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- PDB-8qou: Reactive intermediate deaminase A mutant - R107K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qou
タイトルReactive intermediate deaminase A mutant - R107K
要素2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Enzyme / deaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate deaminase activity / 2-iminopropanoate deaminase activity / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / lipid metabolic process / peroxisome / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation ...2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate deaminase activity / 2-iminopropanoate deaminase activity / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / lipid metabolic process / peroxisome / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / mRNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Capra hircus (ヤギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Rizzi, G. / Visentin, C. / Di Pisa, F. / Ricagno, S.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
University and Research - University of Milan イタリア
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Site-directed mutagenesis reveals the interplay between stability, structure, and enzymatic activity in RidA from Capra hircus.
著者: Rizzi, G. / Digiovanni, S. / Degani, G. / Barbiroli, A. / Di Pisa, F. / Popolo, L. / Visentin, C. / Vanoni, M.A. / Ricagno, S.
履歴
登録2023年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月15日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4136
ポリマ－29,1272
非ポリマー2864
水6,125340
1
A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
ヘテロ分子

A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
ヘテロ分子

A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,37212
ポリマ－43,6913
非ポリマー6819
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation12_455-y-1/2,-z,x+1/21
Buried area7860 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area15680 Å2
手法PISA
2
B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
ヘテロ分子

B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
ヘテロ分子

B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8676
ポリマ－43,6913
非ポリマー1763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area8250 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area17440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.482, 90.482, 90.482
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

HOH

21A-462-

HOH

31A-477-

HOH

41B-544-

HOH

51B-629-

HOH

61B-641-

HOH

71B-647-

HOH

81B-651-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 14.3 kDa perchloric acid soluble protein / Translation inhibitor L-PSP ribonuclease / UK114 antigen


分子量: 14563.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Capra hircus (ヤギ) / 遺伝子: RIDA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P80601, 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 30% w/v polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→45.24 Å / Num. obs: 48575 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.939 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 2408 / CC1/2: 0.588

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→40.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.512 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17033 2432 5 %RANDOM
Rwork0.14935 ---
obs0.15042 46142 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.4→40.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2035 0 0 340 2375
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0122115
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5031.6322882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5441.5614839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4995292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.44158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.42210352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02442
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9041.0131122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9011.0131122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2981.8321404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2971.8331405
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1531.247993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1531.248994
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4912.1791469
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.75615.672290
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.10411.812213
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.72434211
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 160 -
Rwork0.154 3445 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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