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- PDB-8qgw: Crystal structure of oxidized respiratory Complex I subunits NuoE... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8qgw | ||||||
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Title | Crystal structure of oxidized respiratory Complex I subunits NuoEF from Aquifex aeolicus bound to oxidized 3-acetylpyridine adenine dinucleotide | ||||||
![]() | (NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Complex I / Respiratory Chain / 3-acetylpridine adenine dinucleotide / NADH-binding | ||||||
Function / homology | ![]() Translocases; Catalysing the translocation of protons; Linked to oxidoreductase reactions / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wohlwend, D. / Friedrich, T. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Structures of 3-acetylpyridine adenine dinucleotide and ADP-ribose bound to the electron input module of respiratory complex I. Authors: Wohlwend, D. / Merono, L. / Bucka, S. / Ritter, K. / Jessen, H.J. / Friedrich, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 649.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 408.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8qg1C ![]() 8qh4C ![]() 8qh7C ![]() 8qhkC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 18573.619 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O66842, Translocases; Catalysing the translocation of protons; Linked to oxidoreductase reactions #2: Protein | Mass: 48523.301 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: 427AGHHHHHH Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Sequence AGHHHHHH was added to the C-terminus via molecular biology techniques to allow for affinity purification Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 9 types, 1235 molecules ![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/A3D.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/A3D.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-GOL / #9: Chemical | ChemComp-CL / | #10: Chemical | ChemComp-NA / #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: trisodium citrate, ammonium sulfate, sodium chloride, Tris, BisTris PH range: 6.3 - 7.1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 14, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9116 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→49.627 Å / Num. obs: 185561 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 15.97 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 14.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.63 Å / Redundancy: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 9111 / CC1/2: 0.729 / Rpim(I) all: 0.429 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.269 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→49.627 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |