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万見
- PDB-8qy4: Structure of interleukin 11 (gp130 P496L mutant). -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qy4
タイトルStructure of interleukin 11 (gp130 P496L mutant).
要素
  • Interleukin-11
  • Interleukin-11 receptor subunit alpha
  • Interleukin-6 receptor subunit beta
キーワードIMMUNE SYSTEM / interleukin / gp130
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-11 receptor binding / oncostatin-M receptor activity / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-27 signaling / leukemia inhibitory factor receptor activity / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / Interleukin-6 signaling ...interleukin-11 receptor binding / oncostatin-M receptor activity / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-27 signaling / leukemia inhibitory factor receptor activity / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / Interleukin-6 signaling / Interleukin-35 Signalling / oncostatin-M receptor complex / ciliary neurotrophic factor receptor binding / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-6 receptor complex / megakaryocyte differentiation / interleukin-27-mediated signaling pathway / head development / negative regulation of hormone secretion / interleukin-6 receptor binding / interleukin-11-mediated signaling pathway / regulation of Notch signaling pathway / developmental process / positive regulation of astrocyte differentiation / intestinal epithelial cell development / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / glycogen metabolic process / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / fat cell differentiation / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of T cell proliferation / coreceptor activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / B cell differentiation / cytokine activity / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / cell body / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / cell population proliferation / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / membrane raft / external side of plasma membrane / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-11, mammalian / Interleukin-11 / Interleukin 11 / : / : / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding ...Interleukin-11, mammalian / Interleukin-11 / Interleukin 11 / : / : / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-11 / Interleukin-6 receptor subunit beta / Interleukin-11 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Gardner, S. / Bubeck, D. / Jin, Y.
資金援助 英国, European Union, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust202323/Z/16 英国
European Research Council (ERC)C-206-STGEuropean Union
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/X035603/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011178/1 英国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural insights into IL-11-mediated signalling and human IL6ST variant-associated immunodeficiency.
著者: Scott Gardner / Yibo Jin / Paul K Fyfe / Tomas B Voisin / Junel Sotolongo Bellón / Elizabeth Pohler / Jacob Piehler / Ignacio Moraga / Doryen Bubeck /
要旨: IL-11 and IL-6 activate signalling via assembly of the cell surface receptor gp130; however, it is unclear how signals are transmitted across the membrane to instruct cellular responses. Here we ...IL-11 and IL-6 activate signalling via assembly of the cell surface receptor gp130; however, it is unclear how signals are transmitted across the membrane to instruct cellular responses. Here we solve the cryoEM structure of the IL-11 receptor recognition complex to discover how differences in gp130-binding interfaces may drive signalling outcomes. We explore how mutations in the IL6ST gene encoding for gp130, which cause severe immune deficiencies in humans, impair signalling without blocking cytokine binding. We use cryoEM to solve structures of both IL-11 and IL-6 complexes with a mutant form of gp130 associated with human disease. Together with molecular dynamics simulations, we show that the disease-associated variant led to an increase in flexibility including motion within the cytokine-binding core and increased distance between extracellular domains. However, these distances are minimized as the transmembrane helix exits the membrane, suggesting a stringency in geometry for signalling and dimmer switch mode of action.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2023年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-11
C: Interleukin-6 receptor subunit beta
D: Interleukin-11
F: Interleukin-6 receptor subunit beta
B: Interleukin-11 receptor subunit alpha
E: Interleukin-11 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,33922
ポリマ－338,5806
非ポリマー4,75816
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "D"
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "E"
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROPROLEULEUAA35 - 19935 - 199
d_21ens_1PROPROLEULEUDC35 - 19935 - 199
d_11ens_2PROPROTHRTHRBE112 - 317112 - 317
d_12ens_2NAGNAGNAGNAGII1
d_13ens_2NAGNAGNAGNAGII2
d_14ens_2NAGNAGNAGNAGJJ1
d_15ens_2NAGNAGNAGNAGJJ2
d_21ens_2PROPROTHRTHREF112 - 317112 - 317
d_22ens_2NAGNAGNAGNAGKK1
d_23ens_2NAGNAGNAGNAGKK2
d_24ens_2NAGNAGNAGNAGLL1
d_25ens_2NAGNAGNAGNAGLL2
d_11ens_3LEULEUTHRTHRCB25 - 60725 - 607
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d_13ens_3NAGNAGNAGNAGGG2
d_14ens_3NAGNAGNAGNAGCM1001
d_15ens_3NAGNAGNAGNAGCN1002
d_16ens_3NAGNAGNAGNAGCO1003
d_17ens_3NAGNAGNAGNAGCP1004
d_18ens_3NAGNAGNAGNAGCQ1005
d_21ens_3LEULEUTHRTHRFD25 - 60725 - 607
d_22ens_3NAGNAGNAGNAGHH1
d_23ens_3NAGNAGNAGNAGHH2
d_24ens_3NAGNAGNAGNAGFR1001
d_25ens_3NAGNAGNAGNAGFS1002
d_26ens_3NAGNAGNAGNAGFT1003
d_27ens_3NAGNAGNAGNAGFU1004
d_28ens_3NAGNAGNAGNAGFV1005

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999990008453, 0.00439868322267, -0.000796605286919), (-0.0043970034382, -0.99998813169, -0.00209829437618), (-0.000805825564829, -0.00209477073479, 0.999997481287)473.868467771, 476.355191676, 0.734085733312
2given(-0.99997905264, -0.00589651779862, -0.00266933699387), (0.00587692794244, -0.99995617134, 0.00728814903376), (-0.00271219470091, 0.00727230886511, 0.999969878308)477.141569233, 471.677519603, -1.3264822899
3given(-0.999997965158, 0.00154926137421, -0.00129207897269), (-0.00154924890706, -0.999998799856, -1.06497278327E-5), (-0.00129209392122, -8.64795422592E-6, 0.999999165209)474.826997094, 475.27100001, 0.212740626921

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-11


分子量: 21455.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL11 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P20809
#2: タンパク質 Interleukin-6 receptor subunit beta


分子量: 102568.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il6st / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q00560
#3: タンパク質 Interleukin-11 receptor subunit alpha


分子量: 45266.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL11RA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q14626
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: IL-11 signalling complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2250 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21rc1_4933 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 487147 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 41.99 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003715534
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.870321238
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05462454
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.01032684
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.45595574
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints8.27248501355E-13
ens_2d_2MCELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.52978435707E-11
ens_3d_2BCELECTRON MICROSCOPYNCS constraints8.7348019437E-12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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