+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8qzi | ||||||
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Title | Crystal structure of PptT-ACP from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information (phenol)carboxyphthiodiolenone synthase / siderophore metabolic process / phthiocerol biosynthetic process / phenolic phthiocerol biosynthetic process / polyketide synthase complex / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / enterobactin synthetase complex / holo-[acyl-carrier-protein] synthase / enterobactin biosynthetic process / siderophore biosynthetic process ...(phenol)carboxyphthiodiolenone synthase / siderophore metabolic process / phthiocerol biosynthetic process / phenolic phthiocerol biosynthetic process / polyketide synthase complex / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / enterobactin synthetase complex / holo-[acyl-carrier-protein] synthase / enterobactin biosynthetic process / siderophore biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Gavalda, S. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D. | ||||||
Funding support | France, 1items
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Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2024 Title: Catalytic Cycle of Type II 4'-Phosphopantetheinyl Transferases Authors: Gavalda, S. / Faille, A. / Fioccola, S. / Nguyen, M.C. / Carivenc, C. / Rottier, K. / Rufin, Y. / Saitta, S. / Czaplicki, G. / Guilhot, C. / Chalut, C. / Brut, M. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8qzi.cif.gz | 531.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8qzi.ent.gz | 367.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8qzi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8qzi_validation.pdf.gz | 5.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8qzi_full_validation.pdf.gz | 5.9 MB | Display | |
Data in XML | 8qzi_validation.xml.gz | 48.3 KB | Display | |
Data in CIF | 8qzi_validation.cif.gz | 62.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/8qzi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/8qzi | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8qzhC 8qzjC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 26908.865 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Gene: pptT / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: O33336 #2: Protein | Mass: 18568.777 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: ppsC, Rv2933 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: P96202, (phenol)carboxyphthiodiolenone synthase |
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-Non-polymers , 4 types, 64 molecules
#3: Chemical | ChemComp-COA / #4: Chemical | ChemComp-MN / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.25 / Details: 0.1 M Hepes 5 % isopropanol 24 % PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 2 / Wavelength: 0.9791 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 5, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→47.28 Å / Num. obs: 42194 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 60.25 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / Num. unique obs: 4122 / CC1/2: 0.555 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5→47.28 Å / SU ML: 0.4619 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 27.7444 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 60.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→47.28 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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