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- PDB-8qzh: Crystal structure of apo-PptT from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qzh
タイトルCrystal structure of apo-PptT from Mycobacterium tuberculosis
要素4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore metabolic process / enterobactin synthetase complex / holo-[acyl-carrier-protein] synthase / enterobactin biosynthetic process / siderophore biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Enterobactin synthetase-like, component D / 4'-phosphopantetheinyl transferase, N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Gavalda, S. / Carivenc, C. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号
Agence Nationale de la Recherche (ANR)09-BLAN-0298-01 フランス
引用ジャーナル: Acs Catalysis / : 2024
タイトル: Catalytic Cycle of Type II 4'-Phosphopantetheinyl Transferases
著者: Gavalda, S. / Faille, A. / Fioccola, S. / Nguyen, M.C. / Carivenc, C. / Rottier, K. / Rufin, Y. / Saitta, S. / Czaplicki, G. / Guilhot, C. / Chalut, C. / Brut, M. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.
履歴
登録2023年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1597
ポリマ-26,9091
非ポリマー2506
2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area11070 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)46.169, 46.169, 181.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT


分子量: 26908.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: pptT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O33336
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.78 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 3M Mg acetate 0.1M Na acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976254 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→60.59 Å / Num. obs: 23986 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 25.75 Å2 / CC1/2: 0.944 / Net I/σ(I): 3.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Num. unique obs: 2366 / CC1/2: 0.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
autoPROCdata processing
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→39.99 Å / SU ML: 0.2399 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.9121
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2341 2076 4.39 %
Rwork0.2059 45213 -
obs0.2072 23969 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1798 0 15 138 1951
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00381878
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71642567
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4185264
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.740.36021330.35692769X-RAY DIFFRACTION92.33
1.74-1.780.29971390.34073020X-RAY DIFFRACTION98.56
1.78-1.830.37021340.30842987X-RAY DIFFRACTION99.68
1.83-1.890.33291340.29623016X-RAY DIFFRACTION99.87
1.89-1.950.25781420.28073054X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.020.26371400.25463068X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.10.30361430.24163038X-RAY DIFFRACTION99.97
2.1-2.190.22871380.23313020X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.310.24871400.22113071X-RAY DIFFRACTION99.88
2.31-2.450.25321400.21692996X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.640.23331270.20793041X-RAY DIFFRACTION99.94
2.64-2.910.21341420.20433029X-RAY DIFFRACTION99.94
2.91-3.330.24321440.18983044X-RAY DIFFRACTION100
3.33-4.190.20281400.16383042X-RAY DIFFRACTION99.94
4.19-39.980.1971400.16813018X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.295476983938-0.148847843754-0.3552782907450.312796998277-0.01322884221150.515048949989-0.05557698203780.0718016087796-0.284331286950.1637575968560.18186779073-0.13757205839-0.270483554468-0.08433526025730.0002141958894280.3034326602230.00603452091091-0.01500269508140.3088951880880.04094589687150.330262710455-13.0437819225-2.593395883294.86179428244
20.739791435882-0.6185570298140.4387612309530.543696045053-0.3931471798731.13782279780.0275216614119-0.03004819328720.123602359853-0.0111321889651-0.0108908430941-0.0503004107623-0.01873968106410.280309384934-0.0001502930988210.272074299386-0.03973410510320.008960311824170.396633515806-0.01378835472470.290974375838-0.575658266584-1.65405006951-9.89604247356
30.8059858791920.0640324256043-0.2479486854190.3090078599690.5830643113241.204158927040.0868171814611-0.1060090966340.1131510480830.252232538946-0.10234026719-0.161485227587-0.1994393325330.463331063048-1.37198033526E-60.233687664607-0.004420525062230.008503524353830.4731365743260.02726080743220.2935824514072.51328890519-1.79984639474-11.3552822748
40.3378171016710.0383282651754-0.303289461290.2543519915340.05187778652260.2803182256980.1387392928530.1165858378270.385945526977-0.692303354344-0.1190820286670.03903736885070.276584163533-0.0716650478-0.0003363923597640.3539192606430.052152511198-0.05281546961470.369787730591-0.01474542226020.319224884321-1.83103971763-4.83252924568-22.074556845
51.33632732403-0.567611302445-0.1195598193611.013137722290.1532210324461.602613446560.0617700231976-0.04386706905270.0180593559005-0.0368315922294-0.05350239115140.0425176063148-0.07433309974910.003264281690834.80776940428E-50.208599688493-0.02529246904560.007822802016320.217436644683-0.002037341210610.224560528198-16.01438019283.98255819224-13.3729494001
60.2245676605440.215031994992-0.04141302925240.2109021941440.04377101707310.3314536121710.2601971414530.37129441621-0.0867192254489-0.365918511534-0.1954071128180.0938191980520.129254770121-0.1667079884610.001174830426570.2776093924430.01767323501390.02527878145140.293476231240.01491070349210.26555402837-18.48824009131.49579687016-25.6928487184
70.07772435220560.1861622692280.0005689209700440.3981014047420.05258543575850.07478502004130.2036617186790.0240151934712-0.009194560458930.06602708937470.1406016591080.2124283506950.301930127129-0.279751830113-0.001541145897880.2427890927780.03975494267420.03994554888550.319423586161-0.03550853419390.290966852351-26.75287916664.12724053038-9.62671906783
80.736792750281-0.324709387901-0.2747176685910.680272158747-0.3651124840590.4595818487340.127141687575-0.00589458840628-0.09902693511340.159597848413-0.06145492445440.2385108076190.290227233929-0.3707589824440.0004926771548610.2280781823250.01648584754230.005316634923860.266841125779-0.0150548709320.271693870172-24.76689688761.68885392032-10.9548728577
90.1608822494640.1542072300220.1133746241210.1291826483230.1740533243140.1550550754420.0575312367807-0.0232377463249-0.1250164725460.4311820721580.0844235366860.06526757868360.754832609560.01025506129550.0002648146705960.3399269324890.0059720966392-0.02110325609690.244749909931-0.02554296137420.295586970073-22.7442856726-8.62357078589-18.6545976661
100.287521750327-0.107692277837-0.1303188387540.33786880405-0.1720396288440.2874410579960.125169580593-0.0198518897064-0.05946179625250.4816997129680.0753091526143-0.1763782663630.2081863279840.226397524406-0.000102916399560.2274176491850.00841834149985-0.007021138503040.223768290234-0.04744706087380.269821782518-15.04465826673.72328286476-4.76371541281
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -8 through 9 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 10 through 45 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 46 through 69 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 70 through 82 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 83 through 167 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 168 through 174 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 175 through 184 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 185 through 198 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 199 through 213 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 214 through 227 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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