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- PDB-8qk5: Structure of K. pneumoniae LpxH in complex with EBL-3647 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qk5
タイトルStructure of K. pneumoniae LpxH in complex with EBL-3647
要素UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase
キーワードHYDROLASE / Lipid A biosynthesis pathway Endotoxin UDP-diacyl-glucosamine Lipid X Gram-negative bacteria Lipopolysaccharides
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-2,3-diacylglucosamine diphosphatase / UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase activity / lipid A biosynthetic process / extrinsic component of plasma membrane / manganese ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase / UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase LpxH-like / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Sooriyaarachchi, S. / Bergfors, T. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Antibiotic class with potent in vivo activity targeting lipopolysaccharide synthesis in Gram-negative bacteria.
著者: Huseby, D.L. / Cao, S. / Zamaratski, E. / Sooriyaarachchi, S. / Ahmad, S. / Bergfors, T. / Krasnova, L. / Pelss, J. / Ikaunieks, M. / Loza, E. / Katkevics, M. / Bobileva, O. / Cirule, H. / ...著者: Huseby, D.L. / Cao, S. / Zamaratski, E. / Sooriyaarachchi, S. / Ahmad, S. / Bergfors, T. / Krasnova, L. / Pelss, J. / Ikaunieks, M. / Loza, E. / Katkevics, M. / Bobileva, O. / Cirule, H. / Gukalova, B. / Grinberga, S. / Backlund, M. / Simoff, I. / Leber, A.T. / Berruga-Fernandez, T. / Antonov, D. / Konda, V.R. / Lindstrom, S. / Olanders, G. / Brandt, P. / Baranczewski, P. / Vingsbo Lundberg, C. / Liepinsh, E. / Suna, E. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L. / Hughes, D. / Karlen, A.
履歴
登録2023年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7874
ポリマ－28,0091
非ポリマー7783
水86548
1
A: UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase
ヘテロ分子

A: UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5738
ポリマ－56,0182
非ポリマー1,5556
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area2250 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.418, 60.418, 287.692
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase


分子量: 28008.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: lpxH / プラスミド: pET-26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: A6T5R0
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-VN6 / 5-[[3-(aminomethyl)azetidin-1-yl]methyl]-N-[4-[4-(4-cyano-6-methyl-pyrimidin-2-yl)piperazin-1-yl]sulfonylphenyl]-2-[methyl(methylsulfonyl)amino]benzamide


分子量: 667.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H37N9O5S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 % / 解説: bipyramidal crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus III - G11 1.2 % Cholic acid derivatives mix 0.1 M Buffer System 3 8.5 50 % Precipitant Mix 3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 23964 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Num. unique obs: 23964 / CC1/2: 0.652

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→29.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 6.083 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28192 1219 5.1 %RANDOM
Rwork0.23973 ---
obs0.24195 22624 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.005 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å20.38 Å20 Å2
2--0.77 Å2-0 Å2
3----2.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→29.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1844 0 48 48 1940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0121956
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161698
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3351.6352652
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4661.5763934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8925227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.54515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.20910297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02405
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2554.902914
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.254.902914
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4337.3151139
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4317.3191140
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4525.211042
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4255.224991
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9657.7151440
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.61856.6712135
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.56656.8912058
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 99 -
Rwork0.38 1592 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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