PDB-8qfh: Room temperature crystal structure of the Photoactivated Adenylat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qfh

タイトル

Room temperature crystal structure of the Photoactivated Adenylate Cyclase OaPAC with ATP bound

要素

Family 3 adenylate cyclase

キーワード

LYASE / Photoreceptor / BLUF / Adenylate Cyclase / PAC

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclic nucleotide biosynthetic process / blue light photoreceptor activity / adenylate cyclase activity / FAD binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Oscillatoria acuminata PCC 6304 (バクテリア)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Chretien, A. / Nagel, M.F. / Botha, S. / de Wijn, R. / Brings, L. / Doerner, K. / Han, H. / C.P.Koliyadu, J. / Letrun, R. / Round, A. ...

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Light-induced Trp in /Met out Switching During BLUF Domain Activation in ATP-bound Photoactivatable Adenylate Cyclase OaPAC.
著者: Chretien, A. / Nagel, M.F. / Botha, S. / de Wijn, R. / Brings, L. / Dorner, K. / Han, H. / Koliyadu, J.C.P. / Letrun, R. / Round, A. / Sato, T. / Schmidt, C. / Secareanu, R.C. / von Stetten, ...

履歴

登録	2023年9月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.3	2025年2月19日	Group: Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qfh.cif.gz	284.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qfh.ent.gz	193.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qfh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/8qfh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/8qfh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qfeC 8qffC 8qfgC 8qfiC 8qfjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (5) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (5) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Family 3 adenylate cyclase

ヘテロ分子

40.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Family 3 adenylate cyclase

ヘテロ分子

A: Family 3 adenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration, mass spectrometry
80.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.300, 145.800, 105.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-580- HOH

#1: タンパク質	Family 3 adenylate cyclase 分子量: 39292.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oscillatoria acuminata PCC 6304 (バクテリア) 遺伝子: Oscil6304_3613 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K9TLZ5
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: batch mode 詳細: 45% protein at 12 mg/mL : 50 mM TRIS/HCl pH 8.5, 50 mM sodium chloride, 5 mM ATP 45% crystallization buffer : 100 mM SPG buffer pH 7.0, 1.2 M disodium succinate, 100 mM guanidine ...詳細: 45% protein at 12 mg/mL : 50 mM TRIS/HCl pH 8.5, 50 mM sodium chloride, 5 mM ATP 45% crystallization buffer : 100 mM SPG buffer pH 7.0, 1.2 M disodium succinate, 100 mM guanidine hydrochloride, 5 mM magnesium chloride 10% seeds from crushed macrocrystals

結晶

マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.62 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: batch mode
詳細: 45% protein at 12 mg/mL : 50 mM TRIS/HCl pH 8.5, 50 mM sodium chloride, 5 mM ATP 45% crystallization buffer : 100 mM SPG buffer pH 7.0, 1.2 M disodium succinate, 100 mM guanidine ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: European XFEL / ビームライン: SPB/SFX / 波長: 1.3332 Å
検出器	タイプ: AGIPD / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→31.63 Å / Num. obs: 39352 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3079 % / B_iso Wilson estimate: 31.44 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R split: 0.054 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.864 Å / Num. unique obs: 3858 / CC_1/2: 0.876 / CC star: 0.966 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery	手法: injection

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystFEL	0.10.1	データ削減
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Coot	0.9.8.7	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→31.63 Å / SU ML: 0.2066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.63 / 位相誤差: 19.7447
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.197	3870	9.9 %
R_work	0.1679	35233	-
obs	0.1708	39103	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2692	0	64	81	2837

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0054	3170
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8754	4372
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0603	502
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	561
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.9951	474

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3332	128	0.3416	1273	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.82-1.85	0.374	120	0.3222	1243	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.85-1.87	0.347	150	0.3045	1242	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.87-1.89	0.2834	119	0.2507	1254	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.89-1.92	0.2178	146	0.2012	1218	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.92-1.95	0.236	134	0.1849	1260	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.95-1.98	0.2044	110	0.1761	1263	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.98-2.01	0.2108	148	0.1758	1249	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.01-2.05	0.2081	135	0.1769	1246	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.05-2.09	0.2301	138	0.1874	1233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.13	0.222	126	0.1946	1240	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.13-2.17	0.2063	141	0.1864	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.22	0.2006	130	0.1937	1232	X-RAY DIFFRACTION	98.84
2.22-2.27	0.2414	145	0.1824	1232	X-RAY DIFFRACTION	98.85
2.27-2.32	0.2154	157	0.16	1216	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.32-2.39	0.2209	122	0.1831	1254	X-RAY DIFFRACTION	99.06
2.39-2.46	0.2071	141	0.1822	1254	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.46-2.54	0.228	135	0.1738	1252	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.54-2.63	0.2249	150	0.1715	1253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.73	0.2157	142	0.1853	1254	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.73-2.86	0.2234	144	0.1741	1267	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.86-3.01	0.1801	137	0.1792	1255	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.01-3.2	0.2112	144	0.1666	1266	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.44	0.1674	132	0.1634	1275	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.79	0.1734	132	0.1431	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
3.79-4.33	0.1428	145	0.1346	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
4.34-5.46	0.1605	169	0.1272	1278	X-RAY DIFFRACTION	100
5.46-31.63	0.217	150	0.1815	1366	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.18681788697	0.314326270359	0.321799457456	5.70885658726	-2.84511670941	6.52762291562	0.00308231481315	-0.304530101068	-0.103976199701	0.174510872594	0.0942087395221	0.226243233303	0.114280169934	-0.158041553422	-0.087471749014	0.511426568467	-0.0374253538467	0.0168954279328	0.368470596476	0.0147646780734	0.401721289259	-4.26794925351	-10.7547011512	-9.84001972521
2	3.81690808939	1.49756443528	0.403586074439	4.56832027886	0.623959406858	3.27849448218	0.0188676544217	0.0114327685426	-0.410572121124	0.161317350371	0.0456313655932	0.0889394608303	0.808639353292	0.182089009152	-0.0439868268497	0.644145308991	0.0275399780558	-0.00136221649622	0.374535015799	0.0269706251013	0.410353843438	4.29169429525	-6.71185837601	-25.4947083991
3	6.13621883106	-5.46623066487	4.65131305929	4.90108845198	-4.05897857442	3.70651746486	0.161366816488	-0.682694817119	-0.507515250994	-0.0231366288909	0.347691533555	0.654936768497	0.37008144361	-0.123100007065	-0.617930791574	0.527355849792	-0.0522832095373	-0.0368461121121	0.531236493539	0.0655227361697	0.62780105537	-12.8812034088	7.95657695684	-24.314202617
4	2.35178359501	-0.192645600308	0.651264030141	1.50606597911	0.27622842149	1.76460581947	0.0170853520366	0.0379648218395	0.0163620283488	0.187011942973	0.0477144613355	-0.0881708458462	0.0516232633241	0.0393361260464	-0.0655198005775	0.347894932873	-0.00373496045696	-0.0020207448221	0.319009542605	-0.00496977993606	0.336267726822	2.21442710377	26.0591379002	-11.8839686728
5	0.526239498684	0.090957289126	-0.121818278133	3.20131155208	2.26377217762	4.36049626207	0.0436017007783	-0.00977754717247	0.101515087986	-0.101451500503	0.0198246424711	0.0660873612473	-0.293932287964	-0.234263149226	-0.0515800808446	0.351893931344	0.0424984070559	0.0314575694947	0.423876947163	0.0322164731985	0.415592439027	-9.23140120877	33.0236950431	-16.1829536784
6	1.45730451044	-0.881470354523	-0.174505664078	1.57006823852	0.601967406783	0.31036541	0.5956592517	0.251019553918	1.45316641221	0.634371192838	-0.684247084968	1.87201698003	-1.90541682981	-0.717011613589	0.0036532281942	1.49890011716	0.183655526183	-0.108726794899	1.09493114984	-0.29725615171	1.47599964565	4.59210298632	40.6205377256	-4.19968652496
7	9.12555387291	5.58389230449	-0.377151649771	5.21867495626	-3.09465799889	4.65440016263	-1.16468137835	1.16214772242	-1.19842043733	-1.20005589587	0.374397595298	-0.339132236614	-0.682528949376	1.02757807333	0.80669434047	1.06130661623	-0.292078975526	-0.100774236827	0.626995261684	-0.0425364933096	1.06994206151	20.0028141137	36.408307082	-10.6251288455

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain A and resid 1:99)	1 - 99	1 - 99
2	2	(chain A and resid 100:128)	100 - 128	100 - 128
3	3	(chain A and resid 129:145)	129 - 145	129 - 145
4	4	(chain A and resid 146:250)	146 - 250	146 - 250
5	5	(chain A and resid 251:328)	251 - 328	251 - 328
6	6	(chain A and resid 329:339)	329 - 339	329 - 339
7	7	(chain A and resid 340:350)	340 - 350	340 - 350

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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