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- PDB-8qmb: Nucleant-assisted 2.0 A resolution structure of the Streptococcus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qmb
タイトルNucleant-assisted 2.0 A resolution structure of the Streptococcus pneumoniae topoisomerase IV-V18mer DNA complex with the novel fluoroquinolone Delafloxacin
要素
  • DNA (5'-D(GP*TP*AP*AP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(TP*GP*TP*GP*GP*AP*T)-3')
  • DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A
キーワードISOMERASE / PROTEIN-DNA CLEAVAGE COMPLEX / TOPOISOMERASE IIA / DELAFLOXACIN / TOPOISOMERASE IV-DNA-ANTIBIOTIC COMPLEX / PEGylated GRAPHENE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV subunit A, Gram-positive / DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / : / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus ...DNA topoisomerase IV subunit A, Gram-positive / DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / : / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / MALONIC ACID / delafloxacin / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 4 subunit A / DNA topoisomerase 4 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Najmudin, S. / Pan, X.S. / Wang, B. / Chayen, N.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/T000848/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The nature of the molecular interactions at high resolution of the Streptococcus pneumoniae topoisomerase IV-DNA complex with the novel fluoroquinolone Delafloxacin.
著者: Najmudin, S. / Pan, X.S. / Wang, B. / Chayen, N.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
履歴
登録2023年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A
B: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A
E: DNA (5'-D(TP*GP*TP*GP*GP*AP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*A)-3')
G: DNA (5'-D(GP*TP*AP*AP*TP*AP*C)-3')
H: DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,44429
ポリマ－179,3636
非ポリマー2,08123
水19,0781059
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19730 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area61580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.215, 157.215, 211.948
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 411 - 1486 / Label seq-ID: 9 - 732

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A / Topoisomerase IV subunit B / Topoisomerase IV subunit A


分子量: 84211.422 Da / 分子数: 2 / 変異: Insertion of His at postion 648 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fused TOPOISOMERASE IV CLEAVAGE COMPLEX comprises the C-terminal domain of the ParE30 domain (residues 415-647), a His insert at position 648 and the N-terminal domain of ParC55 (residues ...詳細: The fused TOPOISOMERASE IV CLEAVAGE COMPLEX comprises the C-terminal domain of the ParE30 domain (residues 415-647), a His insert at position 648 and the N-terminal domain of ParC55 (residues 1001-1486),The fused TOPOISOMERASE IV CLEAVAGE COMPLEX comprises the C-terminal domain of the ParE30 domain (residues 415-647), a His insert at position 648 and the N-terminal domain of ParC55 (residues 1001-1486),The fused TOPOISOMERASE IV CLEAVAGE COMPLEX comprises the C-terminal domain of the ParE30 domain (residues 415-647), a His insert at position 648 and the N-terminal domain of ParC55 (residues 1001-1486),The fused TOPOISOMERASE IV CLEAVAGE COMPLEX comprises the C-terminal domain of the ParE30 domain (residues 415-647), a His insert at position 648 and the N-terminal domain of ParC55 (residues 1001-1486)
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: 7785 / 遺伝子: parE, SP_0852, parC, SP_0855 / プラスミド: PET29A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q59961, UniProt: P72525, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)

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DNA鎖 , 4種, 4分子 EFGH

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(TP*GP*TP*GP*GP*AP*T)-3')


分子量: 2168.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: plamid pBR322 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量: 3333.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: plasmid pBR322 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(GP*TP*AP*AP*TP*AP*C)-3')


分子量: 2121.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: plasmid pBR322 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*C)-3')


分子量: 3317.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: plasmid pBR322 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 8種, 1082分子

#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#10: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#11: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#12: 化合物 ChemComp-TE9 / delafloxacin / 1-[6-azanyl-3,5-bis(fluoranyl)pyridin-2-yl]-8-chloranyl-6-fluoranyl-7-(3-oxidanylazetidin-1-yl)-4-oxidanylidene-quinoline-3-carboxylic acid / WQ-3034


分子量: 440.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H12ClF3N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1059 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.1 %
結晶化温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.5% Tacsimate, 50 mM Na Cacodylate, 62.5 mM KCl, 7.5 mM MgCl2, 5.5-7.0% Isopropanol, 0.05 mg/mL PEGylated graphene as a nucleant. 30% MPD as cryoprotectant and 1 mM beta-mercaptoethanol in the mother liquor.
PH範囲: 6.5-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.997→83.768 Å / Num. obs: 115609 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 100.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.239 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.24 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.997→2.306 Å / 冗長度: 82.3 % / Rmerge(I) obs: 2.948 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 6766 / CC1/2: 0.827 / Rpim(I) all: 0.326 / Rrim(I) all: 2.966 / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
DIALSデータ削減
xia2データスケーリング
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→83.628 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.887 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.178 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2064 5806 5.022 %
Rwork0.1687 109796 -
all0.171 --
obs-115602 56.762 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 47.121 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.007 Å2-0.004 Å20 Å2
2---0.007 Å2-0 Å2
3---0.023 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→83.628 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11512 732 134 1059 13437
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01212690
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.01611960
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.261.85217258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8641.7827584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.08251456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg3.953525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.625102229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.88410551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.21922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0214339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022749
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.22715
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1580.211417
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.26103
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.27217
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2957
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0290.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.040.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2080.221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1360.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2260.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3813.6065810
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3823.6065811
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.5326.4737259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.5326.4747260
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.724.1366880
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.724.1366880
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.3747.3819992
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.3747.3819993
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.30237.1515126
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other10.30137.15115124
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.10.0523368
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.100270.05008
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.100270.05008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2-2.0520.402200.281920.29148880.8770.9351.4240.28
2.052-2.1080.352530.2397210.246145740.9290.9615.31080.23
2.108-2.1690.297700.23812600.241141600.9480.9639.39270.222
2.169-2.2360.279940.23418520.236137800.9430.96314.12190.214
2.236-2.3090.2861260.2224950.223133830.9460.96919.58450.197
2.309-2.390.2512010.22135740.223128480.9580.96929.3820.191
2.39-2.480.272310.22348050.225124960.9550.9740.30090.192
2.48-2.5810.33440.23362670.236120600.9430.96654.81760.202
2.581-2.6960.2534570.22789880.228115020.9550.96782.11610.191
2.696-2.8280.2695500.221104810.223110500.9540.96999.8280.186
2.828-2.980.2394520.19100250.192104890.9650.97899.88560.161
2.98-3.1610.2234920.18294700.18499760.9670.9899.85970.16
3.161-3.3790.2154850.17688870.17893770.9730.98399.94670.162
3.379-3.6490.2164420.17283200.17487630.9740.98599.98860.161
3.649-3.9970.1853960.14776550.14980510.980.9881000.139
3.997-4.4670.173770.1369320.13273100.9830.9999.98630.125
4.467-5.1560.1633760.12161130.12364890.9840.9921000.119
5.156-6.3080.1822770.1552690.15155460.9820.991000.148
6.308-8.8960.1832190.14141070.14343260.9830.9891000.143
8.896-83.6280.1721440.18323850.18225310.9850.93899.9210.214
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69510.2653-0.05510.32740.00430.3636-0.0176-0.0061-0.1104-0.00360.0153-0.09660.06670.09320.00230.01230.01690.0020.0245-0.00340.0307-47.514259.377-36.3811
20.64590.31290.00430.32640.01440.18310.0229-0.05250.1193-0.0188-0.01840.0265-0.09450.0136-0.00450.0553-0.00510.01250.0133-0.00930.0281-53.302267.10770.0597
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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