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万見
- PDB-8r57: CryoEM structure of wheat 40S ribosomal subunit, head domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r57
タイトルCryoEM structure of wheat 40S ribosomal subunit, head domain
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 8
  • (Ribosomal protein ...) x 2
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 2
  • Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein
  • Putative ribosomal protein S18
  • RNA (458-MER)
  • Ubiquitin-like domain-containing protein
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / small ribosomal subunit / wheat (コムギ) / eukaryotes (真核生物) / 40S
機能・相同性
機能・相同性情報


色素体 / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / protein kinase C binding / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosomal small subunit assembly / ribosome binding ...色素体 / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / protein kinase C binding / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosomal small subunit assembly / ribosome binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / リボソーム / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / RNA binding / zinc ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S19e, conserved site / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S19e / 40S Ribosomal protein S10 ...Ribosomal protein S19e, conserved site / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S19e / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / Ribosomal protein S14/S29 / 50S ribosomal protein L30e-like / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / KHドメイン / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ubiquitin family / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ubiquitin homologues / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ubiquitin domain profile. / ユビキチン様タンパク質 / Zinc-binding ribosomal protein / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / G-protein beta WD-40 repeat / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S17 / 40S ribosomal protein S15 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Putative ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S20 ...: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S17 / 40S ribosomal protein S15 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Putative ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S20 / Ubiquitin-like domain-containing protein / Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS7c / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S16 / 40S ribosomal protein S28 / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S19 / 30S ribosomal protein S3, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Kravchenko, O.V. / Baymukhametov, T.N. / Afonina, Z.A. / Vasilenko, K.S.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation19-74-20186 ロシア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: High-Resolution Structure and Internal Mobility of a Plant 40S Ribosomal Subunit.
著者: Olesya V Kravchenko / Timur N Baymukhametov / Zhanna A Afonina / Konstantin S Vassilenko /
要旨: Ribosome is a major part of the protein synthesis machinery, and analysis of its structure is of paramount importance. However, the structure of ribosomes from only a limited number of organisms has ...Ribosome is a major part of the protein synthesis machinery, and analysis of its structure is of paramount importance. However, the structure of ribosomes from only a limited number of organisms has been resolved to date; it especially concerns plant ribosomes and ribosomal subunits. Here, we report a high-resolution cryo-electron microscopy reconstruction of the small subunit of the (common wheat) cytoplasmic ribosome. A detailed atomic model was built that includes the majority of the rRNA and some of the protein modifications. The analysis of the obtained data revealed structural peculiarities of the 40S subunit in the monocot plant ribosome. We applied the 3D Flexible Refinement approach to analyze the internal mobility of the 40S subunit and succeeded in decomposing it into four major motions, describing rotations of the head domain and a shift in the massive rRNA expansion segment. It was shown that these motions are almost uncorrelated and that the 40S subunit is flexible enough to spontaneously adopt any conformation it takes as a part of a translating ribosome or ribosomal complex. Here, we introduce the first high-resolution structure of an isolated plant 40S subunit and the first quantitative analysis of the flexibility of small ribosomal subunits, hoping that it will help in studying various aspects of ribosome functioning.
履歴
登録2023年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
K: Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein
M: 40S ribosomal protein S12
F: 40S ribosomal protein S3
P: Small ribosomal subunit protein uS7c
Q: 40S ribosomal protein S16
U: Ribosomal protein S20
T: 40S ribosomal protein S19
Z: 40S ribosomal protein S25
c: 40S ribosomal protein S28
d: Small ribosomal subunit protein uS14
g: Ribosomal protein RACK1 subfamily. WD repeat G protein beta family
S: Putative ribosomal protein S18
R: 40S ribosomal protein S15
h: 40S ribosomal protein S17
A: RNA (458-MER)
f: Ubiquitin-like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)848,23044
ポリマ－847,37916
非ポリマー85228
水6,431357
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 KSf

#1: タンパク質 Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein


分子量: 20463.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5AUH7
#12: タンパク質 Putative ribosomal protein S18 /


分子量: 17702.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q8L806
#16: タンパク質 Ubiquitin-like domain-containing protein


分子量: 17692.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5A9E1

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40S ribosomal protein ... , 8種, 8分子 MFQTZcRh

#2: タンパク質 40S ribosomal protein S12 /


分子量: 15364.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5FEZ3
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S3 /


分子量: 25398.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5I1R7
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S16 /


分子量: 16856.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5DS33
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S19 /


分子量: 17097.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5FWF5
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S25 /


分子量: 12094.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5EP45
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S28 /


分子量: 7477.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5E8X2
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S15 /


分子量: 17295.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6LV48
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S17 /


分子量: 16479.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B5XY60

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Small ribosomal subunit protein ... , 2種, 2分子 Pd

#4: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7c


分子量: 22350.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5D067
#10: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 6392.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K3

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Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 Ug

#6: タンパク質 Ribosomal protein S20 /


分子量: 14128.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: U5HTD8
#11: タンパク質 Ribosomal protein RACK1 subfamily. WD repeat G protein beta family / リボソーム


分子量: 36200.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5D4F5

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RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#15: RNA鎖 RNA (458-MER)


分子量: 584382.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)

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非ポリマー , 4種, 385分子

#17: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#18: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#19: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#20: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#16 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ) / 株: Moskovskaya / 細胞内の位置: cytoplasm / 器官: seed / 組織: germ
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持Film material: CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 0.1 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.6 sec. / 電子線照射量: 84 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6201
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 0-32

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Warp1.0.9粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
3EPU1.9.1.16画像取得
5Warp1.0.9CTF補正
10cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.2.1最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 982063
3次元再構成解像度: 2.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 256000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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