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- PDB-8qtt: Crystal structure of a C-terminally truncated version of Arabidop... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qtt

タイトル

Crystal structure of a C-terminally truncated version of Arabidopsis thaliana 14-3-3 omega in complex with a phosphopeptide from the inhibitor protein BKI1.

要素

14-3-3-like protein GF14 omega
BRI1 kinase inhibitor 1

キーワード

PROTEIN BINDING / 14-3-3 / brassinosteroid signaling / phosphopeptide / transcription factor / signal transduction / kinase inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

brassinosteroid mediated signaling pathway / plant-type vacuole / Golgi apparatus / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Hothorn, M. / Obergfell, E.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Plant Cell.Physiol. / 年: 2024
タイトル: Mechanistic Insights into the Function of 14-3-3 Proteins as Negative Regulators of Brassinosteroid Signaling in Arabidopsis.
著者: Obergfell, E. / Hohmann, U. / Moretti, A. / Chen, H. / Hothorn, M.

履歴

登録	2023年10月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qtt.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qtt.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qtt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8qtt_validation.pdf.gz	589.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qtt_full_validation.pdf.gz	614.4 KB	表示
XML形式データ	8qtt_validation.xml.gz	82.6 KB	表示
CIF形式データ	8qtt_validation.cif.gz	111.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/8qtt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/8qtt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8qt5C 8qtcC 8qtfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (8)

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集合体

登録構造単位

A: 14-3-3-like protein GF14 omega

K: BRI1 kinase inhibitor 1

B: 14-3-3-like protein GF14 omega

L: BRI1 kinase inhibitor 1

C: 14-3-3-like protein GF14 omega

M: BRI1 kinase inhibitor 1

D: 14-3-3-like protein GF14 omega

N: BRI1 kinase inhibitor 1

E: 14-3-3-like protein GF14 omega

O: BRI1 kinase inhibitor 1

F: 14-3-3-like protein GF14 omega

P: BRI1 kinase inhibitor 1

G: 14-3-3-like protein GF14 omega

Q: BRI1 kinase inhibitor 1

H: 14-3-3-like protein GF14 omega

R: BRI1 kinase inhibitor 1

I: 14-3-3-like protein GF14 omega

S: BRI1 kinase inhibitor 1

J: 14-3-3-like protein GF14 omega

T: BRI1 kinase inhibitor 1

ヘテロ分子

279 kDa, 20 ポリマー
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A: 14-3-3-like protein GF14 omega

K: BRI1 kinase inhibitor 1

B: 14-3-3-like protein GF14 omega

L: BRI1 kinase inhibitor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
55.9 kDa, 4 ポリマー
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C: 14-3-3-like protein GF14 omega

M: BRI1 kinase inhibitor 1

D: 14-3-3-like protein GF14 omega

N: BRI1 kinase inhibitor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.9 kDa, 4 ポリマー
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E: 14-3-3-like protein GF14 omega

O: BRI1 kinase inhibitor 1

F: 14-3-3-like protein GF14 omega

P: BRI1 kinase inhibitor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.9 kDa, 4 ポリマー
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G: 14-3-3-like protein GF14 omega

Q: BRI1 kinase inhibitor 1

H: 14-3-3-like protein GF14 omega

R: BRI1 kinase inhibitor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.9 kDa, 4 ポリマー
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I: 14-3-3-like protein GF14 omega

S: BRI1 kinase inhibitor 1

J: 14-3-3-like protein GF14 omega

T: BRI1 kinase inhibitor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.9 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.216, 71.082, 150.986
Angle α, β, γ (deg.)	100.470, 95.530, 88.740
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質	14-3-3-like protein GF14 omega 分子量: 27139.514 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 株: Col0 / 遺伝子: GRF2 / プラスミド: pMH-HStrxT / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3 RIL / 参照: UniProt: Q01525
#2: タンパク質・ペプチド	BRI1 kinase inhibitor 1 分子量: 742.710 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 株: Col0 / 遺伝子: BKI1 / プラスミド: pMH-HStrxT / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3 RIL
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.02M of carboxylic acid, 0.1M MOPS/HEPES-Na pH7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003353518 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003353518 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50.33 Å / Num. obs: 118395 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 39.59 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.217 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 2.35→2.49 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 18838 / CC_1/2: 0.51 / R_rim(I) all: 1.856 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.35→50.33 Å / SU ML: 0.3991 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 34.3187
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2755	5905	5 %
R_work	0.2345	112213	-
obs	0.2365	118118	97.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→50.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19077	0	34	369	19480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0018	19503
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4062	26299
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0356	2898
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0034	3418
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.1078	7342

