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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8qzj | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of PptT-ADP from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
Components | 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT | ||||||
Keywords | TRANSFERASE | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationsiderophore metabolic process / enterobactin synthetase complex / holo-[acyl-carrier-protein] synthase / enterobactin biosynthetic process / siderophore biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / magnesium ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Gavalda, S. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D. | ||||||
| Funding support | France, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2024Title: Catalytic Cycle of Type II 4'-Phosphopantetheinyl Transferases Authors: Gavalda, S. / Faille, A. / Fioccola, S. / Nguyen, M.C. / Carivenc, C. / Rottier, K. / Rufin, Y. / Saitta, S. / Czaplicki, G. / Guilhot, C. / Chalut, C. / Brut, M. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8qzj.cif.gz | 636.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8qzj.ent.gz | 441.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8qzj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/8qzj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/8qzj | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8qzhC ![]() 8qziC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 26908.865 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-A3P / #3: Chemical | ChemComp-MN / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.36 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0.1 M HEPES 20 %w/v PEG 4K 10 %v/v 2-Propanol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.97954 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 18, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97954 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2→47.97 Å / Num. obs: 64995 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 33.45 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7 |
| Reflection shell | Resolution: 2→2.071 Å / Num. unique obs: 6436 / CC1/2: 0.41 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→47.97 Å / SU ML: 0.3023 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.4076 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 45.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→47.97 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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About Yorodumi





X-RAY DIFFRACTION
France, 1items
Citation


PDBj







