PDB-8qhs: Cryo-EM structure of the monocin tail-tube, MttP.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qhs

タイトル

Cryo-EM structure of the monocin tail-tube, MttP.

要素

Antigen A

キーワード

TOXIN / Listeria / monocytogenes / tailocins

機能・相同性

Phage major tail protein TP901-1 / Phage tail tube protein / Antigen A

機能・相同性情報

生物種

Listeria monocytogenes 10403S (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Nadejda, S. / Lichtenstein, R. / Schlussel, S. / Azulay, G. / Borovok, I. / Holdengraber, V. / Elad, N. / Wolf, S.G. / Zalk, R. / Zarivach, R. ...

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tailocin cell factories
著者: Nadejda, S. / Lichtenstein, R. / Schlussel, S. / Azulay, G. / Borovok, I. / Holdengraber, V. / Elad, N. / Wolf, S.G. / Zalk, R. / Zarivach, R. / Frank, G.A. / Herskovits, A.A.

履歴

登録	2023年9月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qhs.cif.gz	144.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qhs.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qhs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qhs_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qhs_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8qhs_validation.xml.gz	41 KB	表示
CIF形式データ	8qhs_validation.cif.gz	57.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qhs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	18416MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Antigen A

C: Antigen A

D: Antigen A

E: Antigen A

F: Antigen A

90.1 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Antigen A 分子量: 18010.260 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes 10403S (バクテリア) 遺伝子: LMRG_02367 発現宿主: Listeria monocytogenes 10403S (バクテリア) 参照: UniProt: A0A0H3GGY8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Listeria monocytogenes 10403S monocin tail tube comprised of LMRG_02367 tail tube protein (MttP) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量	値: 1 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Listera (植物)
緩衝液	pH: 7
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	凍結剤: ETHANE / 湿度: 30 % / 凍結前の試料温度: 20 K / 詳細: Homemade pneumatic apparatus

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 49.5 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 15 eV
画像スキャン	動画フレーム数/画像: 50

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解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ	詳細
1	cryoSPARC	4.1.2	粒子像選択
2	EPU	2.11	画像取得
4	cryoSPARC	4.1.2	CTF補正	local ctf refinement
13	cryoSPARC	4.1.2	３次元再構成	Helical Refinement

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: 25.078 ° / 軸方向距離/サブユニット: 39.297 Å / らせん対称軸の対称性: C6

粒子像の選択

選択した粒子像数: 503874

3次元再構成

解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 490830 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: HELICAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.006	5965
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.581	8035
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.633	810
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.045	895
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	1035

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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