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万見
- PDB-8qna: OPR3 variant - R366A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qna
タイトルOPR3 variant - R366A
要素12-oxophytodienoate reductase 3
キーワードFLAVOPROTEIN / Old Yellow Enzyme / ene-reductase / flavoenzyme / oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


12-oxophytodienoate reductase / 12-oxophytodienoate reductase activity / jasmonic acid biosynthetic process / oxylipin biosynthetic process / peroxisome / FMN binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 12-oxophytodienoate reductase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Bijelic, A. / Macheroux, P. / Kerschbaumer, B.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science Fund オーストリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of OPR3 wildtype and variants in complex with NAD(P)H
著者: Kerschbaumer, B. / Bijelic, A. / Macheroux, P.
履歴
登録2023年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 12-oxophytodienoate reductase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6114
ポリマ－44,3151
非ポリマー1,2963
水7,638424
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.250, 90.330, 49.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 12-oxophytodienoate reductase 3


分子量: 44315.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: OPR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FEW9
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, 50 mM sodium tartrate, 18% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→49.17 Å / Num. obs: 62151 / % possible obs: 97.54 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 18.74 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.41
反射 シェル解像度: 1.5→1.52 Å / Num. unique obs: 62149 / CC1/2: 0.281

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_4761精密化
PHENIXdev_4761精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→49.17 Å / SU ML: 0.2031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.9783
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1938 3108 5 %
Rwork0.1539 59043 -
obs0.1559 62151 97.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→49.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2772 0 67 426 3265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00782922
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03983990
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0579440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0104509
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.69591038
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.520.33911190.3122269X-RAY DIFFRACTION83.55
1.52-1.550.32681340.2892541X-RAY DIFFRACTION93.86
1.55-1.580.31891390.25892648X-RAY DIFFRACTION97.28
1.58-1.60.28421400.23782643X-RAY DIFFRACTION97.58
1.6-1.630.2841400.21292670X-RAY DIFFRACTION97.67
1.63-1.670.28081390.20522635X-RAY DIFFRACTION97.88
1.67-1.70.23481420.19132692X-RAY DIFFRACTION97.99
1.7-1.740.26851400.1782670X-RAY DIFFRACTION98.42
1.74-1.790.22721390.17792650X-RAY DIFFRACTION98.41
1.79-1.840.2261430.16872717X-RAY DIFFRACTION98.38
1.84-1.890.20011390.1742635X-RAY DIFFRACTION96.59
1.89-1.950.21571410.15412672X-RAY DIFFRACTION98.36
1.95-2.020.22521430.13962711X-RAY DIFFRACTION98.79
2.02-2.10.19971420.13092707X-RAY DIFFRACTION98.65
2.1-2.20.18911430.13052713X-RAY DIFFRACTION99.2
2.2-2.310.17651430.12322729X-RAY DIFFRACTION99.17
2.31-2.460.17611460.13032766X-RAY DIFFRACTION99.52
2.46-2.650.17591420.14232694X-RAY DIFFRACTION98.4
2.65-2.910.18691450.14712755X-RAY DIFFRACTION98.24
2.91-3.340.15751460.14462781X-RAY DIFFRACTION99.69
3.34-4.20.16311490.13642819X-RAY DIFFRACTION99.73
4.2-49.170.17281540.15612926X-RAY DIFFRACTION98.43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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