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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qou | ||||||
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タイトル | Reactive intermediate deaminase A mutant - R107K | ||||||
要素 | 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Enzyme / deaminase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-iminobutanoate deaminase activity / 2-iminopropanoate deaminase activity / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / organonitrogen compound catabolic process / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / lipid metabolic process / peroxisome / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 ...2-iminobutanoate deaminase activity / 2-iminopropanoate deaminase activity / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / organonitrogen compound catabolic process / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / lipid metabolic process / peroxisome / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / mRNA binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Capra hircus (ヤギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Rizzi, G. / Visentin, C. / Di Pisa, F. / Ricagno, S. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Reactive intermediate deaminase A mutant - R107K 著者: Rizzi, G. / Visentin, C. / Di Pisa, F. / Ricagno, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qou.cif.gz | 130.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qou.ent.gz | 101.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qou.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qou_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qou_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qou_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qou_validation.cif.gz | 23.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/8qou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/8qou | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14563.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Capra hircus (ヤギ) / 遺伝子: RIDA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P80601, 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: 化合物 | ChemComp-PEG / | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.28 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 30% w/v polyethylene glycol 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→45.24 Å / Num. obs: 48575 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.939 / Net I/σ(I): 17.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 2408 / CC1/2: 0.588 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→40.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.512 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.4→40.5 Å
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拘束条件 |
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