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万見
- PDB-8r1e: crystal structure of acyl-CoA dehydrogenase FadE2 mutant (PA0508 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r1e
タイトルcrystal structure of acyl-CoA dehydrogenase FadE2 mutant (PA0508 M130G E296A Q303A) from Pseudomonas aeruginosa
要素Probable acyl-CoA dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / acyl-CoA dehydrogenase / beta-oxidation
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal, bacteria / Acyl-CoA dehydrogenase N terminal / Acetyl-CoA dehydrogenase-like C-terminal domain / Acetyl-CoA dehydrogenase C-terminal like / : / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain ...Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal, bacteria / Acyl-CoA dehydrogenase N terminal / Acetyl-CoA dehydrogenase-like C-terminal domain / Acetyl-CoA dehydrogenase C-terminal like / : / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / TRIETHYLENE GLYCOL / Probable acyl-CoA dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Wang, M. / Brear, P. / Welch, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cystic Fibrosis TrustSRC017 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Pseudomonas aeruginosa acyl-CoA dehydrogenases and structure-guided inversion of their substrate specificity.
著者: Wang, M. / Medarametla, P. / Kronenberger, T. / Deingruber, T. / Brear, P. / Figueroa, W. / Ho, P.M. / Krueger, T. / Pearce, J.C. / Poso, A. / Wakefield, J.G. / Spring, D.R. / Welch, M.
履歴
登録2023年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Probable acyl-CoA dehydrogenase
A: Probable acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,3968
ポリマ－127,3992
非ポリマー1,9986
水15,349852
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12230 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area38630 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)61.892, 64.756, 287.954
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable acyl-CoA dehydrogenase


分子量: 63699.270 Da / 分子数: 2 / 変異: M130G E296A Q303A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA0508 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I610
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 852 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 25% (w/v) PEG 1500 ; 0.1 M PCB (pH 7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→71.99 Å / Num. obs: 147729 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 2.632 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 6871 / CC1/2: 0.31 / Rpim(I) all: 1.143 / Rrim(I) all: 2.884 / % possible all: 94.93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DIALSデータスケーリング
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8PNG

8png


解像度: 1.62→71.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 4.68 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22358 2005 1.4 %RANDOM
Rwork0.19135 ---
obs0.19181 144075 98.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.605 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.14 Å20 Å20 Å2
2--3.51 Å2-0 Å2
3----2.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.62→71.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8930 0 134 852 9916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0139261
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0158728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4791.63712560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4161.57420076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.93551183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.17622.096439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.777151470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7921556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0210585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022081
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8922.8324738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8922.8324737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5514.245919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5514.245920
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9283.1534523
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9283.1544524
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4144.66642
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.49434.72111047
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.42434.31910813
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.503 117 -
Rwork0.499 8950 -
obs--83.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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