PDB-8qja: T6SS-linked Rhs repeat protein - Advenella mimigardefordensis Vgr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qja

タイトル

T6SS-linked Rhs repeat protein - Advenella mimigardefordensis VgrG-Rhs core

要素

Putative type VI secretion system YD repeat-containing Rhs element Vgr protein

キーワード

CELL INVASION / Rhs / T6SS / VgrG-Rhs / toxin cannister / Rhs-repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

Bacteriophage T4 gp5 C-terminal trimerisation domain / Domain of unknown function DUF6531 / RHS protein / Domain of unknown function (DUF6531) / RHS protein / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / RHS repeat / RHS Repeat / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Phage tail baseplate hub (GPD) ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Advenella mimigardefordensis DPN7 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.36 Å

データ登録者

Kielkopf, C.S. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G. / Taylor, N.M.I.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: T6SS-associated Rhs toxin-encapsulating shells: Structural and bioinformatical insights into bacterial weaponry and self-protection.
著者: Kielkopf, C.S. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G. / Taylor, N.M.I.

履歴

登録	2023年9月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb8qja.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8qja_validation.pdf.gz	514.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qja_full_validation.pdf.gz	572.8 KB	表示
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CIF形式データ	8qja_validation.cif.gz	188.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/8qja ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/8qja	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8qjbC 8qjcC 8qjdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Putative type VI secretion system YD repeat-containing Rhs element Vgr protein

B: Putative type VI secretion system YD repeat-containing Rhs element Vgr protein

C: Putative type VI secretion system YD repeat-containing Rhs element Vgr protein

D: Putative type VI secretion system YD repeat-containing Rhs element Vgr protein

851 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Putative type VI secretion system YD repeat-containing Rhs element Vgr protein

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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.239, 97.783, 215.006
Angle α, β, γ (deg.)	85.690, 89.990, 76.890
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 23 through 110 or resid 112...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 23 through 110 or resid 112...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 23 through 110 or resid 112...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 23 through 110 or resid 112...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

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d_4	16	TRP	TRP	ASP	ASP	D	D	288 - 331	1091 - 1134
d_4	17	PHE	PHE	VAL	VAL	D	D	333 - 339	1136 - 1142
d_4	18	TYR	TYR	GLU	GLU	D	D	341 - 347	1144 - 1150
d_4	19	TYR	TYR	ASP	ASP	D	D	349 - 352	1152 - 1155
d_4	20	PHE	PHE	ILE	ILE	D	D	354 - 400	1157 - 1203
d_4	21	GLU	GLU	SER	SER	D	D	402 - 410	1205 - 1213
d_4	22	PHE	PHE	PHE	PHE	D	D	412	1215
d_4	23	TYR	TYR	ASN	ASN	D	D	414 - 478	1217 - 1281
d_4	24	TYR	TYR	LYS	LYS	D	D	480 - 542	1283 - 1345
d_4	25	GLY	GLY	ASP	ASP	D	D	544 - 596	1347 - 1399
d_4	26	GLU	GLU	ASP	ASP	D	D	598 - 704	1401 - 1507
d_4	27	GLN	GLN	VAL	VAL	D	D	706 - 720	1509 - 1523
d_4	28	GLN	GLN	VAL	VAL	D	D	724 - 740	1527 - 1543
d_4	29	GLU	GLU	GLN	GLN	D	D	742 - 743	1545 - 1546
d_4	30	LEU	LEU	GLY	GLY	D	D	745 - 750	1548 - 1553
d_4	31	ARG	ARG	SER	SER	D	D	756 - 757	1559 - 1560
d_4	32	GLN	GLN	SER	SER	D	D	759 - 774	1562 - 1577
d_4	33	HIS	HIS	TYR	TYR	D	D	776 - 781	1579 - 1584
d_4	34	TYR	TYR	THR	THR	D	D	783 - 793	1586 - 1596
d_4	35	ASN	ASN	ASP	ASP	D	D	796 - 813	1599 - 1616
d_4	36	THR	THR	LYS	LYS	D	D	815 - 837	1618 - 1640
d_4	37	CYS	CYS	PHE	PHE	D	D	839 - 844	1642 - 1647
d_4	38	TYR	TYR	LYS	LYS	D	D	846 - 855	1649 - 1658
d_4	39	LYS	LYS	SER	SER	D	D	857 - 882	1660 - 1685
d_4	40	HIS	HIS	GLY	GLY	D	D	884 - 930	1687 - 1733
d_4	41	ALA	ALA	ASP	ASP	D	D	932 - 984	1735 - 1787
d_4	42	ASN	ASN	LEU	LEU	D	D	986 - 1002	1789 - 1805
d_4	43	GLY	GLY	GLY	GLY	D	D	1014	1817
d_4	44	ASN	ASN	ASN	ASN	D	D	1016 - 1034	1819 - 1837
d_4	45	PHE	PHE	PHE	PHE	D	D	1036	1839
d_4	46	TYR	TYR	PRO	PRO	D	D	1038 - 1065	1841 - 1868
d_4	47	THR	THR	ASN	ASN	D	D	1067 - 1069	1870 - 1872
d_4	48	ILE	ILE	ILE	ILE	D	D	1071	1874
d_4	49	PRO	PRO	PRO	PRO	D	D	1073	1876

