PDB-8qos: Capra hircus reactive intermediate deaminase A - V25W

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qos

タイトル

Capra hircus reactive intermediate deaminase A - V25W

要素

2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Enzyme / deaminase

機能・相同性

機能・相同性情報

2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate deaminase activity / 2-iminopropanoate deaminase activity / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / lipid metabolic process / peroxisome / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Capra hircus (ヤギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Rizzi, G. / Visentin, C. / Di Pisa, F. / Ricagno, S.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Site-directed mutagenesis reveals the interplay between stability, structure, and enzymatic activity in RidA from Capra hircus.
著者: Rizzi, G. / Digiovanni, S. / Degani, G. / Barbiroli, A. / Di Pisa, F. / Popolo, L. / Visentin, C. / Vanoni, M.A. / Ricagno, S.

履歴

登録	2023年9月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月15日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qos.cif.gz	385.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qos.ent.gz	260.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qos.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/8qos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/8qos	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q3hC 8qokC 8qomC 8qopC 8qoqC 8qouC 8qovC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

C: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

D: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

E: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

F: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

ヘテロ分子

88.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

C: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
44.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

E: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

F: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.350, 72.669, 106.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.950, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 5 or resid 8 or resid...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 5 or resid 8 or resid...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 5 or resid 8 or resid...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 5 or resid 8 or resid...
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 5 or resid 8 or resid...
d_6	ens_1	(chain "F" and (resid 5 or resid 8 or resid...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	VAL	VAL	VAL	VAL	A	A	5	8
d_1	2	ILE	ILE	ILE	ILE	A	A	8	11
d_1	3	THR	THR	TYR	TYR	A	A	11 - 21	14 - 24
d_1	4	GLN	GLN	GLY	GLY	A	A	23 - 44	26 - 47
d_1	5	LEU	LEU	VAL	VAL	A	A	46 - 77	49 - 80
d_1	6	ALA	ALA	ILE	ILE	A	A	79 - 86	82 - 89
d_1	7	ASP	ASP	SER	SER	A	A	88 - 102	91 - 105
d_1	8	PHE	PHE	PRO	PRO	A	A	104 - 116	107 - 119
d_1	9	GLY	GLY	PRO	PRO	A	A	118 - 131	121 - 134
d_2	1	VAL	VAL	VAL	VAL	B	B	5	8
d_2	2	ILE	ILE	ILE	ILE	B	B	8	11
d_2	3	THR	THR	TYR	TYR	B	B	11 - 21	14 - 24
d_2	4	GLN	GLN	GLY	GLY	B	B	23 - 44	26 - 47
d_2	5	LEU	LEU	VAL	VAL	B	B	46 - 77	49 - 80
d_2	6	ALA	ALA	ILE	ILE	B	B	79 - 86	82 - 89
d_2	7	ASP	ASP	SER	SER	B	B	88 - 102	91 - 105
d_2	8	PHE	PHE	PRO	PRO	B	B	104 - 116	107 - 119
d_2	9	GLY	GLY	PRO	PRO	B	B	118 - 131	121 - 134
d_3	1	VAL	VAL	VAL	VAL	C	C	5	8
d_3	2	ILE	ILE	ILE	ILE	C	C	8	11
d_3	3	THR	THR	TYR	TYR	C	C	11 - 21	14 - 24
d_3	4	GLN	GLN	GLY	GLY	C	C	23 - 44	26 - 47
d_3	5	LEU	LEU	VAL	VAL	C	C	46 - 77	49 - 80
d_3	6	ALA	ALA	ILE	ILE	C	C	79 - 86	82 - 89
d_3	7	ASP	ASP	SER	SER	C	C	88 - 102	91 - 105
d_3	8	PHE	PHE	PRO	PRO	C	C	104 - 116	107 - 119
d_3	9	GLY	GLY	PRO	PRO	C	C	118 - 131	121 - 134
d_4	1	VAL	VAL	VAL	VAL	D	D	5	8
d_4	2	ILE	ILE	ILE	ILE	D	D	8	11
d_4	3	THR	THR	TYR	TYR	D	D	11 - 21	14 - 24
d_4	4	GLN	GLN	GLY	GLY	D	D	23 - 44	26 - 47
d_4	5	LEU	LEU	VAL	VAL	D	D	46 - 77	49 - 80
d_4	6	ALA	ALA	ILE	ILE	D	D	79 - 86	82 - 89
d_4	7	ASP	ASP	SER	SER	D	D	88 - 102	91 - 105
d_4	8	PHE	PHE	PRO	PRO	D	D	104 - 116	107 - 119
d_4	9	GLY	GLY	PRO	PRO	D	D	118 - 131	121 - 134
d_5	1	VAL	VAL	VAL	VAL	E	E	5	8
d_5	2	ILE	ILE	ILE	ILE	E	E	8	11
d_5	3	THR	THR	TYR	TYR	E	E	11 - 21	14 - 24
d_5	4	GLN	GLN	GLY	GLY	E	E	23 - 44	26 - 47
d_5	5	LEU	LEU	VAL	VAL	E	E	46 - 77	49 - 80
d_5	6	ALA	ALA	ILE	ILE	E	E	79 - 86	82 - 89
d_5	7	ASP	ASP	SER	SER	E	E	88 - 102	91 - 105
d_5	8	PHE	PHE	PRO	PRO	E	E	104 - 116	107 - 119
d_5	9	GLY	GLY	PRO	PRO	E	E	118 - 131	121 - 134
d_6	1	VAL	VAL	VAL	VAL	F	F	5	8
d_6	2	ILE	ILE	ILE	ILE	F	F	8	11
d_6	3	THR	THR	TYR	TYR	F	F	11 - 21	14 - 24
d_6	4	GLN	GLN	GLY	GLY	F	F	23 - 44	26 - 47
d_6	5	LEU	LEU	VAL	VAL	F	F	46 - 77	49 - 80
d_6	6	ALA	ALA	ILE	ILE	F	F	79 - 86	82 - 89
d_6	7	ASP	ASP	SER	SER	F	F	88 - 102	91 - 105
d_6	8	PHE	PHE	PRO	PRO	F	F	104 - 116	107 - 119
d_6	9	GLY	GLY	PRO	PRO	F	F	118 - 131	121 - 134

