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- PDB-8qyx: Human 60S ribosomal subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qyx
タイトルHuman 60S ribosomal subunit
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 35
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 5
  • 28S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • Ribosomal protein uL16-like
キーワードRIBOSOME / Large ribosomal subunit / HeLa / modifications / polyamines
機能・相同性
機能・相同性情報


translation at presynapse / exit from mitosis / male meiosis I / eukaryotic 80S initiation complex / negative regulation of protein neddylation / optic nerve development / response to insecticide / regulation of translation involved in cellular response to UV / axial mesoderm development / negative regulation of formation of translation preinitiation complex ...translation at presynapse / exit from mitosis / male meiosis I / eukaryotic 80S initiation complex / negative regulation of protein neddylation / optic nerve development / response to insecticide / regulation of translation involved in cellular response to UV / axial mesoderm development / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / regulation of G1 to G0 transition / ribosomal protein import into nucleus / 90S preribosome assembly / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / retinal ganglion cell axon guidance / GAIT complex / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TORC2 complex binding / alpha-beta T cell differentiation / G1 to G0 transition / middle ear morphogenesis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / homeostatic process / macrophage chemotaxis / lung morphogenesis / positive regulation of natural killer cell proliferation / Protein hydroxylation / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / ubiquitin ligase inhibitor activity / blastocyst development / cellular response to actinomycin D / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Viral mRNA Translation / Maturation of protein E / Maturation of protein E / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / protein localization to nucleus / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / positive regulation of protein binding / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / protein targeting / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / p75NTR recruits signalling complexes / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / protein-RNA complex assembly / Regulation of pyruvate metabolism / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NF-kB is activated and signals survival / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NRIF signals cell death from the nucleus / Pexophagy / VLDLR internalisation and degradation / maturation of LSU-rRNA / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / rough endoplasmic reticulum / Translesion synthesis by REV1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Translesion synthesis by POLK / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L2, archaeal-type ...Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L30/YlxQ / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19e signature. / : / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L6e signature. / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / : / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / 60S ribosomal protein L19 / : / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L6E / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / Ribosomal_L19e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L14e domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / 1,4-DIAMINOBUTANE / SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / 1,4-DIAMINOBUTANE / SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Ribosomal protein uL16-like / Large ribosomal subunit protein eL36
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Wiechert, F. / Schacherl, M. / Sprink, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Visualizing the modification landscape of the human 60S ribosomal subunit at close to atomic resolution.
著者: Franziska Wiechert / Anett Unbehaun / Thiemo Sprink / Helena Seibel / Jörg Bürger / Justus Loerke / Thorsten Mielke / Christoph A Diebolder / Magdalena Schacherl / Christian M T Spahn /
要旨: Chemical modifications of ribosomal RNAs (rRNAs) and proteins expand their topological repertoire, and together with the plethora of bound ligands, fine-tune ribosomal function. Detailed knowledge of ...Chemical modifications of ribosomal RNAs (rRNAs) and proteins expand their topological repertoire, and together with the plethora of bound ligands, fine-tune ribosomal function. Detailed knowledge of this natural composition provides important insights into ribosome genesis and function and clarifies some aspects of ribosomopathies. The discovery of new structural properties and functional aspects of ribosomes has gone hand in hand with cryo-electron microscopy (cryo-EM) and its technological development. In line with the ability to visualize atomic details - a prerequisite for identifying chemical modifications and ligands in cryo-EM maps - in this work we present the structure of the 60S ribosomal subunit from HeLa cells at the very high global resolution of 1.78 Å. We identified 113 rRNA modifications and four protein modifications including uL2-Hisβ-ox216, which stabilizes the local structure near the peptidyl transferase centre via an extended hydrogen-bonding network. We can differentiate metal ions Mg2+ and K+, polyamines spermine, spermidine and putrescine and identify thousands of water molecules binding to the 60S subunit. Approaching atomic resolution cryo-EM has become a powerful tool to examine fine details of macromolecular structures that will expand our knowledge about translation and other biological processes in the future and assess the variability of the chemical space due to differences between species/tissues or varying physicochemical environment.
履歴
登録2023年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22025年1月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: Large ribosomal subunit protein uL30
B1: 60S ribosomal protein L7a
C1: 60S ribosomal protein L9
D1: Ribosomal protein uL16-like
E1: 60S ribosomal protein L11
F1: 60S ribosomal protein L13
G1: 60S ribosomal protein L14
H1: 60S ribosomal protein L15
I1: 60S ribosomal protein L13a
J1: 60S ribosomal protein L17
K1: 60S ribosomal protein L18
L1: 60S ribosomal protein L19
M1: 60S ribosomal protein L18a
N1: 60S ribosomal protein L21
O1: 60S ribosomal protein L22
P1: 60S ribosomal protein L23
Q1: 60S ribosomal protein L24
R1: 60S ribosomal protein L23a
S1: 60S ribosomal protein L26
T1: 60S ribosomal protein L27
U1: Large ribosomal subunit protein uL15
V1: 60S ribosomal protein L29
W1: 60S ribosomal protein L30
X1: 60S ribosomal protein L31
Y1: 60S ribosomal protein L32
Z1: 60S ribosomal protein L35a
a1: 60S ribosomal protein L34
b1: 60S ribosomal protein L35
c1: 60S ribosomal protein L36
d1: 60S ribosomal protein L37
e1: 60S ribosomal protein L38
f1: 60S ribosomal protein L39
g1: Large ribosomal subunit protein eL40
i1: 60S ribosomal protein L36a
j1: 60S ribosomal protein L37a
k1: 60S ribosomal protein L28
A2: 28S rRNA
B2: 5S rRNA
C2: 5.8S rRNA
D2: Large ribosomal subunit protein uL2
E2: Large ribosomal subunit protein uL3
F2: 60S ribosomal protein L4
G2: 60S ribosomal protein L5
H2: 60S ribosomal protein L6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,564,902301
ポリマ－2,555,10344
非ポリマー9,799257
水212,88311817
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Large ribosomal subunit protein ... , 5種, 5分子 A1U1g1D2E2

#1: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 60S ribosomal protein L7


分子量: 29290.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P18124
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 16619.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P46776
#33: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL40 / 60S ribosomal protein L40


分子量: 14771.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62987
#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 60S ribosomal protein L8


分子量: 28103.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62917
#41: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3 / 60S ribosomal protein L3 / HIV-1 TAR RNA-binding protein B / TARBP-B


分子量: 46224.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P39023

+
60S ribosomal protein ... , 35種, 35分子 B1C1E1F1G1H1I1J1K1L1M1N1O1P1Q1R1S1T1V1W1X1Y1Z1a1b1c1d1e1f1i1...

#2: タンパク質 60S ribosomal protein L7a / Large ribosomal subunit protein eL8 / PLA-X polypeptide / Surfeit locus protein 3


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62424
#3: タンパク質 60S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P32969
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L11 / CLL-associated antigen KW-12 / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62913
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L13 / Breast basic conserved protein 1 / Large ribosomal subunit protein eL13


分子量: 24321.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P26373
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L14 / CAG-ISL 7 / Large ribosomal subunit protein eL14


分子量: 23485.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P50914
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein eL15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P61313
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L13a / 23 kDa highly basic protein / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 23633.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P40429
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L17 / 60S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / PD-1


分子量: 21443.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P18621
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein eL18


分子量: 21687.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: Q07020
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein eL19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P84098
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L18a / Large ribosomal subunit protein eL20


分子量: 20808.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: Q02543
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein eL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P46778
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L22 / EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding ...EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding protein HBp15 / Large ribosomal subunit protein eL22


分子量: 14813.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P35268
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62829
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L24 / 60S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein eL24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P83731
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L23a / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62750
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L26 / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P61254
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein eL27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P61353
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / Cell surface heparin-binding protein HIP / Large ribosomal subunit protein eL29


分子量: 17804.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P47914
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein eL30


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62888
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62899
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62910
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / Cell growth-inhibiting gene 33 protein / Large ribosomal subunit protein eL33


分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P18077
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein eL34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P49207
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 14593.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P42766
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein eL36


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: Q9Y3U8
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L37 / G1.16 / Large ribosomal subunit protein eL37


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P61927
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63173
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / Large ribosomal subunit protein eL39