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.999997613345, -0.00209631413585, 0.000615443316212), (-0.00209525491792, -0.999996331427, -0.00171669440534), (0.000619039789162, 0.00171540079755, -0.999998337094)	33.2055769122, 152.988687443, 28.0592609078
2	given	(-0.999997073632, -0.00115249439275, -0.00212708368882), (0.000822813114978, -0.988844531203, 0.148949038563), (-0.00227501800485, 0.148946852491, 0.988842585767)	-79.1937068705, 157.844790037, 95.8927903885
3	given	(-0.999991924811, 0.00336322108887, -0.00219978571018), (0.00364862968784, 0.98925433596, -0.146159318165), (0.00168458145079, -0.146166164105, -0.989258618692)	-46.4001632512, 10.8741728552, 146.406674132

#1: タンパク質	Putative type VI secretion system YD repeat-containing Rhs element Vgr protein 分子量: 212823.016 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Advenella mimigardefordensis DPN7 (バクテリア) 遺伝子: MIM_c35070 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: W0PIA9
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein solution (1 ul, 13.8 mg/ml) was mixed with 1 ul of mother liquor (0.1 M TRIS pH 8.5, 45% PEP426, 400 mM KCl)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.36→48.48 Å / Num. obs: 70262 / % possible obs: 93.88 % / 冗長度: 3.52 % / B_iso Wilson estimate: 53.06 Å² / CC_1/2: 0.986 / CC star: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.1586 / R_pim(I) all: 0.09792 / R_rim(I) all: 0.1869 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 3.36→3.48 Å / R_merge(I) obs: 0.5538 / Num. unique obs: 7161 / CC_1/2: 0.862 / CC star: 0.962 / R_pim(I) all: 0.3406 / R_rim(I) all: 0.6516 / % possible all: 95.02

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Coot	0.9.3	モデル構築
BUSTER		精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.36→48.48 Å / SU ML: 0.463 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.28 / 位相誤差: 34.3075
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3173	6817	4.99 %
R_work	0.2568	129699	-
obs	0.2598	70090	91.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.36→48.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33470	0	0	0	33470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	34270
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5682	46441
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0444	4799
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	6188
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.7969	12543

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.753943377878
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.703109459278
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.728520696752

