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- PDB-8qe9: Complex between the 80a-Sak SSAP and the SaPI2 Stl master regulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qe9
タイトルComplex between the 80a-Sak SSAP and the SaPI2 Stl master regulator
要素
  • DUF1071 domain-containing protein
  • Helix-turn-helix XRE family protein
キーワードGENE REGULATION / Annealase / SSAP / Single Strand Annealing / Single Strand Binding / Recombineering / Recombination / SaPI / Bacteriophage / Staphylococcal / Complex / SaPI induction / SaPI2 / Mobile Genetic Element / MGE / PICI / Phage-Inducible Chromosomal Island / Ring / Transcription / Transcriptonal regulator
機能・相同性Cro/C1-type HTH DNA-binding domain / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / : / Helix-turn-helix XRE family protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Debiasi-Anders, G. / Mir-Sanchis, I.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Phage parasites targeting phage homologous recombinases provide antiviral immunity.
著者: Gianluca Debiasi-Anders / Cuncun Qiao / Amrita Salim / Na Li / Ignacio Mir-Sanchis /
要旨: Bacteria often carry multiple genes encoding anti-phage defense systems, clustered in defense islands and phage satellites. Various unrelated anti-phage defense systems target phage-encoded ...Bacteria often carry multiple genes encoding anti-phage defense systems, clustered in defense islands and phage satellites. Various unrelated anti-phage defense systems target phage-encoded homologous recombinases (HRs) through unclear mechanisms. Here, we show that the phage satellite SaPI2, which does not encode orthodox anti-phage defense systems, provides antiviral immunity mediated by Stl2, the SaPI2-encoded transcriptional repressor. Stl2 targets and inhibits phage-encoded HRs, including Sak and Sak4, two HRs from the Rad52-like and Rad51-like superfamilies. Remarkably, apo Stl2 forms a collar of dimers oligomerizing as closed rings and as filaments, mimicking the quaternary structure of its targets. Stl2 decorates both Sak rings and Sak4 filaments. The oligomerization of Stl2 as a collar of dimers is necessary for its inhibitory activity both in vitro and in vivo. Our results shed light on the mechanisms underlying antiviral immunity against phages carrying divergent HRs.
履歴
登録2023年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1A: DUF1071 domain-containing protein
1B: DUF1071 domain-containing protein
1C: DUF1071 domain-containing protein
1D: DUF1071 domain-containing protein
1E: DUF1071 domain-containing protein
1F: DUF1071 domain-containing protein
1G: DUF1071 domain-containing protein
1H: DUF1071 domain-containing protein
1I: DUF1071 domain-containing protein
1J: DUF1071 domain-containing protein
1K: DUF1071 domain-containing protein
1L: DUF1071 domain-containing protein
1M: DUF1071 domain-containing protein
1N: DUF1071 domain-containing protein
1O: DUF1071 domain-containing protein
1P: DUF1071 domain-containing protein
1Q: DUF1071 domain-containing protein
2A: Helix-turn-helix XRE family protein
2B: Helix-turn-helix XRE family protein
2C: Helix-turn-helix XRE family protein
2D: Helix-turn-helix XRE family protein
2E: Helix-turn-helix XRE family protein
2F: Helix-turn-helix XRE family protein
2G: Helix-turn-helix XRE family protein
2I: Helix-turn-helix XRE family protein
2J: Helix-turn-helix XRE family protein
2L: Helix-turn-helix XRE family protein
2M: Helix-turn-helix XRE family protein
2N: Helix-turn-helix XRE family protein
2O: Helix-turn-helix XRE family protein
2P: Helix-turn-helix XRE family protein
2Q: Helix-turn-helix XRE family protein
3A: Helix-turn-helix XRE family protein
3B: Helix-turn-helix XRE family protein
3C: Helix-turn-helix XRE family protein
3D: Helix-turn-helix XRE family protein
3E: Helix-turn-helix XRE family protein
3F: Helix-turn-helix XRE family protein
3G: Helix-turn-helix XRE family protein
3I: Helix-turn-helix XRE family protein
3J: Helix-turn-helix XRE family protein
3L: Helix-turn-helix XRE family protein
3M: Helix-turn-helix XRE family protein
3N: Helix-turn-helix XRE family protein
3O: Helix-turn-helix XRE family protein
3P: Helix-turn-helix XRE family protein
3Q: Helix-turn-helix XRE family protein
4A: DUF1071 domain-containing protein
4B: DUF1071 domain-containing protein
4C: DUF1071 domain-containing protein
4D: DUF1071 domain-containing protein
4E: DUF1071 domain-containing protein
4F: DUF1071 domain-containing protein
4G: DUF1071 domain-containing protein
4H: DUF1071 domain-containing protein
4I: DUF1071 domain-containing protein
4J: DUF1071 domain-containing protein
4K: DUF1071 domain-containing protein
4L: DUF1071 domain-containing protein
4M: DUF1071 domain-containing protein
4N: DUF1071 domain-containing protein
4O: DUF1071 domain-containing protein
4P: DUF1071 domain-containing protein
4Q: DUF1071 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,618,19264
ポリマ－1,618,19264
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
DUF1071 domain-containing protein


分子量: 23639.350 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
遺伝子: HMPREF0776_1852 / プラスミド: pETDuet-1 / Cell (発現宿主): NA / 器官 (発現宿主): NA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 組織 (発現宿主): NA / 参照: UniProt: A0A0E1VL05
#2: タンパク質 ...
Helix-turn-helix XRE family protein


分子量: 27148.473 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: RN3984 / 遺伝子: stl / プラスミド: pETDuet-1 / Cell (発現宿主): NA / 器官 (発現宿主): NA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 組織 (発現宿主): NA / 参照: UniProt: A0FIL5
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex between the 80a-Sak SSAP and the SaPI2 Stl master regulatorCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
280a-Sak SSAPCOMPLEX#11RECOMBINANT
3SaPI2 Stl master regulatorCOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量値: 1.6 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)2911440
33Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)1280
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
33Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
緩衝液pH: 8.1 / 詳細: 20mM Tris-HCl pH 7.6, 100mM NaCl, 1mM DTT
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris-HCl pH 7.6Tris-HCl1
2100 mMSodium ChlorideNaCl1
31 mMDithiothreitolDTT1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4cryoSPARC4.2.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1.6モデルフィッティング
9cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.2.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.2.1分類
12cryoSPARC4.2.1３次元再構成
32PHENIX1.20.1モデル精密化
33Coot0.9.8.4 ELモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 208222
詳細: Final particle set was symmetry-expanded to D1, multiplying it by 2 to 416444 particles.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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