PDB-8r3w: Crystal structure of a homospecific CR57 diabody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r3w

タイトル

Crystal structure of a homospecific CR57 diabody

要素

Homospecific Diabody CR57

キーワード

IMMUNE SYSTEM / human monoclonal antibody CR57 / diabody / monospecific diabody / rabies antibody

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Kedari, A. / Rissanen, I.

資金援助

フィンランド, 3件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural insight into rabies virus neutralization revealed by an engineered antibody scaffold.
著者: Kedari, A. / Iheozor-Ejiofor, R. / Salminen, P. / Ugurlu, H. / Makela, A.R. / Levanov, L. / Vapalahti, O. / Hytonen, V.P. / Saksela, K. / Rissanen, I.

履歴

登録	2023年11月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.2	2024年12月18日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r3w.cif.gz	195.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r3w.ent.gz	156.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r3w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r3w_validation.pdf.gz	426.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r3w_full_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示
XML形式データ	8r3w_validation.xml.gz	21.1 KB	表示
CIF形式データ	8r3w_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/8r3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/8r3w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r40C C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Homospecific Diabody CR57

R: Homospecific Diabody CR57

56.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Elutes as a dimer from size exclusion chromatography.

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.780, 65.000, 122.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Homospecific Diabody CR57 分子量: 28057.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.6 % / 解説: Trapezoidal prism
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M bis-Tris pH 5.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.99987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→57.24 Å / Num. obs: 21408 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.225 / R_pim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.38→2.42 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 1.344 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1066 / CC_1/2: 0.492 / R_pim(I) all: 0.498

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19rc6-4061	精密化
xia2	3.10.0	データスケーリング
xia2	3.10.0	データ削減
PHENIX	1.19rc6-4061	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.38→44.53 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2274	1009	4.72 %
R_work	0.1907	-	-
obs	0.1925	21356	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→44.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3601	0	0	67	3668

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3689
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.502	5014
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.342	523
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	537
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	652

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.38-2.51	0.348	142	0.2823	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.66	0.3277	125	0.2525	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.87	0.2851	148	0.2427	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.16	0.2792	140	0.2097	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.61	0.2287	146	0.1961	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-4.55	0.2221	155	0.1649	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
4.55-44.53	0.1732	153	0.1664	3069	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.136	2.0798	-0.3925	3.0388	0.014	7.4186	-0.0441	-0.1789	-0.3217	0.1116	0.0768	-0.1184	0.4268	0.123	-0.0617	0.3291	0.0345	0.0238	0.2312	0.0396	0.53	22.5096	-53.5322	55.3764
2	1.7982	-0.3874	1.63	4.8018	-1.0033	5.1118	0.0183	-0.0518	0.0457	-0.0728	-0.0844	-0.0891	-0.0998	-0.3168	0.0756	0.2786	0.0187	0.0215	0.2377	-0.0133	0.3958	14.6689	-43.3453	19.9826
3	5.7567	-1.4044	1.1593	4.5233	-0.3834	6.812	0.0541	-0.4267	0.2654	0.263	-0.0472	0.1451	-0.698	-0.5222	-0.0174	0.4797	0.1142	0.0008	0.4347	-0.0851	0.4832	8.4982	-26.7563	31.0027
4	3.117	1.0653	-0.0763	4.55	-1.5701	6.1917	-0.065	-0.0971	0.0622	0.2537	-0.0113	0.168	-0.0383	-0.4236	0.0967	0.2923	0.0053	0.034	0.2557	0.0052	0.4139	32.4383	-34.6221	54.0781

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 120 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 121 through 240 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'R' and (resid 2 through 125 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'R' and (resid 126 through 240 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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