PDB-8qzj: Crystal structure of PptT-ADP from Mycobacterium tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qzj

タイトル

Crystal structure of PptT-ADP from Mycobacterium tuberculosis

要素

4'-phosphopantetheinyl transferase PptT

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

siderophore metabolic process / enterobactin synthetase complex / holo-[acyl-carrier-protein] synthase / enterobactin biosynthetic process / siderophore biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Gavalda, S. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Catalytic Cycle of Type II 4'-Phosphopantetheinyl Transferases
著者: Gavalda, S. / Faille, A. / Fioccola, S. / Nguyen, M.C. / Carivenc, C. / Rottier, K. / Rufin, Y. / Saitta, S. / Czaplicki, G. / Guilhot, C. / Chalut, C. / Brut, M. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.

履歴

登録	2023年10月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qzj.cif.gz	636.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qzj.ent.gz	441.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qzj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8qzj_validation.pdf.gz	5.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qzj_full_validation.pdf.gz	5.3 MB	表示
XML形式データ	8qzj_validation.xml.gz	40 KB	表示
CIF形式データ	8qzj_validation.cif.gz	55.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/8qzj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/8qzj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8qzhC 8qziC 4u89 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT

B: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT

C: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT

D: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT

ヘテロ分子

110 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.860, 68.792, 210.063
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-412- HOH
2	1	D-491- HOH

#1: タンパク質	4'-phosphopantetheinyl transferase PptT 分子量: 26908.865 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: pptT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O33336
#2: 化合物	ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.36 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES 20 %w/v PEG 4K 10 %v/v 2-Propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97954 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.97 Å / Num. obs: 64995 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 33.45 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2→2.071 Å / Num. unique obs: 6436 / CC_1/2: 0.41

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
autoPROC		data processing
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→47.97 Å / SU ML: 0.3023 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.4076
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2677	3084	2.65 %
R_work	0.2189	113427	-
obs	0.216	63507	93.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6859	0	116	518	7493

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	7159
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6961	9808
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1112
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	1245
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.7784	2562

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.03	0.3658	168	0.3385	5292	X-RAY DIFFRACTION	96.47
2.03-2.06	0.3785	116	0.3222	5355	X-RAY DIFFRACTION	96.47
2.06-2.1	0.3223	150	0.309	5277	X-RAY DIFFRACTION	96.33
2.1-2.14	0.3211	154	0.302	5293	X-RAY DIFFRACTION	96.27
2.14-2.18	0.3211	134	0.2992	5352	X-RAY DIFFRACTION	95.74
2.18-2.22	0.4157	131	0.3731	4572	X-RAY DIFFRACTION	84.06
2.22-2.27	0.6498	86	0.5013	3266	X-RAY DIFFRACTION	58.41
2.27-2.33	0.5015	136	0.3695	4738	X-RAY DIFFRACTION	86.77
2.33-2.38	0.3484	132	0.2778	5418	X-RAY DIFFRACTION	97.52
2.38-2.45	0.2834	152	0.2552	5338	X-RAY DIFFRACTION	96.96
2.45-2.52	0.302	145	0.2467	5304	X-RAY DIFFRACTION	96.34
2.52-2.6	0.2824	143	0.2447	5259	X-RAY DIFFRACTION	95.76
2.6-2.69	0.3101	146	0.2434	5213	X-RAY DIFFRACTION	94.85
2.69-2.8	0.3106	157	0.2317	5433	X-RAY DIFFRACTION	98.5
2.8-2.93	0.292	138	0.2201	5379	X-RAY DIFFRACTION	97.94
2.93-3.08	0.3012	148	0.2101	5369	X-RAY DIFFRACTION	97.08
3.08-3.28	0.2565	140	0.1989	5337	X-RAY DIFFRACTION	95.87
3.28-3.53	0.27	150	0.1867	5092	X-RAY DIFFRACTION	93.19
3.53-3.88	0.2185	150	0.1855	5283	X-RAY DIFFRACTION	95.94
3.89-4.45	0.183	125	0.1467	5339	X-RAY DIFFRACTION	96.88
4.45-5.6	0.1804	141	0.1389	5223	X-RAY DIFFRACTION	94.11
5.6-47.97	0.1819	142	0.1717	5295	X-RAY DIFFRACTION	96.03

