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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qp9 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Pre-B+AMPPNP Complex (core part) | ||||||
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![]() | SPLICING / spliceosome | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / RNA localization / U4atac snRNA binding / R-loop processing / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / RNA splicing, via transesterification reactions ...ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / RNA localization / U4atac snRNA binding / R-loop processing / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type catalytic step 1 spliceosome / U4 snRNA binding / snRNP binding / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / U2-type prespliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / mRNA 3'-splice site recognition / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / MLL1 complex / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / protein deubiquitination / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / ribonucleoprotein complex binding / Cajal body / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / response to cocaine / helicase activity / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / osteoblast differentiation / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / nucleic acid binding / hydrolase activity / RNA helicase activity / nuclear speck / ciliary basal body / cilium / RNA helicase / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / mRNA binding / centrosome / GTP binding / chromatin / nucleolus / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||
![]() | Zhang, Z. / Kumar, V. / Dybkov, O. / Will, C.L. / Zhong, J. / Ludwig, S. / Urlaub, H. / Kastner, B. / Stark, H. / Luehrmann, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the cross-exon to cross-intron spliceosome switch. 著者: Zhenwei Zhang / Vinay Kumar / Olexandr Dybkov / Cindy L Will / Jiayun Zhong / Sebastian E J Ludwig / Henning Urlaub / Berthold Kastner / Holger Stark / Reinhard Lührmann / ![]() ![]() 要旨: Early spliceosome assembly can occur through an intron-defined pathway, whereby U1 and U2 small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs) assemble across the intron. Alternatively, it can occur ...Early spliceosome assembly can occur through an intron-defined pathway, whereby U1 and U2 small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs) assemble across the intron. Alternatively, it can occur through an exon-defined pathway, whereby U2 binds the branch site located upstream of the defined exon and U1 snRNP interacts with the 5' splice site located directly downstream of it. The U4/U6.U5 tri-snRNP subsequently binds to produce a cross-intron (CI) or cross-exon (CE) pre-B complex, which is then converted to the spliceosomal B complex. Exon definition promotes the splicing of upstream introns and plays a key part in alternative splicing regulation. However, the three-dimensional structure of exon-defined spliceosomal complexes and the molecular mechanism of the conversion from a CE-organized to a CI-organized spliceosome, a pre-requisite for splicing catalysis, remain poorly understood. Here cryo-electron microscopy analyses of human CE pre-B complex and B-like complexes reveal extensive structural similarities with their CI counterparts. The results indicate that the CE and CI spliceosome assembly pathways converge already at the pre-B stage. Add-back experiments using purified CE pre-B complexes, coupled with cryo-electron microscopy, elucidate the order of the extensive remodelling events that accompany the formation of B complexes and B-like complexes. The molecular triggers and roles of B-specific proteins in these rearrangements are also identified. We show that CE pre-B complexes can productively bind in trans to a U1 snRNP-bound 5' splice site. Together, our studies provide new mechanistic insights into the CE to CI switch during spliceosome assembly and its effect on pre-mRNA splice site pairing at this stage. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 104.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 173.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 18545MC ![]() 8qozC ![]() 8qp8C ![]() 8qpaC ![]() 8qpbC ![]() 8qpeC ![]() 8qpkC ![]() 8qxdC ![]() 8qzsC ![]() 8r08C ![]() 8r09C ![]() 8r0aC ![]() 8r0bC ![]() 8rm5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 11種, 11分子 7BCDRSUXGAN
#1: タンパク質 | 分子量: 88991.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 244823.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 109560.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 16807.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 50477.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 90414.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 65481.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 18915.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 95785.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 107092.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 JL
#5: タンパク質 | 分子量: 77669.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#6: タンパク質 | 分子量: 55528.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-RNA鎖 , 3種, 3分子 654
#12: RNA鎖 | 分子量: 34098.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#13: RNA鎖 | 分子量: 37254.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#14: RNA鎖 | 分子量: 46181.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-非ポリマー , 1種, 1分子 
#17: 化合物 | ChemComp-IHP / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: human spliceosomal pre-B+AMPPNP complex / タイプ: COMPLEX Entity ID: #1, #11-#14, #8, #3, #9, #15, #7, #16, #6, #5, #4, #10, #2 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53422 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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