PDB-8qh0: Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD with the antibody Cv2.3194

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qh0

タイトル

Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD with the antibody Cv2.3194

要素

Cv2.3194 Heavy chain
IGK@ protein
Spike protein S1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Coronavirus Neutralizing Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...
類似検索 - 分子機能

Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Fernandez, I. / Rey, F.A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A broadly neutralizing antibody against SARS-CoV-2 Omicron variants
著者: Planchais, C. / Fernandez, I. / Rey, F.A. / Mouquet, H.

履歴

登録	2023年9月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qh0.cif.gz	314.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qh0.ent.gz	209.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qh0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8qh0_validation.pdf.gz	824.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qh0_full_validation.pdf.gz	827.2 KB	表示
XML形式データ	8qh0_validation.xml.gz	26.9 KB	表示
CIF形式データ	8qh0_validation.cif.gz	39.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qh0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qh0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	18399C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (2) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (2)
#264 - 2021年12月
SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants)
類似性 (1)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Spike protein S1

H: Cv2.3194 Heavy chain

L: IGK@ protein

ヘテロ分子

71 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.388, 89.186, 174.471
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AL

#1: タンパク質	Spike protein S1 分子量: 23068.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): S2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: P0DTC2
#3: タンパク質	IGK@ protein 分子量: 22821.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGK@ / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PJF2

-
抗体 / 糖 , 2種, 2分子 H

#2: 抗体

Cv2.3194 Heavy chain

分子量: 24379.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 387分子

#5: 化合物	ChemComp-PRO / PROLINE / プロリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.15 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M lithium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9198 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→43.2 Å / Num. obs: 70747 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 37.05 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.87→1.94 Å / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 6950 / CC_1/2: 0.613 / R_pim(I) all: 0.681 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.87→43.2 Å / SU ML: 0.2985 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.1946
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2091	3401	4.81 %
R_work	0.1849	67346	-
obs	0.1861	70747	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→43.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4723	0	47	384	5154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	4880
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8139	6633
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0545	742
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	851
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9612	1740

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.87-1.9	0.5729	136	0.4812	2659	X-RAY DIFFRACTION	96.61
1.9-1.92	0.4421	140	0.4205	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.21
1.92-1.95	0.3458	132	0.3486	2750	X-RAY DIFFRACTION	98.94
1.95-1.99	0.3821	136	0.3076	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.15
1.99-2.02	0.3078	159	0.2689	2770	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.02-2.06	0.2634	145	0.2361	2758	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.06-2.1	0.2649	142	0.2303	2788	X-RAY DIFFRACTION	99.09
2.1-2.14	0.2475	153	0.2175	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.14-2.19	0.2745	133	0.2331	2799	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.19-2.24	0.2766	133	0.2407	2782	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.24-2.29	0.2921	140	0.2065	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.29-2.36	0.2674	138	0.191	2799	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.36-2.42	0.245	159	0.1924	2800	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.42-2.5	0.2417	142	0.1867	2785	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.5-2.59	0.2138	124	0.1827	2822	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.59-2.7	0.2191	124	0.1918	2840	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.7-2.82	0.2384	148	0.1895	2815	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.82-2.97	0.2257	133	0.1855	2813	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.97-3.15	0.1828	136	0.1786	2849	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.15-3.4	0.1945	145	0.1718	2854	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.4-3.74	0.1774	150	0.1676	2841	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.74-4.28	0.1586	155	0.1492	2849	X-RAY DIFFRACTION	99.6
4.28-5.39	0.1504	136	0.1425	2917	X-RAY DIFFRACTION	99.8
5.39-43.2	0.1982	162	0.182	3026	X-RAY DIFFRACTION	99.1

