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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8qom | ||||||
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Title | Capra hircus reactive intermediate deaminase A mutant - R107W | ||||||
![]() | 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Enzyme / deaminase | ||||||
Function / homology | ![]() 2-iminobutanoate deaminase activity / 2-iminopropanoate deaminase activity / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / : / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / lipid metabolic process / peroxisome / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / Hydrolases; Acting on ester bonds ...2-iminobutanoate deaminase activity / 2-iminopropanoate deaminase activity / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / : / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / lipid metabolic process / peroxisome / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / Hydrolases; Acting on ester bonds / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / mRNA binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rizzi, G. / Visentin, C. / Di Pisa, F. / Ricagno, S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Capra hircus reactive intermediate deaminase A mutant - R107W Authors: Rizzi, G. / Visentin, C. / Di Pisa, F. / Ricagno, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 272.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 171.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 430.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 431.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 132 / Label seq-ID: 4 - 135
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-
Components
#1: Protein | Mass: 14620.651 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.9 Å3/Da / Density % sol: 35.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 0.1 M SPG, 25% w/v PEG 1500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER R 4M / Detector: PIXEL / Date: Oct 31, 2021 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.968 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→44.26 Å / Num. obs: 44033 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 41.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 17.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.74→1.77 Å / Num. unique obs: 1231 / CC1/2: 0.785 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.7 Å / Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.366 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.654→44.26 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |