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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qjm | |||||||||||||||
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タイトル | SmNuc1 nuclease from Stenotrophomonas maltophilia in complex with cytidine-5'-monophosphate | |||||||||||||||
要素 | S1/P1 Nuclease | |||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / Nuclease | |||||||||||||||
機能・相同性 | CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / : 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Adamkova, K. / Koval, T. / Kolenko, P. / Dohnalek, J. | |||||||||||||||
資金援助 | チェコ, European Union, 4件
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引用 | ジャーナル: The FEBS Journal / 年: 2024 タイトル: Substrate preference, RNA binding and active site versatility of the Stenotrophomonas maltophilia nuclease SmNuc1, explained by a structural study 著者: Adamkova, K. / Trundova, M. / Koval, T. / Hustakova, B. / Duskova, J. / Skalova, T. / Kolenko, P. / Dohnalek, J. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qjm.cif.gz | 135.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qjm.ent.gz | 98.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qjm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qjm_validation.pdf.gz | 4.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qjm_full_validation.pdf.gz | 4.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qjm_validation.xml.gz | 30.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qjm_validation.cif.gz | 43.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/8qjm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/8qjm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28354.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence type 5, study in PMID: 28894437 由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア) 株: SanG_2012 / 遺伝子: A1OC_03585 / プラスミド: pET303/CT-His_SmNuc1 / 詳細 (発現宿主): MalE signal peptide / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J7SYS2 |
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-非ポリマー , 6種, 562分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 化合物 | ChemComp-1PE / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.12 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Lithium sulfate 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350. Protein concentration 7.5 mg/ml. Cryo-protection by PEG400 30 % v/v. Temp details: Controlled |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: LIQUID ANODE / タイプ: Excillum MetalJet D2 70 kV / 波長: 1.3418 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月21日 / 詳細: HELIOS MX, Ga |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→41.66 Å / Num. obs: 57878 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.961 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.596 / Num. unique obs: 2787 / CC1/2: 0.559 / Rrim(I) all: 0.722 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→41.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / SU B: 1.689 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.099 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. Last refinement cycle was performed against all reflections.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.199 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→41.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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