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- PDB-8qjd: T6SS-linked Rhs repeat protein - Salmonella bongori Rhs-core domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qjd
タイトルT6SS-linked Rhs repeat protein - Salmonella bongori Rhs-core domain
要素Salmonella bongori Rhs core domain (residues 360-1420)
キーワードCELL INVASION / Rhs / T6SS / PAAR-Rhs / toxin cannister / Rhs-repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


Tox-PAAR-like domain / Toxin PAAR-like domain / Domain of unknown function DUF6531 / Domain of unknown function (DUF6531) / RHS protein / RHS repeat / RHS Repeat / YD repeat / Rhs repeat-associated core / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella bongori N268-08 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.203 Å
データ登録者Kielkopf, C.S. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G. / Taylor, N.M.I.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_144243 スイス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: T6SS-associated Rhs toxin-encapsulating shells: Structural and bioinformatical insights into bacterial weaponry and self-protection.
著者: Kielkopf, C.S. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G. / Taylor, N.M.I.
履歴
登録2023年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Salmonella bongori Rhs core domain (residues 360-1420)
B: Salmonella bongori Rhs core domain (residues 360-1420)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,5324
ポリマ－245,4012
非ポリマー1312
水21,7801209
1
A: Salmonella bongori Rhs core domain (residues 360-1420)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,7662
ポリマ－122,7001
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Salmonella bongori Rhs core domain (residues 360-1420)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,7662
ポリマ－122,7001
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.071, 118.260, 131.757
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 360 through 532 or resid 534...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 360 through 532 or resid 534...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLUGLUGLNGLNAA360 - 5325 - 177
d_12GLNGLNASPASPAA534 - 773179 - 418
d_13LEULEUSERSERAA775 - 794420 - 439
d_14ASNASNMETMETAA796 - 817441 - 462
d_15GLNGLNSERSERAA819 - 940464 - 585
d_16VALVALLEULEUAA943 - 1050588 - 695
d_17GLNGLNHISHISAA1052 - 1174697 - 819
d_18VALVALVALVALAA1192837
d_19VALVALILEILEAA1194 - 1195839 - 840
d_110ASPASPILEILEAA1197 - 1215842 - 860
d_111PROPROTYRTYRAA1222 - 1227867 - 872
d_112TRPTRPGLUGLUAA1229 - 1244874 - 889
d_113ARGARGILEILEAA1246 - 1296891 - 941
d_114TRPTRPGLYGLYAA1298 - 1351943 - 996
d_115ASNASNLEULEUAA1353 - 1420998 - 1065
d_21GLUGLUGLNGLNBB360 - 5325 - 177
d_22GLNGLNASPASPBB534 - 773179 - 418
d_23LEULEUSERSERBB775 - 794420 - 439
d_24ASNASNMETMETBB796 - 817441 - 462
d_25GLNGLNSERSERBB819 - 940464 - 585
d_26VALVALLEULEUBB943 - 1050588 - 695
d_27GLNGLNGLYGLYBB1052 - 1066697 - 711
d_28ASNASNHISHISBB1078 - 1174723 - 819
d_29VALVALVALVALBB1192837
d_210VALVALILEILEBB1194 - 1195839 - 840
d_211ASPASPILEILEBB1197 - 1215842 - 860
d_212PROPROTYRTYRBB1222 - 1227867 - 872
d_213TRPTRPGLUGLUBB1229 - 1244874 - 889
d_214ARGARGILEILEBB1246 - 1296891 - 941
d_215TRPTRPGLYGLYBB1298 - 1351943 - 996
d_216ASNASNLEULEUBB1353 - 1420998 - 1065

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.990952459873, -0.047341981055, 0.125586460664), (-0.0515359208119, 0.998209648747, -0.030356976384), (-0.123924457386, -0.0365545343139, -0.991618119481)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.990952459873, -0.047341981055, 0.125586460664), (-0.0515359208119, 0.998209648747, -0.030356976384), (-0.123924457386, -0.0365545343139, -0.991618119481)
ベクター: -12.0638572627, 62.1759701781, 186.919737192)

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要素

#1: タンパク質 Salmonella bongori Rhs core domain (residues 360-1420)


分子量: 122700.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella bongori N268-08 (サルモネラ菌)
遺伝子: A464_2174 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: S5MXP0
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.72 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein was diluted to 3 mg/ml using MonoQ buffer A and 1 ul was mixed with 2 ul of reservoir solution (0.1 M MES pH 7, 20% PEE 270, 3.67% acetone) in a hanging drop vapor diffusion ...詳細: Protein was diluted to 3 mg/ml using MonoQ buffer A and 1 ul was mixed with 2 ul of reservoir solution (0.1 M MES pH 7, 20% PEE 270, 3.67% acetone) in a hanging drop vapor diffusion experiment at 19 deg C to obtain the crystals for the native dataset used for SIRAS phasing and for refinement. Before the diffraction experiment, crystals were cryoprotected by soaking in a solution consisting of 0.1M MES pH7 and 35% PEE270. For the Hg(II) derivative dataset used in SIRAS phasing, the crystal was grown in a similar fashion but using a reservoir solution comprising 0.1 M HEPES pH 7, 20% PEE 270. Derivatisation was performed by soaking the crystal for a couple of minutes in reservoir solution supplemented with 12.5 mM thimerosal. Crystals were back soaked and cryoprotected in mother liquor with an increased PEE 270 concentration (35%).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.203→49.17 Å / Num. obs: 147230 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 6.84 % / Biso Wilson estimate: 37.86 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08007 / Rpim(I) all: 0.03298 / Rrim(I) all: 0.08671 / Net I/σ(I): 17.62
反射 シェル解像度: 2.203→2.281 Å / Rmerge(I) obs: 0.8547 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique obs: 14230 / CC1/2: 0.836 / CC star: 0.954 / Rrim(I) all: 0.9292 / % possible all: 97.11