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.36-3.4	0.41	213	0.4006	4005	X-RAY DIFFRACTION	85.45
3.4-3.44	0.3994	248	0.3465	4455	X-RAY DIFFRACTION	93.98
3.44-3.48	0.3743	241	0.2989	4572	X-RAY DIFFRACTION	93.53
3.48-3.52	0.3583	261	0.2884	4350	X-RAY DIFFRACTION	93.95
3.52-3.57	0.3465	229	0.2857	4358	X-RAY DIFFRACTION	93.46
3.57-3.62	0.3577	223	0.2829	4497	X-RAY DIFFRACTION	92.62
3.62-3.67	0.3751	229	0.2796	4311	X-RAY DIFFRACTION	91.83
3.67-3.72	0.3391	231	0.286	4380	X-RAY DIFFRACTION	92.33
3.72-3.78	0.4293	219	0.2902	4312	X-RAY DIFFRACTION	91.79
3.78-3.84	0.336	254	0.2828	4311	X-RAY DIFFRACTION	91.41
3.84-3.91	0.36	220	0.2568	4404	X-RAY DIFFRACTION	90.21
3.91-3.98	0.3052	228	0.2542	4018	X-RAY DIFFRACTION	88.98
3.98-4.06	0.335	227	0.253	4135	X-RAY DIFFRACTION	85.46
4.06-4.14	0.287	215	0.2419	4443	X-RAY DIFFRACTION	92.71
4.14-4.23	0.3151	230	0.258	4325	X-RAY DIFFRACTION	92.21
4.23-4.33	0.2839	213	0.2429	4404	X-RAY DIFFRACTION	92.71
4.33-4.44	0.2991	243	0.2425	4437	X-RAY DIFFRACTION	92.09
4.44-4.56	0.2646	229	0.2204	4281	X-RAY DIFFRACTION	92.04
4.56-4.69	0.2626	245	0.2137	4354	X-RAY DIFFRACTION	91.14
4.69-4.84	0.2485	204	0.212	4241	X-RAY DIFFRACTION	90.86
4.84-5.01	0.2922	225	0.2163	4337	X-RAY DIFFRACTION	89.52
5.01-5.21	0.3205	205	0.2385	4167	X-RAY DIFFRACTION	88.32
5.21-5.45	0.3257	230	0.2486	4175	X-RAY DIFFRACTION	88.03
5.45-5.74	0.2722	205	0.2603	4449	X-RAY DIFFRACTION	94.25
5.74-6.1	0.3621	225	0.2743	4499	X-RAY DIFFRACTION	93.54
6.1-6.57	0.3466	229	0.2781	4405	X-RAY DIFFRACTION	92.79
6.57-7.22	0.351	232	0.287	4278	X-RAY DIFFRACTION	90.93
7.23-8.27	0.2745	232	0.2585	4119	X-RAY DIFFRACTION	86.99
8.27-10.4	0.286	214	0.2154	4359	X-RAY DIFFRACTION	92.53
10.4-48.48	0.2727	218	0.2342	4318	X-RAY DIFFRACTION	90.39

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.14242646623	0.385912994009	-0.0163386493178	1.52678758023	0.292783733225	1.62775912889	0.0681886632341	-0.0444748350706	-0.0132430440263	0.255719569115	0.0206332387939	0.0715801826398	-0.0525835838121	-0.107648341822	0.03172668418	0.3911037958	-0.00548224260649	0.00266738689659	0.235433308386	-0.0744638508736	0.336547940011	-8.25050865524	123.335628	48.6004405474
2	0.796396881547	0.367370067515	0.463813769914	0.593875338935	0.329944569298	0.987390756637	-0.0962439428272	-0.097225302449	0.0712956134506	-0.144891196151	0.088100092923	0.090301546396	-0.214597901643	0.00553494983611	0.0189011617423	0.402791258135	-0.0727071601191	0.0462748115489	0.135580914356	-0.0156767596682	0.34368834133	-1.59091627346	116.109180822	26.8758814665
3	0.396833329212	-0.0179124149837	-0.29408832488	0.559343367721	0.314415699145	0.766866247863	-0.0368145270093	-0.182622576628	0.00773018185684	0.0643657673084	-0.00326624564258	-0.00683881408283	0.0368996830064	0.105785256034	0.0356909406792	0.292594019569	-0.0466276311218	0.00574640134647	0.250008668521	-0.0308489587488	0.282262200061	-11.6350235262	95.4633490266	40.4602645022
4	0.731889102756	0.244799027668	0.309659738699	0.201730347165	-0.275721230232	1.18657448415	-0.159852028578	-0.111379022445	-0.157299928993	0.0969111610861	0.0147504362215	0.0865866082316	-0.00465903442276	-0.299212187757	0.165205759068	0.333192886417	0.0516159789707	0.0237884087944	0.26470135092	-0.02970496342	0.391204753029	-26.4128973683	72.9620217774	41.4635387531
5	0.8003208649	0.109736656029	-0.0780947436066	0.148938766056	0.279730282132	0.910570542715	-0.115567841015	-0.00867172011364	-0.296594506398	0.109373671649	0.0274533644737	-0.125833504674	0.193107863943	-0.16479283148	0.0651571487549	0.333134918936	-0.0132951884509	0.0441800640887	0.200872594178	-0.0195536840736	0.432540767846	-7.59177718052	60.5359612296	33.095684185
6	1.43754592525	0.423017918888	-0.503858403102	0.150769469594	-0.325330262997	1.55363541465	0.0536122090565	-0.155196096834	-0.443980959324	-0.0244552156286	-0.193538200083	-0.0328951115703	0.354860984207	0.239211826938	0.109394042104	0.530557449079	-0.0191716169336	0.0355726552508	0.125336728132	0.114893445642	0.430154310578	-14.6901261233	58.1346530646	45.0097681667
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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