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- PDB-8qoq: Capra hircus reactive intermediate deaminase A mutant - R107A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qoq
タイトルCapra hircus reactive intermediate deaminase A mutant - R107A
要素2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Enzyme / deaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate deaminase activity / 2-iminopropanoate deaminase activity / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / lipid metabolic process / peroxisome / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation ...2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate deaminase activity / 2-iminopropanoate deaminase activity / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / lipid metabolic process / peroxisome / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / mRNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Capra hircus (ヤギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.214 Å
データ登録者Rizzi, G. / Visentin, C. / Ricagno, S.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
University and Research - University of Milan イタリア
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Site-directed mutagenesis reveals the interplay between stability, structure, and enzymatic activity in RidA from Capra hircus.
著者: Rizzi, G. / Digiovanni, S. / Degani, G. / Barbiroli, A. / Di Pisa, F. / Popolo, L. / Visentin, C. / Vanoni, M.A. / Ricagno, S.
履歴
登録2023年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月15日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0112
ポリマ－29,0112
非ポリマー00
水3,549197
1
A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0336
ポリマ－87,0336
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation12_455-y-1/2,-z,x+1/21
crystal symmetry operation3_454-x-1,y+1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation8_454-z-1,x+1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation10_454-y-1,z+1/2,-x-1/21
Buried area17330 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area27600 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)87.280, 87.280, 87.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-238-

HOH

21A-304-

HOH

31A-317-

HOH

41B-230-

HOH

51B-273-

HOH

61B-278-

HOH

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要素

#1: タンパク質 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase


分子量: 14505.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Capra hircus (ヤギ) / 遺伝子: RIDA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80601
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.02 M Sodium/potassium phosphate, 0.1 M Bis-Tris propane 8.5, 20 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→43.64 Å / Num. obs: 66673 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.21→1.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.768 / Num. unique obs: 3196 / CC1/2: 0.189 / Rrim(I) all: 1.086

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.214→39.033 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1697 3288 4.95 %
Rwork0.1463 --
obs0.1474 66448 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.214→39.033 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1973 0 0 197 2170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0162150
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4582958
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7631385
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008389
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2144-1.23260.31271090.25872478X-RAY DIFFRACTION90
1.2326-1.25180.28711290.21242733X-RAY DIFFRACTION100
1.2518-1.27240.21711400.19752791X-RAY DIFFRACTION100
1.2724-1.29430.22151300.18782716X-RAY DIFFRACTION100
1.2943-1.31780.22061360.18492718X-RAY DIFFRACTION100
1.3178-1.34320.19981690.17262739X-RAY DIFFRACTION100
1.3432-1.37060.18161310.17542746X-RAY DIFFRACTION100
1.3706-1.40040.22151650.16442715X-RAY DIFFRACTION100
1.4004-1.4330.1971590.15982737X-RAY DIFFRACTION100
1.433-1.46880.18561700.14332717X-RAY DIFFRACTION100
1.4688-1.50850.17721380.12742734X-RAY DIFFRACTION100
1.5085-1.55290.15921520.12162722X-RAY DIFFRACTION100
1.5529-1.60310.17261470.1242762X-RAY DIFFRACTION100
1.6031-1.66040.14561590.12922731X-RAY DIFFRACTION100
1.6604-1.72680.16451250.12092772X-RAY DIFFRACTION100
1.7268-1.80540.16341390.12852768X-RAY DIFFRACTION100
1.8054-1.90060.14481640.12272758X-RAY DIFFRACTION100
1.9006-2.01970.13891400.12422753X-RAY DIFFRACTION100
2.0197-2.17560.16151500.1252760X-RAY DIFFRACTION100
2.1756-2.39450.14551280.13072779X-RAY DIFFRACTION99
2.3945-2.74090.16151310.14852805X-RAY DIFFRACTION99
2.7409-3.4530.1671440.15552795X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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