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Yorodumi- PDB-8qjc: T6SS-linked Rhs repeat protein - Salmonella bongori Rhs-core doma... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8qjc | ||||||
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Title | T6SS-linked Rhs repeat protein - Salmonella bongori Rhs-core domain with toxin domain | ||||||
Components | T6SS-associated Rhs core and toxin domain | ||||||
Keywords | CELL INVASION / Rhs / T6SS / PAAR-Rhs / toxin cannister / Rhs-repeat | ||||||
Function / homology | Function and homology information Tox-PAAR-like domain / Toxin PAAR-like domain / Domain of unknown function DUF6531 / Domain of unknown function (DUF6531) / RHS protein / RHS repeat / RHS Repeat / YD repeat / : / Rhs repeat-associated core Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Salmonella bongori N268-08 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.491 Å | ||||||
Authors | Kielkopf, C.S. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G. / Taylor, N.M.I. | ||||||
Funding support | Switzerland, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: T6SS-associated Rhs proteins form toxin containers: Structural and functional insights into bacterial weaponry and self-protection Authors: Kielkopf, C.S. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G. / Taylor, N.M.I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8qjc.cif.gz | 540.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8qjc.ent.gz | 360.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8qjc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8qjc_validation.pdf.gz | 430.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8qjc_full_validation.pdf.gz | 438.5 KB | Display | |
Data in XML | 8qjc_validation.xml.gz | 47.2 KB | Display | |
Data in CIF | 8qjc_validation.cif.gz | 65.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/8qjc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/8qjc | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8qjaC 8qjbC 8qjdC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 173154.047 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella bongori N268-08 (bacteria) / Gene: A464_2174 / Production host: Escherichia coli B (bacteria) / References: UniProt: S5MXP0 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 292.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 1 ul of protein solution (2.29 g/l) was mixed with 1 ul reservoir solution (0.1 M MES pH 7, 2% ethylene glycol, 7% PEG 8,000). A crystal was flash frozen without additional cryoprotectant. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 7, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.491→49.62 Å / Num. obs: 50747 / % possible obs: 99.09 % / Redundancy: 24.59 % / Biso Wilson estimate: 32.35 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.2273 / Rpim(I) all: 0.04691 / Rrim(I) all: 0.2323 / Net I/σ(I): 17 |
Reflection shell | Resolution: 2.491→2.58 Å / Rmerge(I) obs: 1.079 / Num. unique obs: 4813 / CC1/2: 0.826 / Rpim(I) all: 0.2233 / Rrim(I) all: 1.103 / % possible all: 95.18 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.491→49.62 Å / SU ML: 0.2899 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.09 / Phase error: 23.2137 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.491→49.62 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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