PDB-8qzh: Crystal structure of apo-PptT from Mycobacterium tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qzh

タイトル

Crystal structure of apo-PptT from Mycobacterium tuberculosis

要素

4'-phosphopantetheinyl transferase PptT

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

siderophore metabolic process / enterobactin synthetase complex / holo-[acyl-carrier-protein] synthase / enterobactin biosynthetic process / siderophore biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Gavalda, S. / Carivenc, C. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Catalytic Cycle of Type II 4'-Phosphopantetheinyl Transferases
著者: Gavalda, S. / Faille, A. / Fioccola, S. / Nguyen, M.C. / Carivenc, C. / Rottier, K. / Rufin, Y. / Saitta, S. / Czaplicki, G. / Guilhot, C. / Chalut, C. / Brut, M. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.

履歴

登録	2023年10月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qzh.cif.gz	156.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qzh.ent.gz	117.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qzh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qzh_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qzh_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	8qzh_validation.xml.gz	7.1 KB	表示
CIF形式データ	8qzh_validation.cif.gz	10.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/8qzh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/8qzh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qziC 8qzjC 4u89 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT

ヘテロ分子

27.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.169, 46.169, 181.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁
Space group name Hall	P6₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	4'-phosphopantetheinyl transferase PptT 分子量: 26908.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: pptT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O33336
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.78 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 3M Mg acetate 0.1M Na acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976254 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→60.59 Å / Num. obs: 23986 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.75 Å² / CC_1/2: 0.944 / Net I/σ(I): 3.3
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / Num. unique obs: 2366 / CC_1/2: 0.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
autoPROC		data processing
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→39.99 Å / SU ML: 0.2399 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.9121
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2341	2076	4.39 %
R_work	0.2059	45213	-
obs	0.2072	23969	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1798	0	15	138	1951

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0038	1878
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7164	2567
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	291
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	334
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.4185	264

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.74	0.3602	133	0.3569	2769	X-RAY DIFFRACTION	92.33
1.74-1.78	0.2997	139	0.3407	3020	X-RAY DIFFRACTION	98.56
1.78-1.83	0.3702	134	0.3084	2987	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.83-1.89	0.3329	134	0.2962	3016	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.89-1.95	0.2578	142	0.2807	3054	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.02	0.2637	140	0.2546	3068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.1	0.3036	143	0.2416	3038	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.1-2.19	0.2287	138	0.2331	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.31	0.2487	140	0.2211	3071	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.31-2.45	0.2532	140	0.2169	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.64	0.2333	127	0.2079	3041	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.64-2.91	0.2134	142	0.2043	3029	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.91-3.33	0.2432	144	0.1898	3044	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-4.19	0.2028	140	0.1638	3042	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.19-39.98	0.197	140	0.1681	3018	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.295476983938	-0.148847843754	-0.355278290745	0.312796998277	-0.0132288422115	0.515048949989	-0.0555769820378	0.0718016087796	-0.28433128695	0.163757596856	0.18186779073	-0.13757205839	-0.270483554468	-0.0843352602573	0.000214195889428	0.303432660223	0.00603452091091	-0.0150026950814	0.308895188088	0.0409458968715	0.330262710455	-13.0437819225	-2.59339588329	4.86179428244
2	0.739791435882	-0.618557029814	0.438761230953	0.543696045053	-0.393147179873	1.1378227978	0.0275216614119	-0.0300481932872	0.123602359853	-0.0111321889651	-0.0108908430941	-0.0503004107623	-0.0187396810641	0.280309384934	-0.000150293098821	0.272074299386	-0.0397341051032	0.00896031182417	0.396633515806	-0.0137883547247	0.290974375838	-0.575658266584	-1.65405006951	-9.89604247356
3	0.805985879192	0.0640324256043	-0.247948685419	0.309007859969	0.583064311324	1.20415892704	0.0868171814611	-0.106009096634	0.113151048083	0.252232538946	-0.10234026719	-0.161485227587	-0.199439332533	0.463331063048	-1.37198033526E-6	0.233687664607	-0.00442052506223	0.00850352435383	0.473136574326	0.0272608074322	0.293582451407	2.51328890519	-1.79984639474	-11.3552822748
4	0.337817101671	0.0383282651754	-0.30328946129	0.254351991534	0.0518777865226	0.280318225698	0.138739292853	0.116585837827	0.385945526977	-0.692303354344	-0.119082028667	0.0390373688507	0.276584163533	-0.0716650478	-0.000336392359764	0.353919260643	0.052152511198	-0.0528154696147	0.369787730591	-0.0147454222602	0.319224884321	-1.83103971763	-4.83252924568	-22.074556845
5	1.33632732403	-0.567611302445	-0.119559819361	1.01313772229	0.153221032446	1.60261344656	0.0617700231976	-0.0438670690527	0.0180593559005	-0.0368315922294	-0.0535023911514	0.0425176063148	-0.0743330997491	0.00326428169083	4.80776940428E-5	0.208599688493	-0.0252924690456	0.00782280201632	0.217436644683	-0.00203734121061	0.224560528198	-16.0143801928	3.98255819224	-13.3729494001
6	0.224567660544	0.215031994992	-0.0414130292524	0.210902194144	0.0437710170731	0.331453612171	0.260197141453	0.37129441621	-0.0867192254489	-0.365918511534	-0.195407112818	0.093819198052	0.129254770121	-0.166707988461	0.00117483042657	0.277609392443	0.0176732350139	0.0252787814514	0.29347623124	0.0149107034921	0.26555402837	-18.4882400913	1.49579687016	-25.6928487184
7	0.0777243522056	0.186162269228	0.000568920970044	0.398101404742	0.0525854357585	0.0747850200413	0.203661718679	0.0240151934712	-0.00919456045893	0.0660270893747	0.140601659108	0.212428350695	0.301930127129	-0.279751830113	-0.00154114589788	0.242789092778	0.0397549426742	0.0399455488855	0.319423586161	-0.0355085341939	0.290966852351	-26.7528791666	4.12724053038	-9.62671906783
8	0.736792750281	-0.324709387901	-0.274717668591	0.680272158747	-0.365112484059	0.459581848734	0.127141687575	-0.00589458840628	-0.0990269351134	0.159597848413	-0.0614549244544	0.238510807619	0.290227233929	-0.370758982444	0.000492677154861	0.228078182325	0.0164858475423	0.00531663492386	0.266841125779	-0.015054870932	0.271693870172	-24.7668968876	1.68885392032	-10.9548728577
9	0.160882249464	0.154207230022	0.113374624121	0.129182648323	0.174053324314	0.155055075442	0.0575312367807	-0.0232377463249	-0.125016472546	0.431182072158	0.084423536686	0.0652675786836	0.75483260956	0.0102550612955	0.000264814670596	0.339926932489	0.0059720966392	-0.0211032560969	0.244749909931	-0.0255429613742	0.295586970073	-22.7442856726	-8.62357078589	-18.6545976661
10	0.287521750327	-0.107692277837	-0.130318838754	0.33786880405	-0.172039628844	0.287441057996	0.125169580593	-0.0198518897064	-0.0594617962525	0.481699712968	0.0753091526143	-0.176378266363	0.208186327984	0.226397524406	-0.00010291639956	0.227417649185	0.00841834149985	-0.00702113850304	0.223768290234	-0.0474470608738	0.269821782518	-15.0446582667	3.72328286476	-4.76371541281

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -8 through 9 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 45 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 69 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 70 through 82 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 83 through 167 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 168 through 174 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 175 through 184 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 185 through 198 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 199 through 213 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 214 through 227 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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