PDB-8qo7: OPR3 variant R283E in complex with NADPH4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qo7

タイトル

OPR3 variant R283E in complex with NADPH4

要素

12-oxophytodienoate reductase 3

キーワード

FLAVOPROTEIN / Old Yellow Enzyme / ene-reductase / flavoenzyme / NADPH

機能・相同性

機能・相同性情報

12-oxophytodienoate reductase / 12-oxophytodienoate reductase activity / jasmonic acid biosynthetic process / oxylipin biosynthetic process / peroxisome / FMN binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Solanum lycopersicum (トマト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Bijelic, A. / Macheroux, P. / Kerschbaumer, B.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of OPR3 wildtype and variants in complex with NAD(P)H
著者: Kerschbaumer, B. / Bijelic, A. / Macheroux, P.

履歴

登録	2023年9月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qo7.cif.gz	101.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qo7.ent.gz	72.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qo7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/8qo7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/8qo7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qnaC 8qneC 8qnmC 8qnwC 8qnxC 8qnyC 8qo6C 8qo8C 8qmx 8qn1 8qn3 8qn9 8qnk 8qnp C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 12-oxophytodienoate reductase 3

ヘテロ分子

46.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.400, 90.270, 49.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	12-oxophytodienoate reductase 3 分子量: 44373.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: OPR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FEW9
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-5J8 / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(5-aminocarbonyl-3,4-dihydro-2H-pyridin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-4-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate 分子量: 747.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₂N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MES/Tris, 10 mM ammonium sulfate, 14% PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→45.13 Å / Num. obs: 78424 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 24.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 31.68
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / Num. unique obs: 37199 / CC_1/2: 0.812

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_4761)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	(dev_4761)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→45.13 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1708	3922	5 %
R_work	0.1514	-	-
obs	0.1523	78424	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→45.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2749	0	89	531	3369

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	2920
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.611	3985
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.736	414
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.11	436
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.021	505

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.2349	132	0.2044	2496	X-RAY DIFFRACTION	95
1.42-1.44	0.2427	136	0.1938	2592	X-RAY DIFFRACTION	99
1.44-1.45	0.2008	138	0.1799	2618	X-RAY DIFFRACTION	99
1.45-1.47	0.2242	137	0.1711	2615	X-RAY DIFFRACTION	99
1.47-1.49	0.2338	139	0.1663	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.52	0.1751	138	0.1589	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.54	0.1859	139	0.1537	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.57	0.2101	137	0.1456	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.59	0.1649	141	0.1442	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.62	0.1698	138	0.1413	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.65	0.1737	142	0.1424	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.69	0.1748	137	0.1377	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.1606	140	0.1493	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.76	0.1612	140	0.1434	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.81	0.169	140	0.1465	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.86	0.155	138	0.1524	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.91	0.2054	142	0.1608	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.97	0.2039	139	0.1545	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.04	0.2002	140	0.1523	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.13	0.1506	140	0.1462	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.22	0.1532	141	0.1449	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.34	0.1609	142	0.1483	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.49	0.186	140	0.15	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.68	0.1742	142	0.1616	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.95	0.1452	143	0.1547	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.37	0.1693	142	0.1471	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-4.25	0.1368	146	0.1379	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-45.13	0.1761	153	0.1567	2889	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)