum aestivum (コムギ) / 株: Moskovskaya / 細胞内の位置: cytoplasm / 器官: seed / 組織: germ |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | Film material: CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Cs: 0.1 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.6 sec. / 電子線照射量: 84 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6201 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 0-32 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 982063 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 256000 / 対称性のタイプ: POINT |