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- PDB-8qtc: Crystal structure of Arabidopsis thaliana 14-3-3 omega in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qtc
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana 14-3-3 omega in complex with a phosphopeptide from the transcription factor BZR1.
要素
  • 14-3-3-like protein GF14 omega
  • Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 / brassinosteroid / transcription factor / BZR1 / phosphopeptide / signal transduction / plant growth
機能・相同性
機能・相同性情報


brassinosteroid mediated signaling pathway / plant-type vacuole / Golgi apparatus / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 14-3-3-like protein GF14 omega
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hothorn, M. / Obergfell, E.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_205201 スイス
引用ジャーナル: Plant Cell.Physiol. / 年: 2024
タイトル: Mechanistic insights into the function of 14-3-3 proteins as negative regulators of brassinosteroid signaling in Arabidopsis.
著者: Obergfell, E. / Hohmann, U. / Moretti, A. / Chen, H. / Hothorn, M.
履歴
登録2023年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3-like protein GF14 omega
C: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
B: 14-3-3-like protein GF14 omega
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4379
ポリマ－54,8983
非ポリマー5396
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area23470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.503, 131.503, 256.357
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 213 or (resid 214...
d_2ens_1(chain "B" and resid 3 through 235)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth seq-ID: 3 - 235 / Label seq-ID: 3 - 235

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BC

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.757960476169, -0.649309709613, 0.0623924480031), (-0.649173983086, 0.741515285845, -0.169494013292), (0.063789154636, -0.168973317007, -0.983554249592)ベクター: - ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.757960476169, -0.649309709613, 0.0623924480031), (-0.649173983086, 0.741515285845, -0.169494013292), (0.063789154636, -0.168973317007, -0.983554249592)
ベクター: -4.42702240473, -8.15035617291, -61.1950991932)

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要素

#1: タンパク質 14-3-3-like protein GF14 omega


分子量: 27171.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: Col0 / 遺伝子: GRF2 / プラスミド: pMH-HStrxT / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3 RIL / 参照: UniProt: Q01525
#2: タンパク質・ペプチド Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1


分子量: 554.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: Col0 / 遺伝子: BZR1 / プラスミド: pMH-HStrxT / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3 RIL
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2 M (NH4)2SO4 , 10 mM CoCl2 6 H2O, 0.1 M Mes (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999999406361 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999999406361 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→68.35 Å / Num. obs: 17253 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 38.3 % / Biso Wilson estimate: 142.23 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.339 / Net I/σ(I): 14.32
反射 シェル解像度: 3.5→3.71 Å / 冗長度: 39.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.91 / Num. unique obs: 2692 / CC1/2: 0.37 / Rrim(I) all: 5.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→68.35 Å / SU ML: 0.5213 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.9986
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 863 5 %
Rwork0.2167 16386 -
obs0.2184 17249 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 158.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→68.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3774 0 26 1 3801
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00533852
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04055198
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009673
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.3552529
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.3338746232 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.720.36661390.33882640X-RAY DIFFRACTION99.53
3.72-40.29361400.272672X-RAY DIFFRACTION100
4-4.410.22561420.21472683X-RAY DIFFRACTION100
4.41-5.040.25791420.21282710X-RAY DIFFRACTION99.96
5.05-6.360.28491450.25012747X-RAY DIFFRACTION99.97
6.36-68.350.21941550.18082934X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.1484139794 Å / Origin y: -48.6865558576 Å / Origin z: -25.9408263021 Å
111213212223313233
T1.08908584327 Å2-0.018784168812 Å20.153109751743 Å2-1.21215087678 Å20.0872425878415 Å2--1.21807834878 Å2
L3.06874744666 °20.178110824612 °2-1.15832669057 °2-2.01161116854 °2-0.976411628445 °2--2.28333041533 °2
S-0.012286795886 Å °0.394004203839 Å °0.165063077587 Å °0.348294179432 Å °-0.0982931435569 Å °-0.0192613795781 Å °-0.268054858 Å °0.038699708337 Å °0.112107634853 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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