PDB-8qjb: T6SS-linked Rhs repeat protein - Salmonella bongori Rhs-core doma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qjb

タイトル

T6SS-linked Rhs repeat protein - Salmonella bongori Rhs-core domain extended N-terminus

要素

T6SS-associated Rhs core domain

キーワード

CELL INVASION / Rhs / T6SS / PAAR-Rhs / toxin cannister / Rhs-repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

Tox-PAAR-like domain / Toxin PAAR-like domain / Domain of unknown function DUF6531 / Domain of unknown function (DUF6531) / RHS protein / RHS repeat / RHS Repeat / YD repeat / Rhs repeat-associated core / :
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Salmonella bongori N268-08 (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.09 Å

データ登録者

Kielkopf, C.S. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G. / Taylor, N.M.I.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: T6SS-associated Rhs toxin-encapsulating shells: Structural and bioinformatical insights into bacterial weaponry and self-protection.
著者: Kielkopf, C.S. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G. / Taylor, N.M.I.

履歴

登録	2023年9月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qjb.cif.gz	1013.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qjb.ent.gz	695.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qjb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8qjb_validation.pdf.gz	426.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qjb_full_validation.pdf.gz	436 KB	表示
XML形式データ	8qjb_validation.xml.gz	74.1 KB	表示
CIF形式データ	8qjb_validation.cif.gz	94.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/8qjb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/8qjb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8qjaC 8qjcC 8qjdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: T6SS-associated Rhs core domain

B: T6SS-associated Rhs core domain

248 kDa, 2 ポリマー
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1

A: T6SS-associated Rhs core domain

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
124 kDa, 1 ポリマー
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2

B: T6SS-associated Rhs core domain

登録者が定義した集合体
124 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	102.734, 118.733, 130.651
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.812, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 360 through 431 or resid 433...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 360 through 431 or resid 433...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	GLU	GLU	TYR	TYR	A	A	360 - 431	17 - 88
d_1	2	ILE	ILE	SER	SER	A	A	433 - 794	90 - 451
d_1	3	ASN	ASN	ASN	ASN	A	A	796	453
d_1	4	ALA	ALA	THR	THR	A	A	798 - 865	455 - 522
d_1	5	LEU	LEU	LEU	LEU	A	A	867 - 1100	524 - 757
d_1	6	GLY	GLY	GLY	GLY	A	A	1102 - 1219	759 - 876
d_1	7	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	1222 - 1398	879 - 1055
d_1	8	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	1400 - 1420	1057 - 1077
d_2	1	GLU	GLU	TYR	TYR	B	B	360 - 431	17 - 88
d_2	2	ILE	ILE	SER	SER	B	B	433 - 794	90 - 451
d_2	3	ASN	ASN	ASN	ASN	B	B	796	453
d_2	4	ALA	ALA	THR	THR	B	B	798 - 865	455 - 522
d_2	5	LEU	LEU	LEU	LEU	B	B	867 - 1100	524 - 757
d_2	6	GLY	GLY	GLY	GLY	B	B	1102 - 1219	759 - 876
d_2	7	PRO	PRO	LEU	LEU	B	B	1222 - 1398	879 - 1055
d_2	8	GLY	GLY	LEU	LEU	B	B	1400 - 1420	1057 - 1077

#1: タンパク質	T6SS-associated Rhs core domain 分子量: 123894.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella bongori N268-08 (サルモネラ菌) 遺伝子: A464_2174 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: S5MXP0
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.94 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein solution (1 ul, 4 mg/ml) was mixed with 1 ul reservoir solution (0.1 M MES pH 6.5, 30% ethylene glycol, 7% PEG 8,000) and 0.2 ul of JBScreen Plus compound B9 (2M sodium fluoride)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9788 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.09→47.5 Å / Num. obs: 55140 / % possible obs: 99.44 % / 冗長度: 6.857 % / B_iso Wilson estimate: 51.1 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1216 / R_pim(I) all: 0.05004 / R_rim(I) all: 0.1317 / Net I/σ(I): 15.16
反射シェル	解像度: 3.091→3.201 Å / R_merge(I) obs: 0.5997 / Num. unique obs: 5262 / CC_1/2: 0.907 / CC star: 0.975 / R_pim(I) all: 0.2507 / R_rim(I) all: 0.6512

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Coot	0.9.3	モデル構築
BUCCANEER		モデル構築
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Rhs core domain

解像度: 3.09→47.5 Å / SU ML: 0.3962 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 24.9925
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2268	5403	5.02 %
R_work	0.1853	102262	-
obs	0.1874	55106	99.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.09→47.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16862	0	0	0	16862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0017	17262
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4526	23434
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	2440
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0036	3110
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.2673	6358

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.423121171425 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.09-3.13	0.4213	143	0.3605	2764	X-RAY DIFFRACTION	81.8
3.13-3.16	0.3796	202	0.3419	3394	X-RAY DIFFRACTION	99.7
3.16-3.2	0.3908	180	0.3016	3496	X-RAY DIFFRACTION	99.54
3.2-3.24	0.3176	176	0.2774	3341	X-RAY DIFFRACTION	99.32
3.24-3.28	0.2994	177	0.2485	3472	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.28-3.33	0.2351	197	0.2265	3470	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.33-3.38	0.2682	178	0.217	3403	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.38-3.43	0.2518	178	0.2172	3414	X-RAY DIFFRACTION	99.47
3.43-3.48	0.267	174	0.2159	3418	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.48-3.54	0.2967	190	0.227	3458	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.54-3.6	0.2895	184	0.2169	3451	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.6-3.66	0.2831	154	0.2008	3472	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.66-3.73	0.2199	201	0.1907	3423	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.73-3.81	0.2325	159	0.1809	3458	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.81-3.89	0.2457	185	0.1855	3375	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.89-3.98	0.1861	205	0.18	3443	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.98-4.08	0.2478	161	0.1717	3494	X-RAY DIFFRACTION	99.7
4.08-4.19	0.2155	183	0.1694	3396	X-RAY DIFFRACTION	99.75
4.19-4.32	0.198	206	0.1564	3440	X-RAY DIFFRACTION	99.84
4.32-4.46	0.1899	166	0.1496	3450	X-RAY DIFFRACTION	99.56
4.46-4.62	0.1479	182	0.1378	3440	X-RAY DIFFRACTION	99.48
4.62-4.8	0.1779	179	0.1299	3395	X-RAY DIFFRACTION	99.53
4.8-5.02	0.1454	177	0.1372	3440	X-RAY DIFFRACTION	99.89
5.02-5.28	0.2239	176	0.1542	3441	X-RAY DIFFRACTION	99.72
5.28-5.61	0.2012	185	0.1583	3427	X-RAY DIFFRACTION	99.64
5.61-6.05	0.2024	185	0.1643	3429	X-RAY DIFFRACTION	99.81
6.05-6.65	0.2207	176	0.1671	3423	X-RAY DIFFRACTION	99.72
6.65-7.61	0.1999	185	0.1954	3433	X-RAY DIFFRACTION	99.83
7.61-9.58	0.2018	181	0.1651	3437	X-RAY DIFFRACTION	99.64
9.58-47.5	0.2037	178	0.1827	3365	X-RAY DIFFRACTION	97.52

