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- PDB-8qma: Structure of the plastid-encoded RNA polymerase complex (PEP) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qma
タイトルStructure of the plastid-encoded RNA polymerase complex (PEP) from Sinapis alba
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • FLN2
  • PAP1
  • PAP10
  • PAP11
  • PAP12 (DNA-directed RNA polymerase subunit omega)
  • PAP3
  • PAP4
  • PAP5
  • PAP6
  • PAP7
  • PAP8
  • PAP9
  • PTAC18
キーワードTRANSCRIPTION / Chloroplasts / Gene Expression / RNA / Polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / chloroplast / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily ...: / DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
: / S-ADENOSYLMETHIONINE / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta''
類似検索 - 構成要素
生物種Sinapis alba (シロガラシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者do Prado, P.F.V. / Ahrens, F.M. / Pfannschmidt, T. / Hillen, H.S.
資金援助 ドイツ, 5件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)FOR2848 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1190 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1565 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1 390729940 ドイツ
German Research Foundation (DFG)PF323-7 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Structure of the multi-subunit chloroplast RNA polymerase.
著者: Paula F V do Prado / Frederik M Ahrens / Monique Liebers / Noah Ditz / Hans-Peter Braun / Thomas Pfannschmidt / Hauke S Hillen /
要旨: Chloroplasts contain a dedicated genome that encodes subunits of the photosynthesis machinery. Transcription of photosynthesis genes is predominantly carried out by a plastid-encoded RNA polymerase ...Chloroplasts contain a dedicated genome that encodes subunits of the photosynthesis machinery. Transcription of photosynthesis genes is predominantly carried out by a plastid-encoded RNA polymerase (PEP), a nearly 1 MDa complex composed of core subunits with homology to eubacterial RNA polymerases (RNAPs) and at least 12 additional chloroplast-specific PEP-associated proteins (PAPs). However, the architecture of this complex and the functions of the PAPs remain unknown. Here, we report the cryo-EM structure of a 19-subunit PEP complex from Sinapis alba (white mustard). The structure reveals that the PEP core resembles prokaryotic and nuclear RNAPs but contains chloroplast-specific features that mediate interactions with the PAPs. The PAPs are unrelated to known transcription factors and arrange around the core in a unique fashion. Their structures suggest potential functions during transcription in the chemical environment of chloroplasts. These results reveal structural insights into chloroplast transcription and provide a framework for understanding photosynthesis gene expression.
履歴
登録2023年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年3月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年3月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年3月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年3月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年3月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年3月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年3月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.42025年7月9日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: PAP4
H: PAP5
K: PAP8
L: PAP9
M: PAP10
N: PAP10
O: PAP11
P: PAP12 (DNA-directed RNA polymerase subunit omega)
R: PTAC18
S: PAP6
A: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''
C: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
D: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
E: PAP1
F: PAP3
I: FLN2
J: PAP7
T: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,117,94923
ポリマ－1,117,37319
非ポリマー5764
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 13種, 14分子 GHKLMNOPRSEFIJ

#1: タンパク質 PAP4


分子量: 30404.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#2: タンパク質 PAP5


分子量: 60884.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#3: タンパク質 PAP8


分子量: 38039.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#4: タンパク質 PAP9


分子量: 34008.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#5: タンパク質 PAP10


分子量: 20851.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#6: タンパク質 PAP11


分子量: 85061.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#7: タンパク質 PAP12 (DNA-directed RNA polymerase subunit omega)


分子量: 18835.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#8: タンパク質 PTAC18


分子量: 16430.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#9: タンパク質 PAP6


分子量: 52435.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#13: タンパク質 PAP1


分子量: 103467.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#14: タンパク質 PAP3


分子量: 79815.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#15: タンパク質 FLN2


分子量: 68527.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#16: タンパク質 PAP7


分子量: 55675.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDT

#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / PEP / Plastid-encoded RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase subunit beta


分子量: 121163.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) / 参照: UniProt: A0A6C0M5W1, DNA-directed RNA polymerase
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta''


分子量: 156388.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) / 参照: UniProt: A0A6C0M829
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / PEP / Plastid-encoded RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha


分子量: 37885.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) / 参照: UniProt: A0A6C0M610, DNA-directed RNA polymerase
#17: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / PEP / Plastid-encoded RNA polymerase subunit beta' / RNA polymerase subunit beta'


分子量: 78761.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) / 参照: UniProt: A0A6C0M5W0, DNA-directed RNA polymerase

-
非ポリマー , 3種, 4分子

#18: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#19: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#20: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Plastid-encoded DNA-dependent RNA polymerase (PEP) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: NATURAL
分子量値: 1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris1
20.1 mMEDTA1
310 mMMagnesium chlorideMgCl21
40.1 mMSodium fluorideNaF1
50.1 mMPMSF1
61 mM2-mercapto ethanol1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.7 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
8PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 123874 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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