PDB-8qgw: Crystal structure of oxidized respiratory Complex I subunits NuoE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qgw

タイトル

Crystal structure of oxidized respiratory Complex I subunits NuoEF from Aquifex aeolicus bound to oxidized 3-acetylpyridine adenine dinucleotide

要素

(NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Complex I / Respiratory Chain / 3-acetylpridine adenine dinucleotide / NADH-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Wohlwend, D. / Friedrich, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structures of 3-acetylpyridine adenine dinucleotide and ADP-ribose bound to the electron input module of respiratory complex I.
著者: Wohlwend, D. / Merono, L. / Bucka, S. / Ritter, K. / Jessen, H.J. / Friedrich, T.

履歴

登録	2023年9月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qgw.cif.gz	649.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qgw.ent.gz	408.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qgw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/8qgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/8qgw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qg1C 8qh4C 8qh7C 8qhkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (19) #117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (19)
#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

B: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

C: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

D: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

ヘテロ分子

139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.537, 116.328, 189.621
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E 分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) 参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#2: タンパク質	NADH-quinone oxidoreductase subunit F 分子量: 48523.301 Da / 分子数: 2 / Mutation: 427AGHHHHHH / 由来タイプ: 組換発現詳細: Sequence AGHHHHHH was added to the C-terminus via molecular biology techniques to allow for affinity purification 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: nuoF / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: O66841

#1: タンパク質

NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E

分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3)
参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う

#2: タンパク質

NADH-quinone oxidoreductase subunit F

分子量: 48523.301 Da / 分子数: 2 / Mutation: 427AGHHHHHH / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence AGHHHHHH was added to the C-terminus via molecular biology techniques to allow for affinity purification
由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoF / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: O66841

-
非ポリマー , 9種, 1235分子

#3: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-A3D / 3-ACETYLPYRIDINE ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 662.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₈N₆O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.89 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: trisodium citrate, ammonium sulfate, sodium chloride, Tris, BisTris PH範囲: 6.3 - 7.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9116 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9116 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→49.627 Å / Num. obs: 185561 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 15.97 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 9111 / CC_1/2: 0.729 / R_pim(I) all: 0.429 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
REFMAC	5.8.0352	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.6→49.627 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 3.485 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.075 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1872	9369	5.052 %
R_work	0.1618	176080	-
all	0.163	-	-
obs	-	185449	99.959 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.269 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.013 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.552 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.565 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→49.627 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9073	0	220	1209	10502

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	9696
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8836
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.407	1.649	13165
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.492	1.57	20657
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.149	5	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.633	5	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.766	10	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	12.542	10	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.345	10	427
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	10997
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	8246
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	4716
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	4693
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	980
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.212	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.124	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.256	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.889	1.337	4668
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.889	1.337	4668
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.367	2.001	5856
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.367	2.002	5857
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.63	1.566	5028
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.586	1.552	5009
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.517	2.28	7281
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.456	2.259	7252
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.746	22.736	11379
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.523	19.852	10990

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.6-1.642	0.275	642	0.262	12948	0.263	13593	0.945	0.947	99.9779	0.239
1.642-1.686	0.254	672	0.243	12526	0.243	13200	0.951	0.956	99.9848	0.219
1.686-1.735	0.242	643	0.222	12219	0.223	12863	0.958	0.964	99.9922	0.195
1.735-1.789	0.218	620	0.205	11896	0.206	12516	0.965	0.97	100	0.176
1.789-1.847	0.196	579	0.188	11546	0.188	12125	0.974	0.975	100	0.16
1.847-1.912	0.21	563	0.183	11209	0.184	11772	0.972	0.977	100	0.153
1.912-1.984	0.211	584	0.173	10767	0.175	11351	0.971	0.98	100	0.146
1.984-2.065	0.186	560	0.161	10360	0.162	10921	0.977	0.983	99.9908	0.137
2.065-2.157	0.186	565	0.157	9911	0.159	10476	0.977	0.984	100	0.134
2.157-2.262	0.169	516	0.146	9543	0.147	10059	0.981	0.986	100	0.126
2.262-2.384	0.175	513	0.142	9056	0.143	9569	0.982	0.987	100	0.125
2.384-2.528	0.171	462	0.142	8618	0.144	9081	0.982	0.988	99.989	0.125
2.528-2.702	0.174	457	0.143	8074	0.145	8531	0.982	0.987	100	0.127
2.702-2.918	0.178	415	0.147	7579	0.149	7994	0.981	0.987	100	0.133
2.918-3.195	0.187	389	0.157	6963	0.159	7352	0.977	0.985	100	0.146
3.195-3.57	0.199	352	0.159	6340	0.162	6693	0.978	0.986	99.9851	0.153
3.57-4.119	0.167	264	0.142	5666	0.143	5930	0.984	0.989	100	0.141
4.119-5.036	0.157	257	0.127	4817	0.128	5074	0.988	0.991	100	0.13
5.036-7.086	0.192	219	0.165	3779	0.166	3998	0.982	0.987	100	0.164
7.086-49.627	0.15	97	0.181	2263	0.179	2362	0.989	0.983	99.9153	0.182

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6834	-0.5551	0.3717	1.0103	-0.0641	1.354	0.108	0.1178	-0.365	-0.0892	0.0225	0.1329	0.4875	-0.0492	-0.1306	0.1845	-0.0305	-0.045	0.0307	-0.016	0.0836	27.1767	-10.482	-60.0101
2	0.9174	0.0334	-0.0926	0.3387	-0.1271	1.5978	0.0267	-0.0342	0.0632	0.0134	0.0488	-0.0002	-0.0873	-0.0248	-0.0755	0.007	-0.0009	0.0029	0.0117	0.0011	0.0112	25.7955	12.7774	-54.4039
3	2.376	0.5187	-0.3668	0.7695	-0.008	1.2167	0.1192	-0.1582	0.5193	0.0825	-0.0292	0.1266	-0.3856	0.0032	-0.09	0.1405	0.0086	0.0358	0.0317	-0.027	0.1171	-4.2292	11.0354	-12.1967
4	1.2254	0.0005	0.3041	0.2601	-0.0508	1.2881	0.0819	0.0833	-0.1172	-0.0098	-0.0091	0.0021	0.0853	0.0499	-0.0728	0.0123	0.012	-0.0086	0.0135	-0.0066	0.0136	-5.8965	-11.9654	-18.5479

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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