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万見
- PDB-8qp8: Cryo-EM Structure of Pre-B Complex (core part) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qp8
タイトルCryo-EM Structure of Pre-B Complex (core part)
要素
  • (U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
  • Pre-mRNA-processing factor 6
  • Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
  • Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23
  • RNA-binding protein 42
  • Splicing factor 3A subunit 1
  • Thioredoxin-like protein 4A
  • U4 snRNA
  • U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein
  • U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39
キーワードSPLICING / spliceosome
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / RNA localization / U4atac snRNA binding / R-loop processing / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type catalytic step 1 spliceosome ...ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / RNA localization / U4atac snRNA binding / R-loop processing / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type catalytic step 1 spliceosome / snRNP binding / spliceosomal tri-snRNP complex / U4 snRNA binding / U2-type precatalytic spliceosome / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U2 snRNP / U4 snRNP / U2-type prespliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / mRNA 3'-splice site recognition / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / MLL1 complex / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / protein deubiquitination / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / ribonucleoprotein complex binding / U1 snRNA binding / Cajal body / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / response to cocaine / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / cellular response to xenobiotic stimulus / mRNA processing / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / protein-macromolecule adaptor activity / nucleic acid binding / ubiquitinyl hydrolase 1 / RNA helicase activity / hydrolase activity / nuclear speck / ciliary basal body / RNA helicase / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / mRNA binding / centrosome / chromatin / GTP binding / nucleolus / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27kDa protein / RBM42, RNA recognition motif / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoproteins / : / USP39 / DDX23-like domain / SNU66/SART1 family / HIND motif / SART-1 family / HIND motif ...U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27kDa protein / RBM42, RNA recognition motif / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoproteins / : / USP39 / DDX23-like domain / SNU66/SART1 family / HIND motif / SART-1 family / HIND motif / PWI domain superfamily / PWI domain / PWI domain profile. / Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / pre-mRNA processing factor 3 domain / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Splicing factor 3A subunit 1, ubiquitin domain / Prp31 C terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / PWI domain / PWI, domain in splicing factors / Dim1 family / Mitosis protein DIM1 / Mitosis protein DIM1 / PRP1 splicing factor, N-terminal / PRP1 splicing factor, N-terminal / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Splicing factor 3A subunit 1 / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / : / Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / Tetratricopeptide repeat / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / Snu114, GTP-binding domain / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / Tetratricopeptide repeat / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / Elongation factor Tu domain 2 / MPN domain / MPN domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / Pre-mRNA-processing factor 6 ...INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / Pre-mRNA-processing factor 6 / Thioredoxin-like protein 4A / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Splicing factor 3A subunit 1 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39 / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / RNA-binding protein 42 / Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhang, Z. / Kumar, V. / Dybkov, O. / Will, C.L. / Zhong, J. / Ludwig, S. / Urlaub, H. / Kastner, B. / Stark, H. / Luehrmann, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the cross-exon to cross-intron spliceosome switch.
著者: Zhenwei Zhang / Vinay Kumar / Olexandr Dybkov / Cindy L Will / Jiayun Zhong / Sebastian E J Ludwig / Henning Urlaub / Berthold Kastner / Holger Stark / Reinhard Lührmann /
要旨: Early spliceosome assembly can occur through an intron-defined pathway, whereby U1 and U2 small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs) assemble across the intron. Alternatively, it can occur ...Early spliceosome assembly can occur through an intron-defined pathway, whereby U1 and U2 small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs) assemble across the intron. Alternatively, it can occur through an exon-defined pathway, whereby U2 binds the branch site located upstream of the defined exon and U1 snRNP interacts with the 5' splice site located directly downstream of it. The U4/U6.U5 tri-snRNP subsequently binds to produce a cross-intron (CI) or cross-exon (CE) pre-B complex, which is then converted to the spliceosomal B complex. Exon definition promotes the splicing of upstream introns and plays a key part in alternative splicing regulation. However, the three-dimensional structure of exon-defined spliceosomal complexes and the molecular mechanism of the conversion from a CE-organized to a CI-organized spliceosome, a pre-requisite for splicing catalysis, remain poorly understood. Here cryo-electron microscopy analyses of human CE pre-B complex and B-like complexes reveal extensive structural similarities with their CI counterparts. The results indicate that the CE and CI spliceosome assembly pathways converge already at the pre-B stage. Add-back experiments using purified CE pre-B complexes, coupled with cryo-electron microscopy, elucidate the order of the extensive remodelling events that accompany the formation of B complexes and B-like complexes. The molecular triggers and roles of B-specific proteins in these rearrangements are also identified. We show that CE pre-B complexes can productively bind in trans to a U1 snRNP-bound 5' splice site. Together, our studies provide new mechanistic insights into the CE to CI switch during spliceosome assembly and its effect on pre-mRNA splice site pairing at this stage.
履歴
登録2023年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
7: Splicing factor 3A subunit 1
G: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23
6: U6 snRNA
5: U5 snRNA
4: U4 snRNA
S: U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1
C: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
U: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39
A: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
R: RNA-binding protein 42
N: Pre-mRNA-processing factor 6
L: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31
J: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3
D: Thioredoxin-like protein 4A
X: U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,168,89216
ポリマ－1,168,23215
非ポリマー6601
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 10種, 10分子 7GSCUARNDX

#1: タンパク質 Splicing factor 3A subunit 1 / SF3a120 / Spliceosome-associated protein 114 / SAP 114


分子量: 88991.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15459
#2: タンパク質 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23


分子量: 95785.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BUQ8
#6: タンパク質 U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / SNU66 homolog / hSnu66 / Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 1 / SART-1 / hSART-1 ...SNU66 homolog / hSnu66 / Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 1 / SART-1 / hSART-1 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated 110 kDa protein


分子量: 90414.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43290
#7: タンパク質 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP- ...Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP-specific protein / 116 kDa / U5-116 kDa


分子量: 109560.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15029
#8: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39 / SAD1 homolog / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated 65 kDa protein


分子量: 65481.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q53GS9, ubiquitinyl hydrolase 1
#9: タンパク質 Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / 220 kDa U5 snRNP-specific protein / PRP8 homolog / Splicing factor Prp8 / p220


分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P2Q9
#10: タンパク質 RNA-binding protein 42 / RNA-binding motif protein 42


分子量: 50477.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BTD8
#11: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 6 / Androgen receptor N-terminal domain-transactivating protein 1 / ANT-1 / PRP6 homolog / U5 snRNP- ...Androgen receptor N-terminal domain-transactivating protein 1 / ANT-1 / PRP6 homolog / U5 snRNP-associated 102 kDa protein / U5-102 kDa protein


分子量: 107092.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O94906
#14: タンパク質 Thioredoxin-like protein 4A / DIM1 protein homolog / Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein / Thioredoxin-like U5 snRNP ...DIM1 protein homolog / Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein / Thioredoxin-like U5 snRNP protein U5-15kD


分子量: 16807.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83876
#15: タンパク質 U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein / U4/U6.U5 snRNP 27 kDa protein / U4/U6.U5-27K / Nucleic acid-binding protein RY-1 / U4/U6.U5 tri- ...U4/U6.U5 snRNP 27 kDa protein / U4/U6.U5-27K / Nucleic acid-binding protein RY-1 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated 27 kDa protein / 27K / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 3


分子量: 18915.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WVK2

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 654

#3: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 34098.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: NR_004394.1
#4: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 37254.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 20330981
#5: RNA鎖 U4 snRNA


分子量: 46181.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 340142

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U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 LJ

#12: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Pre-mRNA-processing factor 31 / Serologically defined breast cancer antigen NY-BR-99 / U4/U6 snRNP ...Pre-mRNA-processing factor 31 / Serologically defined breast cancer antigen NY-BR-99 / U4/U6 snRNP 61 kDa protein / Protein 61K / hPrp31


分子量: 55528.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WWY3
#13: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / hPrp3 / U4/U6 snRNP 90 kDa protein


分子量: 77669.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43395

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非ポリマー , 1種, 1分子

#16: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human spliceosomal cross-exon pre-B complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8, #11-#12, #14, #9-#10, #13, #15 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 279781 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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