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.382415872745	-0.718419232978	0.159272471358	2.16957249017	-0.0908983720323	0.565273871312	0.0072451425235	0.0676286529217	0.07349175583	-0.121704760614	0.0395586403465	-0.470238720717	-0.267514012185	0.266150683789	-0.0491195313922	0.580902957441	-0.0686398303295	0.0513128140127	0.464179555209	-0.0336526175075	0.433273445528	23.7035840441	-33.8445727983	-18.2138128661
2	0.873524524775	0.290330160029	0.0703513008877	1.95918843582	0.274272909382	0.458903346889	-0.000139380748471	0.169336978727	0.0202561066828	-0.328297240523	-0.000520952566939	-0.00795816766895	-0.17538163853	0.211696105662	0.000569576799364	0.683831246825	-0.0460750144331	0.0546595740667	0.446949572967	0.00755279450128	0.291765345865	14.2693124692	-27.7695341057	-20.1681895074
3	0.506278147068	0.0324169702546	0.113815502706	1.32453570529	0.107793404174	0.460428110086	-0.0101014383055	0.0159627675777	-0.0196361079147	-0.0762860633416	0.0260835782711	-0.080339185363	0.0537878176588	0.0746883096069	-0.0139338163356	0.545920117428	-0.0273760327578	-0.00895801058636	0.400140824831	0.003182060217	0.236647509357	13.1068332498	-25.034469134	3.88992500088
4	1.34122203386	0.175243232064	0.0763969659345	1.28574799657	-0.0789194806003	0.918288657864	0.081559366572	-0.0718892504678	-0.173466413404	0.521048364802	-0.0395886237397	-0.138429599875	0.122864473131	0.0979445866306	-0.0371339764965	0.739905853397	0.0368521545416	-0.120625113779	0.364224658905	-0.0182973690128	0.333048729302	13.0084486739	-25.6783300334	30.971366288
5	1.92000706648	0.96058155802	-0.104270453358	7.61490118622	-2.31699748613	4.59651479641	0.0683303313803	0.00619077490969	-0.0318367092306	0.290299855452	-0.0407083375762	0.797386701022	-0.136241302118	-0.674559398428	-0.0178735899437	0.474227340035	0.006549068667	0.0458749328289	0.333318115505	-0.00953022246509	0.364584622203	-16.8210541858	-11.2175882289	25.5657045943
6	0.531750953473	-0.113926501568	0.259421194113	1.35518420523	0.205684710617	1.18325155296	-0.108331187016	-0.178735056409	0.00465194939103	0.567211764886	0.0508549878299	0.0565872764612	-0.0728906854576	-0.0343078752381	0.0656914964581	0.775434915815	0.00399236343241	-0.00869256758023	0.406247126427	0.00495975447529	0.317952341958	0.982330393786	-7.34630090612	36.8991138993
7	1.12706318025	-0.698019963338	-0.418678343135	2.2869985382	0.284049932859	0.49713509403	0.0660661471443	0.0921158615664	0.016243020006	-0.0921333519219	-0.0823202431471	-0.319534275516	-0.0306311114148	0.0809245128909	0.0251400990729	0.420348104052	0.00582064940527	-0.0222081701061	0.414391914593	0.0309443490018	0.371335547067	-11.9841589794	-36.9416332664	-79.8708855936
8	0.804019038535	0.546329928028	0.572134510204	1.64830753194	0.161666508621	0.873401123148	-0.0309156081851	0.206754707008	0.0375709212002	-0.299912642491	0.0293945097771	-0.306252454365	-0.1114038758	0.239778336633	0.0175751427947	0.455108247537	-0.00548480929267	0.12050118149	0.449274835805	0.0244207080644	0.399583682475	-9.8675995985	-16.4819355849	-74.1580038586
9	1.95178073842	-0.16463982137	0.377140671496	1.44016691283	0.0800015208958	0.351504332863	0.0104111219372	-0.084123643201	-0.10650228847	0.142020917065	-0.018412955112	-0.0997146202112	0.0635920986299	-0.0083881358308	0.0289557546266	0.489848255091	-0.0616465941959	-0.0448406663482	0.323270145222	0.00135163924439	0.256884501301	-27.130676635	-37.8440770745	-57.0088988148
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11	0.852165375912	-0.0188322994936	-0.137386961058	1.52733833226	0.296284331633	0.693842374631	0.0584375042741	-0.134219611999	-0.283035214702	0.625813013301	-0.0237923978036	0.0904964583141	0.370941333807	-0.122841306196	-0.0386473513628	0.83461803446	-0.157470223894	-0.00921286484101	0.418168222999	0.0264865469308	0.398702851207	-39.4506430787	-27.9264503894	-32.0968757121
12	4.30027741453	-0.830553211625	0.957738160434	2.38640193544	-0.0109769449519	1.60557106106	-0.0168792554861	-0.483249295712	0.162468443803	0.574948443142	-0.070908636735	0.0813204185984	0.00183447156487	-0.196151081502	0.0970320086507	0.742294450588	-0.110543621285	0.0156246624069	0.366161263236	0.00845714326209	0.288531981741	-40.3729509165	5.02370909176	-28.9469390742
13	1.65550475243	0.0903246390301	-0.0167402375811	0.907626071606	0.451116527157	1.34338641498	0.0682743119103	-0.357455052861	-0.0300600186453	0.763557662921	-0.057829324786	-0.0762193009585	0.196488436881	-0.0959472195182	-0.00362149885671	0.887542984072	-0.103151600699	-0.0608687844403	0.419355005983	0.0222870540507	0.369918944591	-34.6965320084	-14.5280444147	-24.794372728

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 360 through 453 )	A	A	360 - 453	1 - 94
2	2	chain 'A' and (resid 454 through 610 )	A	A	454 - 610	95 - 251
3	3	chain 'A' and (resid 611 through 903 )	A	A	611 - 903	252 - 544
4	4	chain 'A' and (resid 904 through 1080 )	A	A	904 - 1080	545 - 710
5	5	chain 'A' and (resid 1081 through 1139 )	A	A	1081 - 1139	711 - 769
6	6	chain 'A' and (resid 1140 through 1420 )	A	A	1140 - 1420	770 - 1037
7	7	chain 'B' and (resid 360 through 517 )	B	B	360 - 517	1 - 158
8	8	chain 'B' and (resid 518 through 667 )	B	B	518 - 667	159 - 308
9	9	chain 'B' and (resid 668 through 819 )	B	B	668 - 819	309 - 460
10	10	chain 'B' and (resid 820 through 965 )	B	B	820 - 965	461 - 606
11	11	chain 'B' and (resid 966 through 1120 )	B	B	966 - 1120	607 - 750
12	12	chain 'B' and (resid 1121 through 1250 )	B	B	1121 - 1250	751 - 867
13	13	chain 'B' and (resid 1251 through 1420 )	B	B	1251 - 1420	868 - 1037

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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