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Yorodumi- PDB-8qtt: Crystal structure of a C-terminally truncated version of Arabidop... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8qtt | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of a C-terminally truncated version of Arabidopsis thaliana 14-3-3 omega in complex with a phosphopeptide from the inhibitor protein BKI1. | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / 14-3-3 / brassinosteroid signaling / phosphopeptide / transcription factor / signal transduction / kinase inhibitor | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationbrassinosteroid mediated signaling pathway / plant-type vacuole / Golgi apparatus / mitochondrion / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Hothorn, M. / Obergfell, E. | ||||||
| Funding support | Switzerland, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Plant Cell.Physiol. / Year: 2024Title: Mechanistic Insights into the Function of 14-3-3 Proteins as Negative Regulators of Brassinosteroid Signaling in Arabidopsis. Authors: Obergfell, E. / Hohmann, U. / Moretti, A. / Chen, H. / Hothorn, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8qtt.cif.gz | 1.6 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8qtt.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8qtt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8qtt_validation.pdf.gz | 589.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8qtt_full_validation.pdf.gz | 614.4 KB | Display | |
| Data in XML | 8qtt_validation.xml.gz | 82.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 8qtt_validation.cif.gz | 111.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/8qtt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/8qtt | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8qt5C ![]() 8qtcC ![]() 8qtfC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 27139.514 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 742.710 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-FMT / #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.82 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.02M of carboxylic acid, 0.1M MOPS/HEPES-Na pH7.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.00003353518 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 29, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.00003353518 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.35→50.33 Å / Num. obs: 118395 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 39.59 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.217 / Net I/σ(I): 5.5 |
| Reflection shell | Resolution: 2.35→2.49 Å / Redundancy: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 18838 / CC1/2: 0.51 / Rrim(I) all: 1.856 / % possible all: 96.5 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.35→50.33 Å / SU ML: 0.3991 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 34.3187 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 63.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→50.33 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Switzerland, 1items
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