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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r09 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss+ATPgammaS complex | ||||||
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生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, Z. / Kumar, V. / Dybkov, O. / Will, C.L. / Zhong, J. / Ludwig, S. / Urlaub, H. / Kastner, B. / Stark, H. / Luehrmann, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the cross-exon to cross-intron spliceosome switch. 著者: Zhenwei Zhang / Vinay Kumar / Olexandr Dybkov / Cindy L Will / Jiayun Zhong / Sebastian E J Ludwig / Henning Urlaub / Berthold Kastner / Holger Stark / Reinhard Lührmann / ![]() ![]() 要旨: Early spliceosome assembly can occur through an intron-defined pathway, whereby U1 and U2 small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs) assemble across the intron. Alternatively, it can occur ...Early spliceosome assembly can occur through an intron-defined pathway, whereby U1 and U2 small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs) assemble across the intron. Alternatively, it can occur through an exon-defined pathway, whereby U2 binds the branch site located upstream of the defined exon and U1 snRNP interacts with the 5' splice site located directly downstream of it. The U4/U6.U5 tri-snRNP subsequently binds to produce a cross-intron (CI) or cross-exon (CE) pre-B complex, which is then converted to the spliceosomal B complex. Exon definition promotes the splicing of upstream introns and plays a key part in alternative splicing regulation. However, the three-dimensional structure of exon-defined spliceosomal complexes and the molecular mechanism of the conversion from a CE-organized to a CI-organized spliceosome, a pre-requisite for splicing catalysis, remain poorly understood. Here cryo-electron microscopy analyses of human CE pre-B complex and B-like complexes reveal extensive structural similarities with their CI counterparts. The results indicate that the CE and CI spliceosome assembly pathways converge already at the pre-B stage. Add-back experiments using purified CE pre-B complexes, coupled with cryo-electron microscopy, elucidate the order of the extensive remodelling events that accompany the formation of B complexes and B-like complexes. The molecular triggers and roles of B-specific proteins in these rearrangements are also identified. We show that CE pre-B complexes can productively bind in trans to a U1 snRNP-bound 5' splice site. Together, our studies provide new mechanistic insights into the CE to CI switch during spliceosome assembly and its effect on pre-mRNA splice site pairing at this stage. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 18787MC ![]() 8qozC ![]() 8qp8C ![]() 8qp9C ![]() 8qpaC ![]() 8qpbC ![]() 8qpeC ![]() 8qpkC ![]() 8qxdC ![]() 8qzsC ![]() 8r08C ![]() 8r0aC ![]() 8r0bC ![]() 8rm5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7種, 7分子 66676263686465
#1: タンパク質 | 分子量: 9139.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11617.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 10847.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 11859.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 10410.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 15375.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 9945.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-U5 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 EB
#8: タンパク質 | 分子量: 39359.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#29: タンパク質 | 分子量: 244823.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-Splicing factor 3B subunit ... , 6種, 6分子 B4B2B5B3B1B6
#9: タンパク質 | 分子量: 44436.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#13: タンパク質 | 分子量: 100377.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 135718.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 146024.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#19: タンパク質 | 分子量: 14606.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 6種, 6分子 Z25z46
#10: RNA鎖 | ![]() 分子量: 111300.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#15: RNA鎖 | ![]() 分子量: 60186.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#42: RNA鎖 | ![]() 分子量: 37254.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#43: RNA鎖 | 分子量: 3555.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#45: RNA鎖 | ![]() 分子量: 46181.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#46: RNA鎖 | ![]() 分子量: 34098.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-Splicing factor 3A subunit ... , 3種, 3分子 897
#11: タンパク質 | 分子量: 49327.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#12: タンパク質 | 分子量: 58934.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#44: タンパク質 | 分子量: 88991.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 11種, 13分子 BP2b4b5bWGNAUSCMD
#17: タンパク質 | 分子量: 12427.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
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#23: タンパク質 | 分子量: 24642.131 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #30: タンパク質 | | 分子量: 19230.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #31: タンパク質 | | 分子量: 95785.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #35: タンパク質 | | 分子量: 107092.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #36: タンパク質 | | 分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #37: タンパク質 | | 分子量: 65481.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #38: タンパク質 | | 分子量: 90414.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #39: タンパク質 | | 分子量: 109560.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #40: タンパク質 | | 分子量: 14191.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #41: タンパク質 | | 分子量: 16807.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 18分子 2242522f4f5f2343532g4g5g2e4e5e214151
#20: タンパク質 | 分子量: 13551.928 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #22: タンパク質 | 分子量: 9734.171 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #24: タンパク質 | 分子量: 13940.308 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #25: タンパク質 | 分子量: 8508.084 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #26: タンパク質 | 分子量: 10817.601 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #27: タンパク質 | 分子量: 13310.653 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 2B2A
#21: タンパク質 | 分子量: 25524.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#28: タンパク質 | 分子量: 28456.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ... , 3種, 3分子 JLF
#32: タンパク質 | 分子量: 77669.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#33: タンパク質 | 分子量: 55528.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | 分子量: 58536.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: human spliceosomal pre-B+5'ss+ATPyS complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成![]() | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 411185 / 対称性のタイプ: POINT |