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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r4o | ||||||
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タイトル | Salt inducible kinase 3 in complex with inhibitor | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE / Kinase Inhibitor complex AMPK-like salt-induced kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of TORC2 signaling / tau-protein kinase activity / positive regulation of TORC1 signaling / microtubule cytoskeleton organization / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding ...positive regulation of TORC2 signaling / tau-protein kinase activity / positive regulation of TORC1 signaling / microtubule cytoskeleton organization / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.725 Å | ||||||
データ登録者 | Kack, H. / Oster, L. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024 タイトル: The structures of salt-inducible kinase 3 in complex with inhibitors reveal determinants for binding and selectivity. 著者: Oster, L. / Castaldo, M. / de Vries, E. / Edfeldt, F. / Pemberton, N. / Gordon, E. / Cederblad, L. / Kack, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8r4o.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8r4o.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8r4o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8r4o_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8r4o_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8r4o_validation.xml.gz | 113.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8r4o_validation.cif.gz | 152.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/8r4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/8r4o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8r4qC 8r4uC 8r4vC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37888.852 Da / 分子数: 6 / 変異: C121S, C181S, C333S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIK3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y2K2 #2: タンパク質 | 分子量: 28384.033 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #3: 化合物 | ChemComp-XVI / 分子量: 458.433 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21F3N4O3 #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.91 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 10% PEG 8000, 20% 1,5-Pentanediol, 0.03 M Lithium sulfate, 0.03 M Sodium sulfate, 0.03 M Potassium sulfate and 0.1 M Buffer system 4 pH 6.5 (Mopso, Bis-Tris) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96546 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.72→155.8 Å / Num. obs: 80912 / % possible obs: 73.7 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.72→2.97 Å / Num. unique obs: 4047 / CC1/2: 0.531 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.725→155.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.407
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原子変位パラメータ | Biso mean: 75.53 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.725→155.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.73→2.89 Å
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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