PDB-8qjl: SmNuc1 nuclease from Stenotrophomonas maltophilia

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qjl

タイトル

SmNuc1 nuclease from Stenotrophomonas maltophilia

要素

S1/P1 Nuclease

キーワード

HYDROLASE / Nuclease

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Adamkova, K. / Koval, T. / Kolenko, P. / Dohnalek, J.

資金援助

チェコ, European Union, 4件

組織	認可番号	国
Czech Science Foundation	23-06295S	チェコ
Czech Academy of Sciences	86652036	チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech Republic	LM2023042	チェコ
European Regional Development Fund	CZ.02.1.01/0.0/0.0/18_046/0015974	European Union

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Substrate preference, RNA binding and active site versatility of Stenotrophomonas maltophilia nuclease SmNuc1, explained by a structural study.
著者: Adamkova, K. / Trundova, M. / Koval, T. / Hustakova, B. / Kolenko, P. / Duskova, J. / Skalova, T. / Dohnalek, J.

履歴

登録	2023年9月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qjl.cif.gz	123.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qjl.ent.gz	89.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qjl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qjl_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qjl_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8qjl_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	8qjl_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/8qjl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/8qjl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qjmC 8qjnC 8qjoC 8qjpC 8qjqC 9emgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S1/P1 Nuclease

ヘテロ分子

29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.470, 72.970, 49.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-562- HOH
2	1	A-721- HOH

#1: タンパク質	S1/P1 Nuclease 分子量: 28354.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence type 5, study in PMID: 28894437 由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア) 株: SanG_2012 / 遺伝子: A1OC_03585 / プラスミド: pET303/CT-His_SmNuc1 / 詳細 (発現宿主): MalE signal peptide / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J7SYS2
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.9 % / 解説: Long rod
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350. Protein concentration 7.5 mg/ml. Cryo-protection by glycerol 20 % v/v. Temp details: Controlled

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: LIQUID ANODE / タイプ: Excillum MetalJet D2 70 kV / 波長: 1.3418 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月14日 / 詳細: HELIOS MX, Ga
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→41.22 Å / Num. obs: 50815 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 14.3 % / B_iso Wilson estimate: 8.9 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_rim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 1.166 / Num. unique obs: 2541 / CC_1/2: 0.509 / R_rim(I) all: 1.32 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→41.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / SU B: 1.202 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.051
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. Last refinement cycle was performed against all reflections.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1612	2516	5 %	Random
R_work	0.1186	50768	-	-
all	0.123	-	-	-
obs	0.1228	50768	95.923 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.934 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.242 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.052 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→41.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1907	0	30	455	2392

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2139
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.015	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.692	1.646	2935
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.612	1.596	4644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.262	5	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.219	20.78	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.907	15	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	13.792	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.013	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2730
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	550
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	518
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	934
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.036	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.058	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.12	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.46	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.228	1.093	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.19	1.09	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.486	1.656	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.486	1.659	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.022	1.417	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.021	1.418	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.294	2.015	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.294	2.017	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.66	9999	2728
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.176	8599.807	2561
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.901	3	4137

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.436	0.242	3791	X-RAY DIFFRACTION	98.4675
1.436-1.476	0.171	3774	X-RAY DIFFRACTION	99.9206
1.476-1.518	0.19	3050	X-RAY DIFFRACTION	83.3561
1.518-1.565	0.145	3019	X-RAY DIFFRACTION	85.0423
1.565-1.616	0.115	3463	X-RAY DIFFRACTION	100
1.616-1.673	0.097	3330	X-RAY DIFFRACTION	100
1.673-1.736	0.085	3243	X-RAY DIFFRACTION	100
1.736-1.807	0.085	3096	X-RAY DIFFRACTION	100
1.807-1.887	0.086	2988	X-RAY DIFFRACTION	100
1.887-1.979	0.1	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
1.979-2.086	0.099	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.086-2.212	0.096	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.9613
2.212-2.365	0.098	2055	X-RAY DIFFRACTION	84.4289
2.365-2.554	0.107	1987	X-RAY DIFFRACTION	87.3407
2.554-2.797	0.104	1941	X-RAY DIFFRACTION	91.4272
2.797-3.126	0.119	1918	X-RAY DIFFRACTION	100
3.126-3.607	0.133	1610	X-RAY DIFFRACTION	94.7616
3.607-4.412	0.12	1466	X-RAY DIFFRACTION	100
4.412-6.217	0.175	1157	X-RAY DIFFRACTION	100
6.217-41.22	0.22	690	X-RAY DIFFRACTION	99.1379

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)