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- PDB-8qok: Capra hircus reactive intermediate deaminase A mutant - E124A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qok
タイトルCapra hircus reactive intermediate deaminase A mutant - E124A
要素2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Enzyme / deaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate deaminase activity / 2-iminopropanoate deaminase activity / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / lipid metabolic process / peroxisome / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation ...2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate deaminase activity / 2-iminopropanoate deaminase activity / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / lipid metabolic process / peroxisome / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / mRNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Capra hircus (ヤギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Rizzi, G. / Visentin, C. / Ricagno, S.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
University and Research - University of Milan イタリア
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Site-directed mutagenesis reveals the interplay between stability, structure, and enzymatic activity in RidA from Capra hircus.
著者: Rizzi, G. / Digiovanni, S. / Degani, G. / Barbiroli, A. / Di Pisa, F. / Popolo, L. / Visentin, C. / Vanoni, M.A. / Ricagno, S.
履歴
登録2023年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月15日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0672
ポリマ－29,0672
非ポリマー00
水4,324240
1
A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,2026
ポリマ－87,2026
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation4_444x-1/2,-y-1/2,-z-11
crystal symmetry operation8_444-z-1,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation12_444-y-1/2,-z-1,x-1/21
Buried area16240 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area28970 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)88.461, 88.461, 88.461
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Space group name HallP2ac2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y+1/2,-z,x+1/2
#5: z+1/2,-x+1/2,-y
#6: -y,z+1/2,-x+1/2
#7: -z+1/2,-x,y+1/2
#8: -z,x+1/2,-y+1/2
#9: y+1/2,-z+1/2,-x
#10: x+1/2,-y+1/2,-z
#11: -x,y+1/2,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-231-

HOH

21A-309-

HOH

31A-327-

HOH

41A-328-

HOH

51A-330-

HOH

61B-236-

HOH

71B-290-

HOH

81B-300-

HOH

91B-308-

HOH

101B-309-

HOH

111B-310-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase


分子量: 14533.599 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Capra hircus (ヤギ) / 遺伝子: RIDA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80601
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.11 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Sodium sulfate, 0.1 M Bis-Tris propane 7.5, 20 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月7日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→39.56 Å / Num. obs: 72054 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 10.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Rrim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / Rmerge(I) obs: 0.388 / Num. unique obs: 3534 / CC1/2: 0.703 / Rrim(I) all: 0.549

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→39.56 Å / SU ML: 0.1058 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.7711
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1891 3634 5.04 %
Rwork0.1547 68402 -
obs0.1563 72036 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→39.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1970 0 0 240 2210
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122108
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19832898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0893348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0134382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.8051322
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.220.24121460.20962620X-RAY DIFFRACTION99.93
1.22-1.230.26261270.21442587X-RAY DIFFRACTION99.96
1.23-1.250.23441430.19572618X-RAY DIFFRACTION99.96
1.25-1.270.21211430.17722580X-RAY DIFFRACTION100
1.27-1.290.19791450.17982635X-RAY DIFFRACTION100
1.29-1.310.2181650.1822546X-RAY DIFFRACTION99.96
1.31-1.330.21531600.16732618X-RAY DIFFRACTION100
1.33-1.360.19341350.16032624X-RAY DIFFRACTION100
1.36-1.380.20161700.15252584X-RAY DIFFRACTION100
1.38-1.410.21931220.14622587X-RAY DIFFRACTION100
1.41-1.440.21041120.14462667X-RAY DIFFRACTION100
1.44-1.470.17141180.13912653X-RAY DIFFRACTION100
1.48-1.510.18431430.12812603X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.550.16781500.12822609X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.60.16131360.13322615X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.650.17161280.13852640X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.710.18611290.14552635X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.780.17351430.15032631X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.860.1821010.14542659X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.960.18671550.14992643X-RAY DIFFRACTION99.96
1.96-2.080.18081650.14382603X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.240.17311580.15012631X-RAY DIFFRACTION99.93
2.24-2.460.19621500.15222643X-RAY DIFFRACTION99.86
2.46-2.820.16721370.1642672X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.550.20611420.16372692X-RAY DIFFRACTION100
3.56-39.560.18361110.15292807X-RAY DIFFRACTION99.59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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