#1: タンパク質	2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase 分子量: 14678.714 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Capra hircus (ヤギ) / 遺伝子: RIDA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80601
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Potassium thiocyanate, 30% w/v PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.968 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月31日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→59.72 Å / Num. obs: 61313 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 26.46 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.125 / R_rim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 2.01→2.06 Å / Num. unique obs: 2936 / CC_1/2: 0.446

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.01→37.42 Å / SU ML: 0.2982 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.1142
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2845	2603	4.94 %
R_work	0.2379	50038	-
obs	0.2402	52641	97.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→37.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5805	0	23	627	6455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0031	5989
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6509	8157
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0458	956
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	1062
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.64	864

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.760882911813
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.25461852277
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.525444321051
ens_1	d_5	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.648978110855
ens_1	d_6	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.890184928846

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.04	0.3395	139	0.3675	2635	X-RAY DIFFRACTION	98.37
2.04-2.08	0.372	159	0.3149	2614	X-RAY DIFFRACTION	98.44
2.08-2.12	0.3253	130	0.2885	2627	X-RAY DIFFRACTION	98.5
2.12-2.17	0.2938	140	0.2934	2631	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.17-2.22	0.3479	140	0.298	2657	X-RAY DIFFRACTION	98.42
2.22-2.28	0.3016	130	0.2734	2625	X-RAY DIFFRACTION	97.97
2.28-2.34	0.3145	154	0.2723	2551	X-RAY DIFFRACTION	95.58
2.34-2.41	0.3255	132	0.2616	2466	X-RAY DIFFRACTION	92.89
2.41-2.49	0.3357	126	0.2559	2344	X-RAY DIFFRACTION	87.87
2.49-2.57	0.3158	145	0.2589	2549	X-RAY DIFFRACTION	95.63
2.57-2.68	0.3209	164	0.2631	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.68-2.8	0.3411	132	0.2523	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.8-2.95	0.2763	119	0.2434	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.95-3.13	0.3267	117	0.2529	2737	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.13-3.37	0.3027	134	0.2351	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.37-3.71	0.2389	141	0.2135	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.71-4.25	0.2281	129	0.1976	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-5.35	0.2046	141	0.1853	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.35-37.42	0.2683	131	0.213	2743	X-RAY DIFFRACTION	98.83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.22937646599	-0.798316998038	-0.270816731164	7.82481203667	3.756270981	9.15428569774	0.597118615424	-0.164398500119	0.827380516327	1.40457725988	-0.186598960422	1.15565237321	0.953343811171	-0.854386091588	-0.482259241565	0.441610432848	-0.139273998357	0.0831342481676	0.396993579361	-0.00871099357175	0.801290267306	-7.074	-10.584	9.36
2	1.31892002249	-0.957741761245	-0.637035984119	5.19171573443	3.21386477919	6.61403678371	0.0667775020909	-0.0564237234493	-0.345779724405	0.319237713544	0.0304847324604	0.0527406716498	0.415318489949	0.0543796281323	-0.0728069693377	0.164032956137	-0.0176014815639	-0.033824362557	0.157809505206	0.0364344869733	0.221182054306	3.317	-10.12	0.791
3	5.87896629234	-0.937508708125	-2.64450143287	5.48174070632	1.29930825188	4.73228875567	-0.0919939588132	0.287931598894	-0.654025957101	-0.592821325598	0.433712935036	0.542374604096	0.0666549650746	0.374607353828	-0.245785128589	0.189841332249	0.0448329111804	-0.070041681235	0.237195288715	-0.110068152621	0.408353533768	15.22	-10.295	-10.663
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31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN D AND RESID 129:132 )	D	129 - 132
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN E AND RESID 2:9 )	E	2 - 9
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN E AND RESID 10:43 )	E	10 - 43
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN E AND RESID 44:85 )	E	44 - 85
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN E AND RESID 86:99 )	E	86 - 99
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN E AND RESID 100:105 )	E	100 - 105
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN E AND RESID 106:120 )	E	106 - 120
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN E AND RESID 121:133 )	E	121 - 133
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN F AND RESID 2:9 )	F	2 - 9
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN F AND RESID 10:23 )	F	10 - 23
41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN F AND RESID 24:68 )	F	24 - 68
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN F AND RESID 69:99 )	F	69 - 99
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN F AND RESID 100:128 )	F	100 - 128
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN F AND RESID 129:131 )	F	129 - 131

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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