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.90056497679	-1.30130673296	-3.0753434518	3.90226396911	-0.321786139549	6.22044381575	-0.792111158196	2.06443079413	-0.557738129439	-0.0215548955178	0.413629744117	-0.243935827162	0.262198837048	0.636743766965	0.359880710791	0.409253229004	-0.0859023038644	0.0304441928366	0.746764675737	-0.0796882087558	0.277641905255	-14.0739106908	-7.65940455276	25.793272128
2	6.0453292554	0.950191165283	0.629940078684	3.91817488194	0.477210021165	4.83215024984	-0.219745246271	0.900365108558	-0.279223543885	-0.296229244437	0.085880729798	0.377754611099	0.553272382802	0.145766504798	0.122286795397	0.426338793322	-0.0352109654958	-0.0639603275553	0.320943719451	-0.0342995854455	0.22595386564	-21.3344360014	-15.8113382495	33.0795090057
3	4.79015306708	0.300915077176	1.62046911135	4.60858820719	-0.494833866624	7.28525979463	0.129805320646	-0.701201726687	0.0904684697116	0.278059763819	0.0995223501177	0.204226337727	0.930153791313	-1.03021145451	-0.0521390645636	0.43583269986	-0.143725329479	0.0207615388105	0.355719164407	-0.0190747276163	0.294095923246	-25.8935903146	-16.0655072755	49.2208508096
4	3.65577410806	-0.720412802823	-1.51070978404	2.06027205375	-0.035871656929	3.22064224005	0.0590850154352	0.251162738816	-0.236810768795	0.238473274242	-0.149668853466	-0.0879523937341	0.771557745732	0.568390116958	0.0704943848665	0.399521130527	0.0414087740074	-0.00726550149067	0.313646890033	-0.0304172267736	0.217949706804	-14.2271228599	-17.0224801515	40.9690958326
5	2.50475123713	-0.454104752247	-0.372631651432	3.45988423244	0.814638879134	4.20814894369	-0.102780317902	0.014685508162	0.475453470749	0.16430253428	0.0822966409729	-0.196161498352	-0.436827425226	0.232993103963	0.0556547052259	0.275940426997	-0.0742771718111	-0.0590729731281	0.351902252658	-0.0121172335417	0.267335585955	-16.7735097882	1.16668475911	37.9909181828
6	8.50316215636	-3.61854955587	0.922541224439	2.75338869621	-1.83005766167	2.70160531876	-1.03796733582	-1.86315719744	0.0815599428268	0.516482959707	-0.104767050407	-0.194319941018	-0.763628803358	0.430866354411	1.11720118189	0.716892349436	-0.134547049519	-0.182817796555	0.894376723042	0.199573796368	0.886494658153	-17.3582097636	14.6310671029	28.1858871535
7	8.5861110913	-1.31671289325	3.10700615165	3.69460501754	-0.566901959126	5.6985837776	0.109061160753	0.677630962488	0.702960512875	0.084544207913	-0.346248229737	0.0709586118305	-0.255012393415	-0.45298909958	0.350158037368	0.457146234285	-0.060134483652	-0.020409803354	0.374453541544	0.0544445705225	0.356757450277	-19.9754669752	8.51322568655	35.1843932168
8	1.79735440569	-0.473356547749	0.187976848753	2.29615007778	-0.763002854776	2.43793391279	-0.129227360838	-0.0194831460412	0.190322562212	0.175962656629	-0.0594185799564	0.00932177079973	-0.425444558092	0.0737566151287	0.18704277697	0.406372895239	-0.162563113261	-0.0472571175806	0.455949523661	0.0413754154805	0.319717672485	-8.75484544164	3.15575845208	41.4406954149
9	4.00106801162	-0.698612047004	1.56866293631	1.78325597722	-0.372273421841	3.662216908	-0.244655580091	1.0217881143	0.0605600456242	-0.101431750039	0.00585154416802	-0.390950350659	-0.390903908463	1.34090735101	0.265401910878	0.369539411391	-0.158772781409	-0.0465256197861	0.535113616465	0.0819595110192	0.360665345834	-9.40766962711	1.85668011017	33.3654002419
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32	3.03730021274	-2.46983120178	1.08536271447	4.14635628786	1.31907668732	3.96543971682	0.243870229727	-0.23802385825	1.00530111843	-0.19599287923	-0.147425835426	-0.115183341283	-0.25756377254	0.365659117263	-0.085759108412	0.241742973039	0.0341754858305	-0.0224531146778	0.199262577545	-0.0154621145016	0.254095730809	-43.5028974071	4.51784567656	86.5368371292
33	1.86458663438	-1.24554876384	0.285565898018	2.99617748301	-0.0862972792442	3.19940637227	0.21860971525	-0.689227860256	-1.09612518119	0.154142414296	-0.0911656618035	0.16730578402	0.482682053495	-0.594738274499	-0.0658411997706	0.284481220513	-0.0554935412199	0.0413354999665	0.583041700262	0.0809273796585	0.601897114539	-65.3242045226	0.565865929696	95.5271234447
34	5.32169105302	0.0951502396864	2.67011741371	1.47515547556	-0.308826953236	2.27079927015	-0.0512736186792	-0.265166985588	-0.472617171117	0.0393251917232	0.229020076136	-0.0314734477391	-0.207308919543	-0.335687444419	-0.148300861011	0.265928699199	0.0730925789972	0.00315780956591	0.377571805709	-0.0210086229231	0.311764755092	-57.1038034903	5.13997118115	91.6692528142
35	6.59607431393	2.53603687181	4.28465235873	5.48084652548	-0.191485217457	3.52262608119	0.25639750329	0.672224866845	-0.333230377328	-1.27217596574	-0.0658804167598	0.19028338979	0.90769008356	0.972082749562	-0.168774982223	0.386777343443	0.116987921189	-0.069447737541	0.447842482952	-0.0606680027269	0.368824811084	-58.516880744	2.43852102591	76.5247999084
36	4.79639783437	-0.664288125777	1.52514880602	4.29397327169	-0.230436281438	3.5317734218	0.178325471437	0.255017685239	0.367192917018	-0.409139299739	-0.264788991567	-0.0438624023992	-0.370020418241	-0.0772658071583	0.113178015962	0.191101510973	0.0338400334503	-0.00330064941155	0.26327623649	0.0195745387939	0.232936228328	-51.4370557637	8.84665748626	87.4335211259

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 15)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 33 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 34 through 53 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 54 through 91 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 92 through 137 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 138 through 144 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 145 through 156 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 157 through 183 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 184 through 227 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 4 through 15 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 16 through 27 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 28 through 84 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 85 through 104 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 105 through 118 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 119 through 142 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 143 through 155 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 156 through 198 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 199 through 227 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 4 through 13 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 14 through 18 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 19 through 64 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 65 through 89 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 90 through 118 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 119 through 129 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 130 through 153 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 154 through 200 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 201 through 227 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 4 through 14 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 15 through 35 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 36 through 51 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 52 through 101 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 102 through 118 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 119 through 136 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 137 through 180 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 181 through 191 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 192 through 227 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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