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- PDB-8qy6: Structure of interleukin 6 (gp130 P496L mutant). -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qy6
タイトルStructure of interleukin 6 (gp130 P496L mutant).
要素
  • Interleukin-6
  • Interleukin-6 receptor subunit alpha
  • Interleukin-6 receptor subunit beta
キーワードIMMUNE SYSTEM / interleukin / gp130
機能・相同性
機能・相同性情報


oncostatin-M receptor activity / ciliary neurotrophic factor binding / regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-27 signaling / leukemia inhibitory factor receptor activity ...oncostatin-M receptor activity / ciliary neurotrophic factor binding / regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-27 signaling / leukemia inhibitory factor receptor activity / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / Interleukin-6 signaling / Interleukin-35 Signalling / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of primary miRNA processing / oncostatin-M receptor complex / ciliary neurotrophic factor receptor binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / germinal center B cell differentiation / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-6 receptor complex / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / interleukin-27-mediated signaling pathway / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / hepatocyte proliferation / positive regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of microglial cell activation / response to peptidoglycan / neutrophil apoptotic process / interleukin-6 receptor binding / positive regulation of B cell activation / interleukin-11-mediated signaling pathway / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / T-helper 17 cell lineage commitment / regulation of Notch signaling pathway / inflammatory response to wounding / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / negative regulation of collagen biosynthetic process / endocrine pancreas development / positive regulation of acute inflammatory response / regulation of neuroinflammatory response / vascular endothelial growth factor production / negative regulation of interleukin-8 production / positive regulation of astrocyte differentiation / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of neuroinflammatory response / T follicular helper cell differentiation / negative regulation of chemokine production / positive regulation of leukocyte chemotaxis / intestinal epithelial cell development / neutrophil mediated immunity / positive regulation of platelet aggregation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cytokine receptor activity / negative regulation of bone resorption / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / CD163 mediating an anti-inflammatory response / Interleukin-6 signaling / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immunoglobulin production / MAPK3 (ERK1) activation / glycogen metabolic process / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / maintenance of blood-brain barrier / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / monocyte chemotaxis / protein tyrosine kinase activator activity / humoral immune response / positive regulation of interleukin-10 production / Transcriptional Regulation by VENTX / negative regulation of lipid storage / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of angiogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to glucocorticoid / positive regulation of T cell proliferation / coreceptor activity / positive regulation of chemokine production / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of glial cell proliferation / response to cytokine / regulation of insulin secretion / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / liver regeneration / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / : / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. ...Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / : / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Four-helical cytokine-like, core / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-6 / Interleukin-6 receptor subunit alpha / Interleukin-6 receptor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Gardner, S. / Bubeck, D. / Jin, Y.
資金援助 英国, European Union, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust202323/Z/16 英国
European Research Council (ERC)C-206-STGEuropean Union
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/X035603/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011178/1 英国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural insights into IL-11-mediated signalling and human IL6ST variant-associated immunodeficiency.
著者: Scott Gardner / Yibo Jin / Paul K Fyfe / Tomas B Voisin / Junel Sotolongo Bellón / Elizabeth Pohler / Jacob Piehler / Ignacio Moraga / Doryen Bubeck /
要旨: IL-11 and IL-6 activate signalling via assembly of the cell surface receptor gp130; however, it is unclear how signals are transmitted across the membrane to instruct cellular responses. Here we ...IL-11 and IL-6 activate signalling via assembly of the cell surface receptor gp130; however, it is unclear how signals are transmitted across the membrane to instruct cellular responses. Here we solve the cryoEM structure of the IL-11 receptor recognition complex to discover how differences in gp130-binding interfaces may drive signalling outcomes. We explore how mutations in the IL6ST gene encoding for gp130, which cause severe immune deficiencies in humans, impair signalling without blocking cytokine binding. We use cryoEM to solve structures of both IL-11 and IL-6 complexes with a mutant form of gp130 associated with human disease. Together with molecular dynamics simulations, we show that the disease-associated variant led to an increase in flexibility including motion within the cytokine-binding core and increased distance between extracellular domains. However, these distances are minimized as the transmembrane helix exits the membrane, suggesting a stringency in geometry for signalling and dimmer switch mode of action.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2023年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-6 receptor subunit beta
B: Interleukin-6
C: Interleukin-6 receptor subunit alpha
E: Interleukin-6
F: Interleukin-6 receptor subunit alpha
D: Interleukin-6 receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,52118
ポリマ－355,8356
非ポリマー4,68612
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "D"
d_1ens_2chain "E"
d_2ens_2chain "B"
d_1ens_3chain "F"
d_2ens_3chain "C"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEULEUTHRTHRAA24 - 60724 - 607
d_12ens_1NAGNAGNAGNAGGG1
d_13ens_1NAGNAGNAGNAGGG2
d_14ens_1NAGNAGNAGNAGHH1
d_15ens_1NAGNAGNAGNAGHH2
d_16ens_1NAGNAGNAGNAGII1
d_17ens_1NAGNAGNAGNAGII2
d_18ens_1NAGNAGNAGNAGJJ1
d_19ens_1NAGNAGNAGNAGJJ2
d_110ens_1NAGNAGNAGNAGKK1
d_111ens_1NAGNAGNAGNAGKK2
d_112ens_1NAGNAGNAGNAGAQ1001
d_21ens_1LEULEUTHRTHRDF24 - 60724 - 607
d_22ens_1NAGNAGNAGNAGLL1
d_23ens_1NAGNAGNAGNAGLL2
d_24ens_1NAGNAGNAGNAGMM1
d_25ens_1NAGNAGNAGNAGMM2
d_26ens_1NAGNAGNAGNAGNN1
d_27ens_1NAGNAGNAGNAGNN2
d_28ens_1NAGNAGNAGNAGOO1
d_29ens_1NAGNAGNAGNAGOO2
d_210ens_1NAGNAGNAGNAGPP1
d_211ens_1NAGNAGNAGNAGPP2
d_212ens_1NAGNAGNAGNAGDR1001
d_11ens_2LEULEUMETMETED19 - 18447 - 212
d_21ens_2LEULEUMETMETBB19 - 18447 - 212
d_11ens_3GLUGLUTRPTRPFE96 - 296115 - 315
d_21ens_3GLUGLUTRPTRPCC96 - 296115 - 315

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9999847611, 0.00517443955486, -0.00192425148701), (-0.00516631968503, -0.999977829905, -0.00420105225627), (-0.00194594691714, -0.00419104693851, 0.999989324151)474.519848309, 477.358699521, 1.75382933125
2given(-0.999885480052, -0.0136106635338, -0.00661639017353), (0.0135132752, -0.999802859785, 0.0145476100549), (-0.00681308844263, 0.0144565349621, 0.999872287056)479.438447682, 468.077330211, -2.08924200025
3given(-0.999686318042, 0.00610331606038, -0.0242902254414), (-0.00652494035714, -0.999828766658, 0.017316538824), (-0.0241803778354, 0.0174695992104, 0.999554962186)479.549858741, 471.348829258, 0.409008730032

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-6 receptor subunit beta


分子量: 102568.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il6st / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q00560
#2: タンパク質 Interleukin-6


分子量: 23743.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P05231
#3: タンパク質 Interleukin-6 receptor subunit alpha


分子量: 51605.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL6R / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P08887
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: IL-6 signalling complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2250 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21rc1_4933 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 491673 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 25.9 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003615670
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.754521318
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05212436
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0092694
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.41431952
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.49667366283E-11
ens_2d_2DEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints8.90959817019E-13
ens_3d_2EFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.01966905256E-13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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