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487+SVN精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
Coot0.9.3モデル構築
ARP/wARPモデル構築
BUCCANEER位相決定
SHARP位相決定
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.203→49.17 Å / SU ML: 0.2711 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 25.0092
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 14502 5.01 %
Rwork0.1822 274927 -
obs0.1837 147188 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.203→49.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16859 0 2 1209 18070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003617259
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.665623430
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04612438
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00553111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.82216360
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.412648743443 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.203-2.230.40044220.36778146X-RAY DIFFRACTION88.43
2.23-2.250.34544900.29359170X-RAY DIFFRACTION99.81
2.25-2.280.30754800.28519164X-RAY DIFFRACTION99.79
2.28-2.310.32534970.27479383X-RAY DIFFRACTION99.76
2.31-2.340.28884790.26439065X-RAY DIFFRACTION99.77
2.34-2.370.30874910.25479289X-RAY DIFFRACTION99.7
2.37-2.410.2784830.23889211X-RAY DIFFRACTION99.73
2.41-2.440.28994810.23839136X-RAY DIFFRACTION99.78
2.44-2.480.25754900.22729240X-RAY DIFFRACTION99.73
2.48-2.520.23784810.21699167X-RAY DIFFRACTION99.78
2.52-2.560.24424840.21789247X-RAY DIFFRACTION99.77
2.56-2.610.2684860.20989206X-RAY DIFFRACTION99.74
2.61-2.660.23764830.20069146X-RAY DIFFRACTION99.78
2.66-2.720.24054860.20189234X-RAY DIFFRACTION99.76
2.72-2.780.2694850.20689191X-RAY DIFFRACTION99.73
2.78-2.840.25854920.20549240X-RAY DIFFRACTION99.6
2.84-2.910.25374850.19919218X-RAY DIFFRACTION99.58
2.91-2.990.22164830.19429159X-RAY DIFFRACTION99.57
2.99-3.080.23524890.19049204X-RAY DIFFRACTION99.71
3.08-3.180.22424850.19189180X-RAY DIFFRACTION99.71
3.18-3.290.234860.18769229X-RAY DIFFRACTION99.59
3.29-3.420.20954840.18579191X-RAY DIFFRACTION99.69
3.42-3.580.21094880.16689154X-RAY DIFFRACTION99.67
3.58-3.770.18264880.15269218X-RAY DIFFRACTION99.43
3.77-40.17254790.15169193X-RAY DIFFRACTION99.65
4-4.310.15714870.1439221X-RAY DIFFRACTION99.61
4.31-4.740.14144850.12779183X-RAY DIFFRACTION99.64
4.74-5.430.15984860.14439189X-RAY DIFFRACTION99.73
5.43-6.840.20094830.17039218X-RAY DIFFRACTION99.8
6.84-49.170.18154840.17869135X-RAY DIFFRACTION99.13
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.459217637345-0.215477152713-0.2742070794571.82746133330.02453090497110.724895889985-0.01532682098720.02633852797530.0253492739126-0.1250382334040.0738971851811-0.320783275009-0.04880046403910.289045168824-0.05905409156030.561811910975-0.046445085681-0.02566088109760.376969330545-0.01992755532210.3068610016442.55650851213-36.990097163944.6240423574
20.201513823267-0.006415225806670.1787880390960.8750077360550.344624209510.8529623201730.01564235512730.01887912723590.0242231258144-0.08881223071760.0652235756763-0.120238295506-0.03785402807460.168783026801-0.06901481571440.497370924861-0.0400460862897-0.01352604478750.330107583309-0.001867420217070.29169836957-2.15741205254-20.270609135264.9407521314
30.489517920544-0.02410688282010.08761147102971.022218388830.2875163701981.00225669295-0.0116585538873-0.109806628629-0.03557394440070.3520881080830.0358447425780.03050976665570.0781225561336-0.0685509086551-0.01330284121630.630493678568-0.0371210144238-0.0244512218140.3047209999370.02440105253250.256042593664-18.5573959654-13.098856616397.9562317989
40.5893764678560.648118335273-0.2267191038462.25850599593-0.2017331438460.5062711732340.00817341963327-0.002862745502010.0874760416970.1187669333830.04657100213980.371046641202-0.115096497454-0.182095182545-0.04147419694910.542083254720.0421225428308-0.03405608154930.3685622392780.002275612810090.340741791245-7.2563468545123.7714886007143.722284813
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 360 through 517 )AA360 - 5171 - 158
22chain 'A' and (resid 518 through 964 )AA518 - 964159 - 605
33chain 'A' and (resid 965 through 1420 )AA965 - 1420606 - 1037
44chain 'B' and (resid 360 through 517 )BB360 - 5171 - 158
55chain 'B' and (resid 518 through 667 )BB518 - 667159 - 308
66chain 'B' and (resid 668 through 819 )BB668 - 819309 - 460
77chain 'B' and (resid 820 through 1023 )BB820 - 1023461 - 664
88chain 'B' and (resid 1024 through 1204 )BB1024 - 1204665 - 820
99chain 'B' and (resid 1205 through 1420 )BB1205 - 1420821 - 1036

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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