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- PDB-8qfj: Room temperature crystal structure of the Photoactivated Adenylat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qfj
タイトルRoom temperature crystal structure of the Photoactivated Adenylate Cyclase OaPAC after blue light excitation at 2.3 us delay
要素Family 3 adenylate cyclase
キーワードLYASE / Photoreceptor / BLUF / Adenylate Cyclase / PAC
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic nucleotide biosynthetic process / blue light photoreceptor activity / adenylate cyclase activity / FAD binding / cell projection / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Sensors of blue-light using FAD / BLUF domain profile. / BLUF domain / Sensors of blue-light using FAD / Acylphosphatase-like domain superfamily / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Family 3 adenylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Oscillatoria acuminata PCC 6304 (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chretien, A. / Nagel, M.F. / Botha, S. / de Wijn, R. / Brings, L. / Doerner, K. / Han, H. / C.P.Koliyadu, J. / Letrun, R. / Round, A. ...Chretien, A. / Nagel, M.F. / Botha, S. / de Wijn, R. / Brings, L. / Doerner, K. / Han, H. / C.P.Koliyadu, J. / Letrun, R. / Round, A. / Sato, T. / Schmidt, C. / Secareanu, R. / von Stetten, D. / Vakili, M. / Wrona, A. / Bean, R. / Mancuso, A. / Schulz, J. / R.Pearson, A. / Kottke, T. / Lorenzen, K. / Schubert, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research ドイツ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Light-induced Trp in /Met out Switching During BLUF Domain Activation in ATP-bound Photoactivatable Adenylate Cyclase OaPAC.
著者: Chretien, A. / Nagel, M.F. / Botha, S. / de Wijn, R. / Brings, L. / Dorner, K. / Han, H. / Koliyadu, J.C.P. / Letrun, R. / Round, A. / Sato, T. / Schmidt, C. / Secareanu, R.C. / von Stetten, ...著者: Chretien, A. / Nagel, M.F. / Botha, S. / de Wijn, R. / Brings, L. / Dorner, K. / Han, H. / Koliyadu, J.C.P. / Letrun, R. / Round, A. / Sato, T. / Schmidt, C. / Secareanu, R.C. / von Stetten, D. / Vakili, M. / Wrona, A. / Bean, R. / Mancuso, A. / Schulz, J. / Pearson, A.R. / Kottke, T. / Lorenzen, K. / Schubert, R.
履歴
登録2023年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Family 3 adenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3055
ポリマ－39,2931
非ポリマー1,0124
水2,288127
1
A: Family 3 adenylate cyclase
ヘテロ分子

A: Family 3 adenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,61010
ポリマ－78,5862
非ポリマー2,0248
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.300, 145.800, 105.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-625-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Family 3 adenylate cyclase


分子量: 39292.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oscillatoria acuminata PCC 6304 (バクテリア)
遺伝子: Oscil6304_3613 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K9TLZ5
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode
詳細: 45% protein at 12 mg/mL : 50 mM TRIS/HCl pH 8.5, 50 mM sodium chloride, 5 mM ATP 45% crystallization buffer : 100 mM SPG buffer pH 7.0, 1.2 M disodium succinate, 100 mM guanidine ...詳細: 45% protein at 12 mg/mL : 50 mM TRIS/HCl pH 8.5, 50 mM sodium chloride, 5 mM ATP 45% crystallization buffer : 100 mM SPG buffer pH 7.0, 1.2 M disodium succinate, 100 mM guanidine hydrochloride, 5 mM magnesium chloride 10% seeds from crushed macrocrystals

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: European XFEL / ビームライン: SPB/SFX / 波長: 1.3332 Å
検出器タイプ: AGIPD / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.815→31.63 Å / Num. obs: 37632 / % possible obs: 98.52 % / 冗長度: 936 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / R split: 0.11 / Net I/σ(I): 1.3
反射 シェル解像度: 1.815→1.88 Å / 冗長度: 563 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3250 / CC1/2: 0.448 / CC star: 0.787 / % possible all: 86.37
Serial crystallography sample delivery手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystFEL0.10.1データ削減
Xtrapol81.2.0精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
Coot0.9.8.7モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→31.63 Å / SU ML: 0.497 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 44.578
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3546 1669 5.01 %
Rwork0.2966 31675 -
obs0.2995 33344 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→31.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2574 0 64 127 2765
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00292937
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75094035
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0545463
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0095512
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.9138427
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.960.59671380.51032609X-RAY DIFFRACTION99.89
1.96-2.020.51531360.48992593X-RAY DIFFRACTION99.93
2.02-2.090.53631370.47692606X-RAY DIFFRACTION99.89
2.09-2.170.4561380.43152608X-RAY DIFFRACTION99.85
2.17-2.270.58261370.45582603X-RAY DIFFRACTION99.53
2.27-2.390.3931380.39932610X-RAY DIFFRACTION99.85
2.39-2.540.431370.3532616X-RAY DIFFRACTION99.96
2.54-2.740.38711390.32772640X-RAY DIFFRACTION100
2.74-3.020.421400.30562653X-RAY DIFFRACTION99.93
3.02-3.450.32341390.25352660X-RAY DIFFRACTION100
3.45-4.340.25561420.21412683X-RAY DIFFRACTION100
4.35-31.630.28161480.23342794X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8784813481450.0141803621191-0.07104106438681.99595015055-0.2570139573221.731421208350.201478345198-0.207284737936-0.00540380442765-0.0369826060091-0.007783780495570.1165496130470.115178037811-0.227493030503-0.001424180809320.601310972499-0.06435817258210.02705637894150.4910151019980.09207898858050.532495469515-4.92688437858-10.5820150016-9.90577095729
21.145988202880.4929681685290.383762479350.527920680683-0.1949680555491.13343947458-0.113165483785-0.291796499418-0.227265428822-0.05552328449970.2246917568660.09878835735120.374905919437-0.04385073905980.007091596804190.577627783759-0.001020857735410.00942318051270.3972514808670.02596298170550.4728055797720.550804760244-3.38565009749-24.1432261805
30.9744154019870.07419495243480.393530978011.059120146380.1807589855011.341584264120.0207412465515-0.03252591054970.03566970690510.09855117598250.008529258435540.01425719275250.0476667533008-0.08858015757688.65311547731E-60.302229815480.00249483728760.01253331084830.2983832728040.002630863962050.294560321812-1.9502758924127.1038483291-14.8253117845
40.6709703580730.643801745746-0.5071642802531.589315093890.3439554013561.991766083660.166760744755-0.083995488940.568370969849-0.449563996551-0.0155602802012-0.238920638848-0.391677939405-0.0426923968230.05570431138990.520305354310.02666292895540.1384891058030.3969764592320.0004609604572440.435272688092-9.4930345962740.8177055869-8.07720635001
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 1:96)1 - 961 - 96
22(chain A and resid 97:142)97 - 14297 - 142
33(chain A and resid 143:302)143 - 302143 - 302
44(chain A and resid 303:330)303 - 330303 - 330

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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