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- PDB-8r40: Crystal structure of diabody CR57 in complex with rabies virus pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r40
タイトルCrystal structure of diabody CR57 in complex with rabies virus protein G domain III
要素
  • Glycoprotein
  • Homospecific Diabody CR57
キーワードVIRAL PROTEIN / Rabies glycoprotein / antibody-antigen complex / CR57 diabody / antibody / engineered antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Rhabdovirus glycoprotein G PH domain / : / Rhabdovirus spike glycoprotein G central domain / Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein fusion domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rabies virus CVS-11 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kedari, A. / Rissanen, I.
資金援助 フィンランド, 3件
組織認可番号国
Academy of Finland#342988 and #346508 フィンランド
University of Helsinki フィンランド
Finnish Cultural Foundation#00240631 フィンランド
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural insight into rabies virus neutralization revealed by an engineered antibody scaffold.
著者: Kedari, A. / Iheozor-Ejiofor, R. / Salminen, P. / Ugurlu, H. / Makela, A.R. / Levanov, L. / Vapalahti, O. / Hytonen, V.P. / Saksela, K. / Rissanen, I.
履歴
登録2023年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.22024年12月18日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Homospecific Diabody CR57
A: Homospecific Diabody CR57
G: Glycoprotein
C: Glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5918
ポリマ－83,2234
非ポリマー3684
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, THe complex elutes as a hetero-tetramer comprised of the diabody (dimer) and two copies of bound domain III antigen
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8870 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area28560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.200, 69.720, 190.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Space group name HallP2c2

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要素

#1: 抗体 Homospecific Diabody CR57


分子量: 28057.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Glycoprotein


分子量: 13553.423 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rabies virus CVS-11 (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O92284
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystallized in condition containing 0.1 M calcium chloride, 0.1 M imidazole pH 6.5, 10 % (v/v) 2-propanol and 30 % (w/v) PEG1500.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→65.48 Å / Num. obs: 21737 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 66.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 1.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1067 / CC1/2: 0.689 / Rpim(I) all: 0.392

