PDB-8q86: Trimer of the dimeric SaPI2 Stl transcriptional regulator

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q86

タイトル

Trimer of the dimeric SaPI2 Stl transcriptional regulator

要素

Helix-turn-helix XRE family protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Transcriptional regulator / Stl / Staphylococcus aureus Pathogenicity Island / SaPI / SaPI2 / Phage-inducible chromosomal island / PICI / PICIs / transcriptional repressor / transcription regulator / repressor / DNA-binding

機能・相同性

Cro/C1-type HTH DNA-binding domain / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Helix-turn-helix XRE family protein

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.69 Å

データ登録者

Qiao, C. / Debiasi-Anders, G. / Mir-Sanchis, I.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Phage parasites targeting phage homologous recombinases provide antiviral immunity.
著者: Gianluca Debiasi-Anders / Cuncun Qiao / Amrita Salim / Na Li / Ignacio Mir-Sanchis /

要旨: Bacteria often carry multiple genes encoding anti-phage defense systems, clustered in defense islands and phage satellites. Various unrelated anti-phage defense systems target phage-encoded ...

履歴

登録	2023年8月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月5日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月5日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月5日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月5日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月5日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月5日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月5日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q86.cif.gz	237.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q86.ent.gz	189.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q86.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/8q86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/8q86	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	18248MC 17821C 18346C 19048C 8pq8C 8qe9C 8rc5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Helix-turn-helix XRE family protein

B: Helix-turn-helix XRE family protein

C: Helix-turn-helix XRE family protein

D: Helix-turn-helix XRE family protein

E: Helix-turn-helix XRE family protein

F: Helix-turn-helix XRE family protein

G: Helix-turn-helix XRE family protein

H: Helix-turn-helix XRE family protein

218 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, gel filtration, 600 kDa on superpose column

#1: タンパク質	Helix-turn-helix XRE family protein 分子量: 27189.562 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: stl / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0FIL5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Trimer of the dimeric SaPI2 Stl transcriptional regulator
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 0.6 MDa / 実験値: YES

由来(天然)

生物種:

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 株: RN3984

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pET21a

緩衝液

pH: 8

緩衝液成分

ID	濃度	名称	Buffer-ID
1	20 mM	Tris	1
2	200 mM	NaCl	1
3	0.5 mM	EDTA	1
4	3 mM	DTT	1

試料

濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: TFS GLACIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 190000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 3.02 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 53 / 実像数: 6233

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC		粒子像選択
2	EPU	2.13.0	画像取得
4	cryoSPARC	v4.2.1	CTF補正
7	Coot	9.03	モデルフィッティング
9	PHENIX	1.20.1-4487-000	モデル精密化
10	cryoSPARC	v4.2.1	初期オイラー角割当
12	cryoSPARC	v4.2.1	分類
13	cryoSPARC	v4.2.1	３次元再構成

CTF補正

詳細: Estimate and correct for full-frame motion (eg. stage drift) as well as sample deformation (local motion) by Cryosparc Patch Motion Correction.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 2337415

3次元再構成

解像度: 3.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 594605 / アルゴリズム: ALGEBRAIC (ARTS) / クラス平均像の数: 4 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient

原子モデル構築

Accession code: A0A7U8XQ92 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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