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Yorodumi- PDB-8qtf: Crystal structure of a C-terminally truncated version of Arabidop... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8qtf | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of a C-terminally truncated version of Arabidopsis thaliana 14-3-3 omega in complex with a phosphopeptide from the transcription factor BZR1. | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / 14-3-3 / brassinosteroid signaling / phosphopeptide / transcription factor / signal transduction | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationbrassinosteroid mediated signaling pathway / plant-type vacuole / Golgi apparatus / mitochondrion / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Hothorn, M. / Obergfell, E. | ||||||
| Funding support | Switzerland, 1items
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Citation | Journal: Plant Cell.Physiol. / Year: 2024Title: Mechanistic Insights into the Function of 14-3-3 Proteins as Negative Regulators of Brassinosteroid Signaling in Arabidopsis. Authors: Obergfell, E. / Hohmann, U. / Moretti, A. / Chen, H. / Hothorn, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 8qtf.cif.gz | 1.6 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8qtf.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8qtf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8qtf_validation.pdf.gz | 623.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8qtf_full_validation.pdf.gz | 642.2 KB | Display | |
| Data in XML | 8qtf_validation.xml.gz | 88.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 8qtf_validation.cif.gz | 122.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/8qtf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/8qtf | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8qt5C ![]() 8qtcC ![]() 8qttC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein / Protein/peptide , 2 types, 20 molecules ABCDEFGHIJKLMNOPQRST
| #1: Protein | Mass: 27299.682 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 824.797 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 902 molecules 












| #3: Chemical | ChemComp-FMT / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Chemical | ChemComp-MPD / ( | #7: Chemical | ChemComp-CL / | #8: Chemical | ChemComp-ACT / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.9 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: Morpheus (Molecular Dimensions) condition G8 with a final precipitant stock concentration of 50% v/v 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD ,0.02M of each carboxylic acid, 0.1M MOPS/HEPES-Na pH7.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 0.999995 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 10, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.999995 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.9→59.91 Å / Num. obs: 227664 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 37.07 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 9.47 |
| Reflection shell | Resolution: 1.9→2.02 Å / Redundancy: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / Num. unique obs: 36285 / CC1/2: 0.49 / Rrim(I) all: 2.11 / % possible all: 96.2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9→59.91 Å / SU ML: 0.3106 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 30.1693 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 55.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→59.91 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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X-RAY DIFFRACTION
Switzerland, 1items
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