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.99965033585	0.275378204522	0.644676636815	0.997966687422	-0.180103671292	2.40482323405	0.244318421857	0.00511718683238	0.234769638267	0.119745556731	-0.0583469820407	0.0354193483281	-0.0169559070618	0.048860594014	-0.133174668307	0.33564376498	-0.0305522631436	-0.0151232950573	0.298963442583	-0.000760151430098	0.302774748397	20.327	-4.481	72.518
2	2.63733993668	-0.506625880987	2.43368856075	0.106910161264	-0.4967746931	2.30066865263	-0.150162103938	-0.0566730174621	0.467317790842	0.100150193118	0.0386807160654	0.0289235075714	-0.0850573326537	0.00792445527265	0.149058396481	0.470804050558	0.00970614577662	-0.0292312723821	0.365473050151	-0.0259521199826	0.477528433371	19.996	1.462	81.415
3	4.52489426043	-5.35435759799	2.00487613937	8.21282256616	-0.906480333242	5.34939669605	-0.827369859458	-1.58302786028	-0.0330910064105	1.56882017488	0.677245779837	-0.1163689461	-0.119090918642	-0.635820860528	0.18538287734	0.58123384327	-0.0355906185736	0.000505548595869	0.511565125178	-0.00713281054342	0.364554085075	18.934	-2.912	85.474
4	2.388129257	-0.318597863257	0.382994092403	2.44603577911	0.39171839412	3.01574511019	-0.157366493322	0.914553218146	-0.253652375287	-0.161807285959	-0.157327907065	-0.167659906148	0.205411988839	1.04037428625	0.171652409125	0.336501128637	0.0569677270357	0.0311119894015	0.596435443628	0.0890926815228	0.317900647229	22.314	-3.55	42.126
5	5.89838484092	1.04818186959	1.52174488242	4.03914489216	1.52617070259	4.62085943952	-0.0593923732893	1.15271234232	-0.148041209695	-0.648216070913	-0.101888445861	0.209730840486	0.00997322804759	0.521430633816	0.229461678839	0.367949864519	0.0299681369814	0.00448881104556	0.60426983221	0.0574197825204	0.329397088944	12.833	-0.65	35.535
6	3.48655216902	-0.352009206421	-1.14003459487	2.41774783766	-2.33233647413	2.88833951763	0.0345630163716	0.558622940465	0.307345885832	-0.0696742918958	-0.225686697844	-0.192012975536	-0.145506663139	0.511209678668	0.179680622832	0.301962265022	-0.0408298934044	-0.00382033025382	0.542115631246	0.106889374148	0.382288260863	17.185	6.913	38.444
7	2.47103069123	-0.905911025031	1.57402110952	1.26357379271	-1.0020745501	1.53033568966	-0.00353652708762	0.631079122811	0.245836090064	-0.00483135522615	-0.142855564655	-0.126609706008	-0.154062210288	0.503150552477	0.145843282004	0.311671394607	-0.0365376868771	0.0180327872158	0.505801294136	0.0523752360041	0.331396772381	22.021	0.063	47.124
8	2.36187101447	1.00081804249	-0.639231520375	2.8637404983	-1.26203038022	1.71810377756	0.00759099421359	-0.0147300780984	-0.080164029592	0.0975150457837	0.078066601406	0.0200319202442	0.00348878230442	0.105393519404	-0.0887441658686	0.265957196894	-0.00693350851916	-0.0299949598355	0.318767593329	0.0207980416631	0.306251798276	20.982	-16.698	70.501
9	2.9752593003	0.918390140382	-1.79527518474	3.84402492995	-2.05769967379	3.11508036291	-0.0734884441071	-0.0326291177081	-0.246910630841	0.169390917111	0.00921035040416	-0.201793269878	0.173361653032	0.108323280471	0.0318351264378	0.320829019593	-0.0505084283601	-0.0670183477457	0.30547356973	-0.0175846438794	0.242739100454	24.267	-17.4	70.143
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20	2.85395158583	0.215449319343	0.977026138695	1.13619675451	-0.26497976235	2.03464199704	-0.139441057125	0.108584355303	0.0955360072823	0.147361572497	0.174785163409	0.058230461743	-0.015033565398	-0.11318807076	-0.102618087261	0.364375946924	-0.0270349115034	-0.0215015907896	0.341934064182	0.0154355610419	0.310608978327	16.625	-2.029	75.61

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN H AND RESID 162:192 )	H	162 - 192
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN H AND RESID 193:207 )	H	193 - 207
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN H AND RESID 208:219 )	H	208 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN L AND RESID 2:18 )	L	2 - 18
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN L AND RESID 19:39 )	L	19 - 39
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN L AND RESID 40:76 )	L	40 - 76
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN L AND RESID 77:114 )	L	77 - 114
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN L AND RESID 115:164 )	L	115 - 164
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN L AND RESID 165:214 )	L	165 - 214
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 333:393 )	A	333 - 393
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN A AND RESID 394:526 )	A	394 - 526
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN A AND RESID 601:601 )	A	601
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN H AND RESID 1:17 )	H	1 - 17
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN H AND RESID 18:39 )	H	18 - 39
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN H AND RESID 40:51 )	H	40 - 51
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN H AND RESID 52:63 )	H	52 - 63
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN H AND RESID 64:82 )	H	64 - 82
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN H AND RESID 83:113 )	H	83 - 113
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN H AND RESID 114:138 )	H	114 - 138
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN H AND RESID 139:161 )	H	139 - 161

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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