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62891
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L36a / 60S ribosomal protein L44 / Cell growth-inhibiting gene 15 protein / Cell migration-inducing gene 6 ...60S ribosomal protein L44 / Cell growth-inhibiting gene 15 protein / Cell migration-inducing gene 6 protein / Large ribosomal subunit protein eL42


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P83881
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / Large ribosomal subunit protein eL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P61513
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein eL28


分子量: 15784.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46779
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L4 / 60S ribosomal protein L1 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 47804.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P36578
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 34426.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P46777
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer ...Large ribosomal subunit protein eL6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer element-binding protein 107 / TaxREB107


分子量: 32810.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: Q02878

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タンパク質 , 1種, 1分子 D1

#4: タンパク質 Ribosomal protein uL16-like / 60S ribosomal protein L10-like / Large ribosomal subunit protein uL16-like


分子量: 24570.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: Q96L21

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RNA鎖 , 3種, 3分子 A2B2C2

#37: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1640816.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA
#38: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: GenBank: 23898
#39: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50463.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: GenBank: 555853

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非ポリマー , 8種, 12074分子

#45: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#46: 化合物
ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE / プトレシン


分子量: 88.151 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2
#47: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#48: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#49: 化合物
ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#50: 化合物
ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#51: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#52: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11817 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human mature large ribosomal subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#44 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.4583 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Hela 60S ribosomal subunits were isolated from cytoplasmic extracts of Hela cells, involving puromycin treatment and sucrose gradient centrifugation in high salt. The gradients were manually ...詳細: Hela 60S ribosomal subunits were isolated from cytoplasmic extracts of Hela cells, involving puromycin treatment and sucrose gradient centrifugation in high salt. The gradients were manually fractionated, and separated peak fractions of 60S subunits were collected. For buffer exchange, the sample was diluted 6 x in buffer F (20 mM HEPES pH7.5, 10 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT) supplemented with 8.56 % sucrose to adjust the sucrose in the storage buffer to 12%, respectively. Finally, the 60S subunit suspension was concentrated on Amicon Ultracel filter units with a 10 kDa cutoff (Merck Millipore) was snap frozen in 10 ul aliquots and stored at -80 degrees Celsius. Concentrated Hela 60S ribosomal subunits were diluted to 200 nM in buffer E (20 mM HEPES pH7.5, 2 mM MgCl2, 90 mM KCl, 0.5 mM Spermidine, 0.04 mM Spermine, 2 mM DTT) and 4 ul were spotted onto glow-discharged holey carbon grids coated with a continuous thin carbon film (Quantifoil Cu200 R2/2+) and incubated for 40 sec at 4 degrees CelsiusC, 85% RH. The excess of liquid was blotted away for 2 sec and the grids were plunge frozen using the Vitrobot Mark IV (Thermo Fischer Scientific).
試料支持詳細: Operated at 15 mA, easiGlow Discharge Cleaning system (PELCO)
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 82 K / 最低温度: 80 K
撮影電子線照射量: 49 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16983
画像スキャン横: 11520 / 縦: 8184

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.1粒子像選択
2EPU2.8.1画像取得
4Gctf0.53CTF補正
7Coot0.9.6モデルフィッティングinteractive model building
8UCSF ChimeraX1.14モデルフィッティングrigid body docking
10cryoSPARC3.3初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.3最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.1分類
13cryoSPARC3.3３次元再構成
14PHENIX1.19.2_4158モデル精密化real-space refinement
15LIBGccp4-8.0モデル精密化RNA restraints
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1372803
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 1.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 880876 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: Interactive model building was performed in Coot using an auto sharpened map in cryoSPARC and additionally a low-pass-filtered map to 4 Angstrom for the more mobile regions of the 60S ...詳細: Interactive model building was performed in Coot using an auto sharpened map in cryoSPARC and additionally a low-pass-filtered map to 4 Angstrom for the more mobile regions of the 60S structure. Each residue of the model was checked individually for modifications and adjusted manually with a subsequent refinement in phenix.refine. Polyamines and metals were added while searching for unmodelled blobs in Coot. Water molecules were added using phenix.douse and visually validated in Coot. The model was validated using Molprobity.
原子モデル構築PDB-ID: 6EKO

6eko


Accession code: 6EKO / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004149081
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.571220552
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.55654609
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03627437
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00513010

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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