PDB-8qh7: Crystal structure of respiratory Complex I subunits NuoEF from Aq...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qh7

タイトル

Crystal structure of respiratory Complex I subunits NuoEF from Aquifex aeolicus bound to reduced 3-acetylpyridine adenine dinucleotide (without reducing agent)

要素

(NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Complex I / Respiratory Chain / 3-acetylpyridine adenine dinucleotide / NADH-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Wohlwend, D. / Friedrich, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structures of 3-acetylpyridine adenine dinucleotide and ADP-ribose bound to the electron input module of respiratory complex I.
著者: Wohlwend, D. / Merono, L. / Bucka, S. / Ritter, K. / Jessen, H.J. / Friedrich, T.

履歴

登録	2023年9月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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XML形式データ	8qh7_validation.xml.gz	52.9 KB	表示
CIF形式データ	8qh7_validation.cif.gz	79.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qh7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qh7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8qg1C 8qgwC 8qh4C 8qhkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (19)
#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

B: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

C: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

D: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

ヘテロ分子

139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.233, 116.449, 190.047
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

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NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E 分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pET-28b(+)::nuoefhis / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) 参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#2: タンパク質	NADH-quinone oxidoreductase subunit F 分子量: 48523.301 Da / 分子数: 2 / Mutation: 427AGHHHHHH / 由来タイプ: 組換発現詳細: sequence AGHHHHHH was added to C-terminus via molecular biology techniques to allow for affinity purification 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: nuoF / プラスミド: pET-28b(+)::nuoefhis / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: O66841

#1: タンパク質

NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E

分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pET-28b(+)::nuoefhis / 発現宿主:

Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3)
参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う

#2: タンパク質

NADH-quinone oxidoreductase subunit F

分子量: 48523.301 Da / 分子数: 2 / Mutation: 427AGHHHHHH / 由来タイプ: 組換発現
詳細: sequence AGHHHHHH was added to C-terminus via molecular biology techniques to allow for affinity purification
由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoF / プラスミド: pET-28b(+)::nuoefhis / 発現宿主:

Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: O66841

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非ポリマー , 9種, 1093分子

#3: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド分子量: 458.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₃N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-AP0 / ACETYL PYRIDINE ADENINE DINUCLEOTIDE, REDUCED / アデノシン5′-[二りん酸β-[1-[(3-アセチル-1,4-ジヒドロピリジン)-1-イル]-1,5-ジデオキシ-β-(以下略) 分子量: 664.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₀N₆O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#10: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1065 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.82 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: trisodium citrate, ammonium sulfate, sodium chloride, Tris, BisTris PH範囲: 6.3 - 7.1

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→49.7 Å / Num. obs: 120438 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 18.8 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 13.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5883 / CC_1/2: 0.848 / R_pim(I) all: 0.421 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
REFMAC	5.8.0352	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.85→49.695 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / WR_factor R_free: 0.184 / WR_factor R_work: 0.154 / SU B: 6.139 / SU ML: 0.092 / Average fsc free: 0.9695 / Average fsc work: 0.9762 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2006	6201	5.153 %
R_work	0.1708	114143	-
all	0.172	-	-
obs	-	120344	99.919 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.406 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.063 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.263 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→49.695 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9083	0	250	1065	10398

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	9725
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	8875
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.165	1.652	13200
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.404	1.573	20753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.175	5	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.766	5	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.407	10	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	12.675	10	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.804	10	432
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11044
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	8476
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	4698
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	4643
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	867
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.073	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.123	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.247	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.302	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.15	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.704	1.512	4651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.702	1.512	4651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.115	2.263	5833
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.116	2.264	5834
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.132	1.709	5074
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.132	1.71	5075
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.781	2.505	7339
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.781	2.506	7340
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.231	32.956	42539
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.967	31.468	41461

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.85-1.898	0.288	434	0.275	8352	0.275	8792	0.946	0.949	99.9318	0.243
1.898-1.95	0.298	440	0.281	8122	0.282	8580	0.94	0.944	99.7902	0.245
1.95-2.006	0.246	435	0.227	7909	0.228	8360	0.964	0.966	99.8086	0.19
2.006-2.068	0.246	416	0.204	7677	0.206	8101	0.962	0.973	99.9012	0.169
2.068-2.136	0.216	411	0.187	7457	0.189	7868	0.969	0.977	100	0.156
2.136-2.211	0.202	416	0.172	7207	0.174	7628	0.974	0.982	99.9345	0.143
2.211-2.294	0.226	384	0.197	6970	0.198	7356	0.967	0.975	99.9728	0.166
2.294-2.387	0.183	373	0.156	6678	0.157	7053	0.979	0.985	99.9716	0.131
2.387-2.493	0.205	350	0.159	6473	0.162	6825	0.976	0.985	99.9707	0.138
2.493-2.614	0.193	353	0.158	6177	0.16	6531	0.978	0.985	99.9847	0.139
2.614-2.755	0.193	321	0.162	5915	0.164	6237	0.978	0.984	99.984	0.144
2.755-2.922	0.219	306	0.163	5557	0.166	5864	0.971	0.984	99.9829	0.148
2.922-3.123	0.196	293	0.167	5268	0.168	5562	0.976	0.984	99.982	0.154
3.123-3.372	0.202	276	0.173	4896	0.175	5173	0.975	0.983	99.9807	0.165
3.372-3.692	0.205	235	0.162	4530	0.164	4785	0.975	0.986	99.582	0.157
3.692-4.125	0.172	195	0.142	4164	0.144	4363	0.983	0.989	99.9083	0.141
4.125-4.758	0.152	191	0.127	3667	0.129	3858	0.986	0.991	100	0.131
4.758-5.814	0.184	173	0.148	3144	0.15	3317	0.982	0.989	100	0.152
5.814-8.167	0.177	135	0.163	2474	0.164	2609	0.986	0.987	100	0.168
8.167-49.695	0.164	64	0.187	1507	0.186	1571	0.988	0.981	100	0.197

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0863	-0.7754	0.3982	1.012	-0.1471	1.446	0.1783	0.1839	-0.4336	-0.0946	0.0085	0.1539	0.5598	0.0265	-0.1869	0.232	-0.0315	-0.0797	0.1935	-0.0204	0.1003	26.9961	-10.8166	-60.0983
2	1.0852	0.013	-0.1424	0.4117	-0.2366	1.722	0.0016	-0.0442	0.0588	0.0443	0.0445	0.0034	-0.1082	-0.0125	-0.0461	0.0163	-0.0234	-0.0009	0.131	0.01	0.0055	25.7634	12.6639	-54.6723
3	2.6134	0.6367	-0.3545	0.8089	-0.0516	1.3166	0.192	-0.2586	0.6243	0.0769	-0.0548	0.1429	-0.4663	0.098	-0.1372	0.1983	-0.009	0.0634	0.1879	-0.0481	0.1536	-4.3468	11.2516	-12.5592
4	1.5016	-0.0342	0.4467	0.305	-0.1708	1.7647	0.1021	0.1046	-0.1114	-0.0524	-0.0294	0.0016	0.1747	0.109	-0.0728	0.0463	0.0347	-0.0059	0.1316	-0.0097	0.0104	-5.8043	-11.8281	-18.6192

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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