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- PDB-8qhs: Cryo-EM structure of the monocin tail-tube, MttP. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qhs
タイトルCryo-EM structure of the monocin tail-tube, MttP.
要素Antigen A
キーワードTOXIN / Listeria / monocytogenes / tailocins
機能・相同性Phage major tail protein TP901-1 / Phage tail tube protein / Antigen A
機能・相同性情報
生物種Listeria monocytogenes 10403S (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nadejda, S. / Lichtenstein, R. / Schlussel, S. / Azulay, G. / Borovok, I. / Holdengraber, V. / Elad, N. / Wolf, S.G. / Zalk, R. / Zarivach, R. ...Nadejda, S. / Lichtenstein, R. / Schlussel, S. / Azulay, G. / Borovok, I. / Holdengraber, V. / Elad, N. / Wolf, S.G. / Zalk, R. / Zarivach, R. / Frank, G.A. / Herskovits, A.A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)817842European Union
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024
タイトル: Specialized Listeria monocytogenes produce tailocins to provide a population-level competitive growth advantage.
著者: Nadejda Sigal / Rotem Lichtenstein-Wolfheim / Shai Schlussel / Gil Azulay / Ilya Borovok / Vered Holdengraber / Nadav Elad / Sharon G Wolf / Ran Zalk / Raz Zarivach / Gabriel A Frank / Anat A Herskovits /
要旨: Tailocins are phage tail-like bacteriocins produced by various bacterial species to kill kin competitors. Given that tailocin release is dependent upon cell lysis, regulation of tailocin production ...Tailocins are phage tail-like bacteriocins produced by various bacterial species to kill kin competitors. Given that tailocin release is dependent upon cell lysis, regulation of tailocin production at the single-cell and population level remains unclear. Here we used flow cytometry, competition assays and structural characterization of tailocin production in a human bacterial pathogen, Listeria monocytogenes. We revealed that a specialized subpopulation, constituting less than 1% of the total bacterial population, differentiates to produce, assemble and store thousands of tailocin particles. Tailocins are packed in a highly ordered manner, clustered in a liquid crystalline phase that occupies a substantial volume of the cell. Tailocin production confers a competitive growth advantage for the rest of the population. This study provides molecular insights into tailocin production as a form of altruism, showing how cell specialization within bacterial populations can confer competitive advantages at the population level.
履歴
登録2023年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月19日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年6月19日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年6月19日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年1月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.32025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen A
C: Antigen A
D: Antigen A
E: Antigen A
F: Antigen A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0515
ポリマ－90,0515
非ポリマー00
水6,071337
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Antigen A


分子量: 18010.260 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes 10403S (バクテリア)
遺伝子: LMRG_02367
発現宿主: Listeria monocytogenes 10403S (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0H3GGY8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Listeria monocytogenes 10403S monocin tail tube comprised of LMRG_02367 tail tube protein (MttP)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 1 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Listera (植物)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 30 % / 凍結前の試料温度: 20 K / 詳細: Homemade pneumatic apparatus

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 49.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 15 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.1.2粒子像選択
2EPU2.11画像取得
4cryoSPARC4.1.2CTF補正local ctf refinement
8PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC4.1.2３次元再構成Helical Refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 25.078 ° / 軸方向距離/サブユニット: 39.297 Å / らせん対称軸の対称性: C6
粒子像の選択選択した粒子像数: 503874
3次元再構成解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 490830 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0065965
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5818035
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.633810
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.045895
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031035

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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