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- PDB-8qjm: SmNuc1 nuclease from Stenotrophomonas maltophilia in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qjm
タイトルSmNuc1 nuclease from Stenotrophomonas maltophilia in complex with cytidine-5'-monophosphate
要素S1/P1 Nuclease
キーワードHYDROLASE / Nuclease
機能・相同性CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / :
機能・相同性情報
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Adamkova, K. / Koval, T. / Kolenko, P. / Dohnalek, J.
資金援助 チェコ, European Union, 4件
組織認可番号国
Czech Science Foundation23-06295S チェコ
Czech Academy of Sciences86652036 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2023042 チェコ
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/18_046/0015974European Union
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Substrate preference, RNA binding and active site versatility of Stenotrophomonas maltophilia nuclease SmNuc1, explained by a structural study.
著者: Adamkova, K. / Trundova, M. / Koval, T. / Hustakova, B. / Kolenko, P. / Duskova, J. / Skalova, T. / Dohnalek, J.
履歴
登録2023年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S1/P1 Nuclease
B: S1/P1 Nuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,58226
ポリマ－56,7102
非ポリマー2,87224
水9,692538
1
A: S1/P1 Nuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,66614
ポリマ－28,3551
非ポリマー1,31113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: S1/P1 Nuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,91612
ポリマ－28,3551
非ポリマー1,56111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.139, 72.805, 81.238
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.066, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 S1/P1 Nuclease


分子量: 28354.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence type 5, study in PMID: 28894437
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
株: SanG_2012 / 遺伝子: A1OC_03585 / プラスミド: pET303/CT-His_SmNuc1 / 詳細 (発現宿主): MalE signal peptide / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J7SYS2

-
非ポリマー , 6種, 562分子

#2: 化合物 ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP


分子量: 323.197 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M Lithium sulfate 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350. Protein concentration 7.5 mg/ml. Cryo-protection by PEG400 30 % v/v.
Temp details: Controlled

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: Excillum MetalJet D2 70 kV / 波長: 1.3418 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月21日 / 詳細: HELIOS MX, Ga
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→41.66 Å / Num. obs: 57878 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.961 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.596 / Num. unique obs: 2787 / CC1/2: 0.559 / Rrim(I) all: 0.722

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→41.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / SU B: 1.689 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.099
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. Last refinement cycle was performed against all reflections.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1979 2819 5 %Random
Rwork0.1726 57816 --
all0.173 ---
obs0.1732 57816 99.012 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 12.199 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.178 Å2-0 Å2-0.898 Å2
2---0.499 Å20 Å2
3----0.171 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→41.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3880 0 151 538 4569
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0134194
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0153884
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6071.6455717
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4741.5978900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3795521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.63220.802262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.63215677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2961548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021040
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.21010
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1850.23692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1670.22010
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.21836
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2391
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0370.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0660.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1920.250
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2340.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1910.243
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0220.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0520.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0681.0272015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0641.0252014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.661.5352523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6611.5372524
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7341.3632179
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7061.3342128
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.751.9483182
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7551.9013105
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.91213.5415021
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.54712.8444864
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Num. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.69300.2474210X-RAY DIFFRACTION98.021
1.693-1.73900.2254129X-RAY DIFFRACTION98.8982
1.739-1.7900.2084059X-RAY DIFFRACTION99.0967
1.79-1.84500.1843915X-RAY DIFFRACTION99.5423
1.845-1.90500.2043823X-RAY DIFFRACTION99.6351
1.905-1.97200.1893717X-RAY DIFFRACTION99.6515
1.972-2.04600.193558X-RAY DIFFRACTION99.441
2.046-2.1300.1573437X-RAY DIFFRACTION99.6232
2.13-2.22400.1393314X-RAY DIFFRACTION99.7292
2.224-2.33300.1643080X-RAY DIFFRACTION97.4375
2.333-2.45900.153002X-RAY DIFFRACTION99.6349
2.459-2.60800.1632815X-RAY DIFFRACTION97.913
2.608-2.78800.1462653X-RAY DIFFRACTION99.5497
2.788-3.01100.1592499X-RAY DIFFRACTION99.6809
3.011-3.29800.1692258X-RAY DIFFRACTION96.9099
3.298-3.68600.1582069X-RAY DIFFRACTION99.4234
3.686-4.25500.1461838X-RAY DIFFRACTION99.2441
4.255-5.20700.1681560X-RAY DIFFRACTION99.2366
5.207-7.34800.2231204X-RAY DIFFRACTION98.527
7.348-41.6600.194676X-RAY DIFFRACTION96.8481

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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