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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qjn | |||||||||||||||
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タイトル | SmNuc1 nuclease from Stenotrophomonas maltophilia in complex with adenosine-5'-monophosphate | |||||||||||||||
要素 | S1/P1 Nuclease | |||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / Nuclease | |||||||||||||||
機能・相同性 | ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / : 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Adamkova, K. / Koval, T. / Kolenko, P. / Dohnalek, J. | |||||||||||||||
資金援助 | チェコ, European Union, 4件
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引用 | ジャーナル: The FEBS Journal / 年: 2024 タイトル: Substrate preference, RNA binding and active site versatility of the Stenotrophomonas maltophilia nuclease SmNuc1, explained by a structural study 著者: Adamkova, K. / Trundova, M. / Koval, T. / Hustakova, B. / Duskova, J. / Skalova, T. / Kolenko, P. / Dohnalek, J. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qjn.cif.gz | 132.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qjn.ent.gz | 96.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qjn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qjn_validation.pdf.gz | 4.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qjn_full_validation.pdf.gz | 4.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qjn_validation.xml.gz | 30.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qjn_validation.cif.gz | 43.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/8qjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/8qjn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28354.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence type 5, study in PMID: 28894437 由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア) 株: SanG_2012 / 遺伝子: A1OC_03585 / プラスミド: pET303/CT-His_SmNuc1 / 詳細 (発現宿主): MalE signal peptide / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J7SYS2 |
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-非ポリマー , 6種, 601分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | ChemComp-AMP / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate 0.1 M MES pH 6.5, 30% w/v Polyethylene glycol 8000. Protein concentration 8.5 mg/ml. Cryo-protection by glycerol 20 % v/v. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→43.385 Å / Num. obs: 52701 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.869 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2636 / CC1/2: 0.777 / Rrim(I) all: 0.935 / % possible all: 92.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→43.385 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / SU B: 2.184 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.111 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. Last refinement cycle was performed against all reflections.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.032 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→43.385 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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