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia23.10.1データ削減
xia23.10.1データスケーリング
PHENIX1.19rc6-4061位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→56.28 Å / SU ML: 0.3863 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.3333
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2586 1111 5.11 %
Rwork0.2169 20626 -
obs0.2191 21737 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→56.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4949 0 24 0 4973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00195076
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51176861
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0398737
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033880
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.2226717
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.820.40191450.31452508X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.970.32311230.26872539X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.160.28441260.24752566X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.40.29531380.25032529X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.740.2491460.2182547X-RAY DIFFRACTION100
3.74-4.290.24861400.20062578X-RAY DIFFRACTION100
4.29-5.40.22251420.18062617X-RAY DIFFRACTION100
5.4-56.280.24971510.21592742X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.010840180071.434435278760.361253770126.619621077912.415792987961.853864257930.005139071154310.193661766077-0.06014270124750.477119384280.0836632816251-0.778910579526-0.003851766780830.473363113457-0.06291955012960.418684556750.0560782710479-0.1560408893780.6773922498940.04057673128910.675301969584-1.04681507165-25.4265666439-27.1856146625
23.022087030581.32810253113-1.056941692923.97954622023-2.729172380948.202739682830.04991548503770.02730664993130.0613964588188-0.05131164601050.0326540084735-0.0369115782633-0.008228973234340.0650500832791-0.0347240598260.3242321387140.01040672359690.06045716717420.341893605312-0.01115728108770.484455949761-12.6848231194-56.3416902508-37.8528137799
32.52061187090.38648389604-1.091729744096.6165939291-0.3244664965696.037786482640.285311979849-0.02412194601490.1796010502250.305132846476-0.1323131510980.301696262374-0.32860497324-0.359799569393-0.09307824881250.3644522003510.02031140734780.1682702232790.4200164057370.01376298571960.521242703955-29.8486238691-47.0247415253-26.9258367129
45.97273739084-4.593238358872.390770027176.12735895766-2.809029195047.633385244480.419297403847-0.0346505212095-0.301107532009-0.414022288373-0.9621224535620.5718673557131.41624633596-0.3006551951230.3196032956590.713400088844-0.1501005475720.1319874639840.448256172538-0.05641912683850.59981200492-26.7367281999-60.4346991591-31.4798781027
53.209115173821.462454485241.534119030014.03707982090.8422938712263.30220564383-0.116324877580.1274689469640.2496819903550.1413792580280.04022245902390.190064997095-0.07044948181320.1914839585820.09692255166840.4226362581640.00457140556324-0.02916759355050.5033182273720.02342142774190.472216328375-16.4341407558-16.8160345854-38.1063559596
69.449782889771.39221260711-0.231137912429.51860220818-6.552816593354.68697250040.781875214040.572500435417-0.4474742566511.15165654022-0.437954759433-1.029100909770.645734387360.489209604511-0.4313779412011.151323959780.0232619913377-0.3408164271740.653350420664-0.114339870151.175973714911.1847270083-14.0990578262-9.8726047229
75.3954567189-4.123618373772.259448373425.78353410587-6.580612092439.833508938160.0365566617810.9357110660220.148266987001-0.3683313064080.4463577997390.7226669732960.1834432902380.752617282171-0.4702067802570.878989189949-0.165648099382-0.3628441246870.823150991937-0.1267795355680.8591778919968.36390544991-9.17298156687-13.9728077845
82.151864557152.73887101589-0.2878709795527.335169291430.5889430374377.15130672677-0.3582657451690.5967326718640.1884419009180.912601047487-0.4891973357140.042397619613-0.5757654811640.5017001509250.6396450543910.884399400664-0.00271237156879-0.3178789068380.7422487441110.08395332021820.6674308313439.34113247245-6.58231525823-5.18610300575
92.981452277781.28491105224-3.834005243525.04868669890.3901728336566.03432119225-0.368891653743-0.1172348284140.9560752975720.5885820880560.5947411245980.386905221290.829122408716-0.450373589176-0.2843409617980.818228368167-0.00872867751831-0.2407842011970.714367144238-0.1397023166720.778512049867-2.15834105187-6.59705469513-12.4364913116
104.19489787533-2.80114910612-3.470655498823.974383195592.571749344993.034881412940.1229756713090.4482930146080.211726454133-0.4687836788210.03235092057340.203504791604-0.00897417586584-0.475021731333-0.3786494905940.903673097694-0.1684161842580.1634452391420.8918943990680.1115481468780.961116485044-36.4216505839-60.1076036988-9.60629900983
116.40434865462-3.62632490314-4.671069035618.594467533072.649389858978.28165438852-0.778168000616-1.00960231279-0.658269120380.4771725911150.1376141733760.306256760524-0.3327378615650.9716831782050.6207504641050.745193723081-0.06070506431060.1165579280280.6171914027980.1502919658360.597142153804-27.6492048901-61.3500597487-7.34117174294
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'R' and (resid 2 through 135 )RA2 - 1351 - 134
22chain 'R' and (resid 136 through 241 )RA136 - 241135 - 240
33chain 'A' and (resid -1 through 100 )AB-1 - 1001 - 102
44chain 'A' and (resid 101 through 120 )AB101 - 120103 - 122
55chain 'A' and (resid 121 through 240 )AB121 - 240123 - 242
66chain 'G' and (resid 34 through 46 )GC34 - 461 - 13
77chain 'G' and (resid 47 through 210 )GC47 - 21014 - 42
88chain 'G' and (resid 211 through 222 )GC211 - 22243 - 54
99chain 'G' and (resid 223 through 255 )GC223 - 25555 - 85
1010chain 'C' and (resid 34 through 210 )CD34 - 2101 - 44
1111chain 'C' and (resid 211 through 255 )CD211 - 25545 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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