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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qhs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the monocin tail-tube, MttP. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Antigen A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | TOXIN / Listeria / monocytogenes / tailocins | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Phage major tail protein TP901-1 / Phage tail tube protein / Antigen A![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Nadejda, S. / Lichtenstein, R. / Schlussel, S. / Azulay, G. / Borovok, I. / Holdengraber, V. / Elad, N. / Wolf, S.G. / Zalk, R. / Zarivach, R. ...Nadejda, S. / Lichtenstein, R. / Schlussel, S. / Azulay, G. / Borovok, I. / Holdengraber, V. / Elad, N. / Wolf, S.G. / Zalk, R. / Zarivach, R. / Frank, G.A. / Herskovits, A.A. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Specialized Listeria monocytogenes produce tailocins to provide a population-level competitive growth advantage. 著者: Nadejda Sigal / Rotem Lichtenstein-Wolfheim / Shai Schlussel / Gil Azulay / Ilya Borovok / Vered Holdengraber / Nadav Elad / Sharon G Wolf / Ran Zalk / Raz Zarivach / Gabriel A Frank / Anat A Herskovits / ![]() 要旨: Tailocins are phage tail-like bacteriocins produced by various bacterial species to kill kin competitors. Given that tailocin release is dependent upon cell lysis, regulation of tailocin production ...Tailocins are phage tail-like bacteriocins produced by various bacterial species to kill kin competitors. Given that tailocin release is dependent upon cell lysis, regulation of tailocin production at the single-cell and population level remains unclear. Here we used flow cytometry, competition assays and structural characterization of tailocin production in a human bacterial pathogen, Listeria monocytogenes. We revealed that a specialized subpopulation, constituting less than 1% of the total bacterial population, differentiates to produce, assemble and store thousands of tailocin particles. Tailocins are packed in a highly ordered manner, clustered in a liquid crystalline phase that occupies a substantial volume of the cell. Tailocin production confers a competitive growth advantage for the rest of the population. This study provides molecular insights into tailocin production as a form of altruism, showing how cell specialization within bacterial populations can confer competitive advantages at the population level. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 18416MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18010.260 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: LMRG_02367 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0A0H3GGY8 #2: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Listeria monocytogenes 10403S monocin tail tube comprised of LMRG_02367 tail tube protein (MttP) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 30 % / 凍結前の試料温度: 20 K / 詳細: Homemade pneumatic apparatus |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 49.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 15 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 25.078 ° / 軸方向距離/サブユニット: 39.297 Å / らせん対称軸の対称性: C6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 503874 | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 490830 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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