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- PDB-8qps: Deoxyribose-5-phosphate aldolase (DERA) from Geobacillus sp. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qps
タイトルDeoxyribose-5-phosphate aldolase (DERA) from Geobacillus sp.
要素Deoxyribose-phosphate aldolase
キーワードLYASE / Aldolase / Autoinhibition / DERA / Thermophilic
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / deoxyribonucleotide catabolic process / carbohydrate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxyribose-phosphate aldolase type I / Deoxyribose-phosphate aldolase / DeoC/LacD family aldolase / DeoC/FbaB/LacD aldolase / DeoC/LacD family aldolase / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Deoxyribose-phosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Paakkonen, J. / Hakulinen, N. / Rouvinen, J.
資金援助 フィンランド, 4件
組織認可番号国
Academy of Finland288677 フィンランド
Academy of Finland287241 フィンランド
Academy of Finland321514 フィンランド
Academy of Finland321503 フィンランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Three-dimensional structure of deoxyribose phosphate aldolase (DERA) from thermophilic Geobacillus sp.
著者: Paakkonen, J. / Andberg, M. / Voutilainen, S. / Koivula, A. / Hakulinen, N. / Janis, J. / Rouvinen, J.
履歴
登録2023年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyribose-phosphate aldolase
B: Deoxyribose-phosphate aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5252
ポリマ－48,5252
非ポリマー00
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, Dimer dissociation constant ~10 pM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.230, 57.230, 97.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Space group name HallP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3

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要素

#1: タンパク質 Deoxyribose-phosphate aldolase


分子量: 24262.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Geobacillus sp. (バクテリア) / 遺伝子: deoC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1C3D6Y3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 28% PEG 4000, 0.1 M Tris buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9688 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9688 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→34.68 Å / Num. obs: 42879 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.56 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 2.58 % / Rmerge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4272 / CC1/2: 0.503 / Rpim(I) all: 0.496 / Rrim(I) all: 0.854 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
xia20.5.898-g5f4e2fb3-dials-1.14データ削減
DIALS1.14.9-g0c59d74b8-releaseデータ削減
XDSMar 15, 2019データ削減
XSCALEMar 15, 2019データスケーリング
Aimless0.7.4データスケーリング
pointless1.11.21データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.64→34.67 Å / SU ML: 0.2453 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.6539
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2365 1992 4.65 %Random selection
Rwork0.1916 40884 --
obs0.1937 42876 98.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→34.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3216 0 0 280 3496
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86954530
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0554547
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076588
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.67931218
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.64-1.680.36921480.33732943X-RAY DIFFRACTION98.35
1.68-1.730.32991460.30332898X-RAY DIFFRACTION98.54
1.73-1.780.30611500.2632920X-RAY DIFFRACTION98.87
1.78-1.830.31291380.25332929X-RAY DIFFRACTION98.81
1.83-1.90.29731430.26262954X-RAY DIFFRACTION99.1
1.9-1.980.30881440.22252950X-RAY DIFFRACTION98.82
1.98-2.070.29481410.21032899X-RAY DIFFRACTION98.83
2.07-2.170.28931420.24622952X-RAY DIFFRACTION99.55
2.18-2.310.28361440.23012897X-RAY DIFFRACTION97.78
2.31-2.490.24531300.21572944X-RAY DIFFRACTION98.4
2.49-2.740.24321330.21032919X-RAY DIFFRACTION98.17
2.74-3.140.26211350.20342899X-RAY DIFFRACTION97.65
3.14-3.950.21531500.15992871X-RAY DIFFRACTION97.42
3.95-34.670.17011480.13882909X-RAY DIFFRACTION98.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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