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.38	0.415	188	0.3753	3603	X-RAY DIFFRACTION	91.93
2.38-2.4	0.3861	190	0.3714	3618	X-RAY DIFFRACTION	97.17
2.4-2.43	0.3853	199	0.3698	3763	X-RAY DIFFRACTION	97.51
2.43-2.47	0.3814	196	0.3493	3718	X-RAY DIFFRACTION	97.44
2.47-2.5	0.4021	195	0.3514	3703	X-RAY DIFFRACTION	97.52
2.5-2.53	0.3709	198	0.3355	3750	X-RAY DIFFRACTION	97.41
2.53-2.57	0.3957	195	0.3368	3686	X-RAY DIFFRACTION	97.27
2.57-2.61	0.3888	196	0.3179	3720	X-RAY DIFFRACTION	97.75
2.61-2.65	0.3504	198	0.3168	3749	X-RAY DIFFRACTION	97.75
2.65-2.69	0.3547	196	0.315	3712	X-RAY DIFFRACTION	97.26
2.69-2.74	0.3391	198	0.3056	3764	X-RAY DIFFRACTION	97.73
2.74-2.79	0.363	195	0.3031	3706	X-RAY DIFFRACTION	97.79
2.79-2.84	0.3262	198	0.2979	3786	X-RAY DIFFRACTION	97.81
2.84-2.9	0.3664	190	0.2957	3661	X-RAY DIFFRACTION	97.42
2.9-2.96	0.3458	201	0.3022	3807	X-RAY DIFFRACTION	97.9
2.96-3.03	0.3157	196	0.289	3721	X-RAY DIFFRACTION	98.29
3.03-3.11	0.3054	200	0.2744	3794	X-RAY DIFFRACTION	98.16
3.11-3.19	0.3229	194	0.2687	3691	X-RAY DIFFRACTION	98.21
3.19-3.28	0.3393	200	0.2656	3802	X-RAY DIFFRACTION	98.6
3.28-3.39	0.3061	199	0.2489	3779	X-RAY DIFFRACTION	98.42
3.39-3.51	0.283	195	0.2331	3724	X-RAY DIFFRACTION	97.9
3.51-3.65	0.2875	197	0.2268	3738	X-RAY DIFFRACTION	98.55
3.65-3.82	0.2486	199	0.2063	3763	X-RAY DIFFRACTION	98.61
3.82-4.02	0.211	198	0.1943	3783	X-RAY DIFFRACTION	98.64
4.02-4.27	0.2257	198	0.1724	3761	X-RAY DIFFRACTION	98.75
4.27-4.6	0.2047	199	0.1669	3793	X-RAY DIFFRACTION	98.84
4.6-5.06	0.2274	201	0.1699	3817	X-RAY DIFFRACTION	98.92
5.06-5.79	0.2297	197	0.1957	3739	X-RAY DIFFRACTION	98.92
5.79-7.3	0.2353	200	0.1937	3792	X-RAY DIFFRACTION	98.98
7.3-50.33	0.1754	199	0.1591	3770	X-RAY DIFFRACTION	98.66

