PDB-8qne: OPR3 variant with redesigned loop 6 (9aa)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qne

タイトル

OPR3 variant with redesigned loop 6 (9aa)

要素

12-oxophytodienoate reductase 3

キーワード

FLAVOPROTEIN / Old Yellow Enzyme / ene-reductase / flavoenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

12-oxophytodienoate reductase / 12-oxophytodienoate reductase activity / jasmonic acid biosynthetic process / oxylipin biosynthetic process / peroxisome / FMN binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Solanum lycopersicum (トマト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Bijelic, A. / Macheroux, P. / Kerschbaumer, B.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of OPR3 wildtype and variants in complex with NAD(P)H
著者: Kerschbaumer, B. / Bijelic, A. / Macheroux, P.

履歴

登録	2023年9月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qne.cif.gz	97.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qne.ent.gz	70.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qne.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/8qne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/8qne	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qnaC 8qnmC 8qnwC 8qnxC 8qnyC 8qo6C 8qo7C 8qo8C 8qmx 8qn1 8qn3 8qn9 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 12-oxophytodienoate reductase 3

ヘテロ分子

44.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.360, 90.100, 49.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	12-oxophytodienoate reductase 3 / 12-oxophytodienoate-10 / 11-reductase 3 / OPDA-reductase 3 / LeOPR3 分子量: 43768.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: OPR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FEW9, 12-oxophytodienoate reductase

-
非ポリマー , 5種, 367分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MES/Tris, 50 mM ammonium sulfate, 12% PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA II, DESY / ビームライン: PETRA1 / 波長: 1.03323 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03323 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→43.68 Å / Num. obs: 907508 / % possible obs: 97.17 % / 冗長度: 12.1 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.31
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / Num. unique obs: 75301 / CC_1/2: 0.38

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_4761)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	(dev_4761)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→43.68 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1823	3766	5 %
R_work	0.1586	-	-
obs	0.1598	75302	97.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→43.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2801	0	76	362	3239

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.022	2981
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.493	4062
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.607	433
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.112	444
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.018	523

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.321	106	0.3094	2015	X-RAY DIFFRACTION	75
1.42-1.44	0.2818	115	0.2805	2191	X-RAY DIFFRACTION	81
1.44-1.46	0.3321	120	0.2648	2277	X-RAY DIFFRACTION	84
1.46-1.48	0.2435	129	0.2637	2443	X-RAY DIFFRACTION	92
1.48-1.5	0.2664	137	0.2487	2605	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5-1.52	0.2535	138	0.2205	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
1.52-1.55	0.2569	143	0.2085	2706	X-RAY DIFFRACTION	99
1.55-1.57	0.2156	140	0.1852	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.6	0.1935	142	0.1779	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.2061	142	0.167	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.67	0.1912	142	0.1637	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.7	0.2036	144	0.1603	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.74	0.1943	141	0.1596	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.79	0.1826	142	0.16	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.83	0.2017	143	0.1618	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.89	0.2106	142	0.1683	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.95	0.1832	143	0.1605	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.02	0.194	143	0.1547	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.1	0.1816	143	0.1557	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.2	0.1903	144	0.1546	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.31	0.1822	144	0.155	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.46	0.1767	145	0.1567	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.65	0.1898	143	0.1677	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.91	0.1932	146	0.1584	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.33	0.1751	146	0.1529	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-4.2	0.1528	148	0.136	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-43.68	0.1616	155	0.147	2932	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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