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.393420026732	0.824355705167	0.360010746163	2.4649823042	-0.000303304144254	1.22007291756	0.0657280493467	-0.170189859547	0.067455870668	0.443884607722	-0.080433300994	0.267996566187	0.248307363039	-0.28675317839	0.140772344995	0.196948612558	0.247604062543	-0.0436116979037	0.300574263225	-0.0403661768773	0.500027730879	37.9267447046	57.5357757395	21.2513549875
2	1.02149864581	0.173597539724	0.539883362068	1.83609327841	-1.04423614314	1.53431001265	-0.0453821980525	0.00407093624597	-0.0222489078782	0.0862007119379	0.00721684334185	-0.121273180136	0.145194279401	0.232120764616	-0.0300819700771	0.450029813902	-0.071079970773	0.00783092356682	0.400857109179	-0.0168566818772	0.278171939319	50.6248018739	38.7262777663	19.4338243896
3	1.44610695991	-0.568332717965	0.166446931552	1.77753926416	-0.27777442139	1.22875291092	0.251530658835	0.135250450108	-0.181956637398	-0.0614980035636	-0.215832141717	0.599542058585	0.324674489556	-0.387179050675	0.189543346998	0.403374862578	-0.0702979838773	0.0272670111014	0.446679795827	-0.0401088250155	0.358805245382	30.6864596317	33.391131873	19.536979591
4	3.76007422154	-2.21504722655	-0.221037928551	3.64084423109	-0.361033252484	0.736235467357	0.374859646186	0.49494686983	0.321528393813	-0.641521210783	-0.459138437246	0.564079023796	-0.233864032927	-0.466648102694	0.141039574178	0.614376145887	-0.0247564657361	-0.128025058935	0.628858926137	0.0430653062908	0.455161654898	30.5232125124	34.9722003399	4.67717945347
5	2.11595067892	2.11807265593	0.348653080003	2.3770049046	0.534855246309	0.228493982672	-0.0892478417105	0.0835971140001	-0.515951886524	0.00289999533123	-0.132209618582	-0.760129585087	0.239622333918	0.563822232915	0.0548362433846	0.47317216047	-0.0975520925127	0.0301247142548	0.70021347669	0.163007885739	0.524391323475	69.4149186056	45.1172113176	13.1988526154
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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7	7	chain 'B' and (resid 141 through 217 )	B	C	141 - 217	138 - 214
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9	9	chain 'C' and (resid 4 through 41 )	C	E	4 - 41	1 - 38
10	10	chain 'C' and (resid 42 through 117 )	C	E	42 - 117	39 - 114
11	11	chain 'C' and (resid 118 through 206 )	C	E	118 - 206	115 - 203
12	12	chain 'C' and (resid 207 through 233 )	C	E	207 - 233	204 - 230
13	13	chain 'C' and (resid 234 through 235 )	C	E	234 - 235	231 - 238
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20	20	chain 'E' and (resid 18 through 109 )	E	I	18 - 109	15 - 106
21	21	chain 'E' and (resid 110 through 140 )	E	I	110 - 140	107 - 137
22	22	chain 'E' and (resid 141 through 216 )	E	I	141 - 216	138 - 213
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24	24	chain 'F' and (resid 1 through 20 )	F	K	1 - 20	1 - 20
25	25	chain 'F' and (resid 21 through 76 )	F	K	21 - 76	21 - 76
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33	33	chain 'G' and (resid 42 through 76 )	G	M	42 - 76	41 - 75
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41	41	chain 'H' and (resid 35 through 76 )	H	O	35 - 76	32 - 73
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44	44	chain 'H' and (resid 166 through 190 )	H	O	166 - 190	163 - 187
45	45	chain 'H' and (resid 191 through 208 )	H	O	191 - 208	188 - 205
46	46	chain 'H' and (resid 209 through 237 )	H	O	209 - 237	206 - 233
47	47	chain 'I' and (resid 4 through 34 )	I	Q	4 - 34	1 - 31
48	48	chain 'I' and (resid 35 through 76 )	I	Q	35 - 76	32 - 73
49	49	chain 'I' and (resid 77 through 140 )	I	Q	77 - 140	74 - 137
50	50	chain 'I' and (resid 141 through 165 )	I	Q	141 - 165	138 - 162
51	51	chain 'I' and (resid 166 through 186 )	I	Q	166 - 186	163 - 183
52	52	chain 'I' and (resid 187 through 214 )	I	Q	187 - 214	184 - 211
53	53	chain 'I' and (resid 215 through 235 )	I	Q	215 - 235	212 - 232
54	54	chain 'I' and (resid 236 through 237 )	I	Q	236 - 237	233 - 240
55	55	chain 'J' and (resid 4 through 76 )	J	S	4 - 76	1 - 73
56	56	chain 'J' and (resid 77 through 117 )	J	S	77 - 117	74 - 114
57	57	chain 'J' and (resid 118 through 165 )	J	S	118 - 165	115 - 162
58	58	chain 'J' and (resid 166 through 206 )	J	S	166 - 206	163 - 203
59	59	chain 'J' and (resid 207 through 214 )	J	S	207 - 214	204 - 211
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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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